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甘薯高密度SSR分子连锁图谱的构建及干物质含量相关QTL的定位

孟羽莎  
【摘要】:1.根据甘薯品种徐薯18全基因组测序序列,设计1215对SSR引物。同时,根据本研究室构建的甘薯品系徐781的BAC文库末端测序序列设计1330对SSR引物。利用从甘薯品种漯徐薯8号(母本,高淀粉含量、低产、抗蔓割病)和郑薯20(父本,低淀粉含量、高产、感蔓割病)的杂交F1代分离群体中随机抽取的2个单株及其双亲,对所设计的SSR引物进行多态性筛选,分别获得273对和298对多态性SSR引物。2.从筛选得到的571对多态性SSR引物中随机选取100对,用20个甘薯品种进行多态性的评估,结果显示,选取的100对多态性引物均能扩增出清晰稳定的多态性条带,每对引物扩增的条带数为3~34条。引物多态性信息含量范围为0.4118~0.9558,平均为0.8406。3.通过毛细管电泳,用7对多态性SSR引物(4对g-SSR,3对EST-SSR),构建了 96个甘薯品种的指纹图谱,共得到多态性条带47条。对其进行遗传多样性分析,结果表明,品种间遗传相似系数在0.4894~0.9574之间,变异主要来源于品种间而非地区间。4.以甘薯品种漯徐薯8号和郑薯20的杂交F1代分离群体的240个单株为作图群体,用筛选得到的571对多态性SSR引物进行扩增,两亲本中分别得到2428个和2678个SSR标记。根据pseudo-testcross策略及利用JoinMap 4.0软件,分别构建双亲的SSR分子连锁图谱,结果显示,双亲的图谱均包括90个连锁群。漯徐薯8号的连锁图谱由5057个SSR标记组成,总图距为13299.9 cM,标记间平均距离为2.6 cM。郑薯20的连锁图谱由3009个SSR标记组成,总图距为11122.9 cM,标记间平均距离为3.7 cM。5.运用MapQTL 5.0软件,对甘薯干物质含量相关的QTLs进行定位,共定位到6个主效QTL。在漯徐薯8号连锁图谱上定位到2个QTL,分别解释表型变异的18.7%和45.8%,均表现负向效应。在郑薯20连锁图谱上定位到4个QTL,解释表型变异的24.5%~29.7%,其中2个QTL表现正向效应。


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