收藏本站
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

应用DNA微阵列技术对洛克沙砷处理肉鸡后肝脏和胸肌组织基因表达谱的研究

李长绿  
【摘要】: DNA芯片又被称为DNA微阵列(Microarray),这项上世纪90年代中期发展起来的新兴生物技术,目前已广泛应用于生命科学的各个领域。洛克沙砷作为一种人工合成的有机砷化物,被大量用作动物促生长添加剂添加到畜禽饲料中。为了研究洛克沙砷促进肉鸡生长及其毒性的作用机制,我们首先建立了丝毛乌骨鸡胸肌组织和肝脏组织的2个cDNA文库,并经大规模的基因测序和生物信息学分析,得到在胸肌组织中表达的基因6023个,肝脏组织中表达的基因4839个。我们将两个文库的非冗余基因10862个从cDNA文库中挑出,经大量PCR扩增、纯化和电泳检测,除去未扩增出的序列和含有多条带的污染序列,最终得到9216条高质量的cDNA扩增产物,并将这些序列用于DNA芯片的点制。 由于影响DNA芯片质量的因素很多,为了得到最佳的芯片制作和杂交效果,我们对影响芯片的各种参数条件作了进一步的优化。用SpotBot~(TM)芯片点样仪对4种不同的点样液(3×SSC、50%的DMSO、3×SSC+1.5M甜菜碱以及MSP)秘5个不同公司生产的7种芯片片基(UltraGAPS~(TM)、GAPSⅡ、SuperAmine、SuperAmine Barcoded、Baio氨基玻片、PL-100C多聚-L-赖氨酸片基和POLY-PREP~(TM)片基)进行了比较分析,发现UltraGAPS~(TM)、GAPSⅡ、SuperAmine、SuperAmine Barcoded 4种片基用3×SSC+1.5M甜菜碱能得到最佳的点样和杂交结果。同时,我们还对PCR产物的纯化方法、点的间距、样品DNA的浓度范围、点样环境条件、点样后芯片的处理方法、探针的标记与纯化方法、芯片的杂交及杂交后的处理等进行了较为全面的比较、分析和优化,成功地在每张芯片上实现3万个点的点制。 为了探究洛克沙砷促生长作用的分子机理,我们将112只3周龄隐性白羽农大系肉鸡作了4个分组处理,各组日粮中依次添加45mg/kg、600mg/kg、0mg/kg的洛克沙砷。数据统计分析发现,4个分组在第4、5、6周的单周净增重和累积净增重的差异彼此都达到了显著水平(p<0.05);累积体重除第4周的300mg/kg组和对照组之间的差异不显著外,其余的也都达到了显著水平(p<0.05)。第4周到第7周的饲料转化效率以45mg/kg料组最高(2.29),对照组次之(2.38),再次是300mg/kg料组(2.42)和600mg/kg料组 (2.62)。本试验说明,在肉鸡饲料中添加适量的洛克沙砷,可以持续显著地加快肉鸡的生长速度,提高肉鸡的饲料转化效率;但过量添加时则会显著抑制肉鸡的生长。为了研究洛克沙砷的残留作用与基因表达之间的关系,我们应用原子荧光吸收法对肝脏和胸肌组织以及饲料中的总砷含量进行了测定。测定结果表明,肝脏中的总砷远高于对照组;对照组肝脏及胸肌中的总砷含量较低;300mg/kg和600mg/kg饲料组肝脏和胸肌中的总砷含量差异显著(p<0.05),并都显著(p<0.05)高于对照组和45mg/kg处理组;对照组和45mg/kg处理组之间虽然差异不显著,但45mg/kg处理组的总砷含量也远高于对照组;各处理组随时间的延长总砷残留量有增高的趋势,但差异不显著。测得饲料中总砷含量为0.38mg/kg。同时我们还应用组织学的方法对肝脏组织作了切片分析,发现洛克沙砷会引起肝小叶崩解,肝实质细胞死亡,空泡化,枯否氏细胞增多,说明洛克沙砷对肝脏具有毒害作用。 对于适量洛克沙砷能促进肉鸡生长的分子机理以及过量洛克沙砷对肉鸡的毒性机制,我们进一步利用DNA芯片进行分析。利用我们优化的芯片条件,即用SpotArray72型点样仪将纯化的cDNA以Betaine+3×SSC作为点样液,22℃的点样环境温度,40-45%的相对湿度,用UltraGAPS~(TM)和SuperAmine片基,每个样品在每张芯片上点两个重复,180μm的点距,24×24亚阵列进行芯片的点制。以4~7周对照组和处理组的肝脏和胸肌作为芯片分析的实验材料,分别提取完整的总 中国农业大学阵士学位论文摘要 里里口目里里里里口目里月口里且日里口里口粤口目皿里巴巴日口口口妞里口口纽皿目口口粤粤目口口旦口组互里县组目目口目 RNA,并将来自同一处理、同一组织、同一时间段的总RNA混合成池。以间接标记法标记和纯 化探针,然后与芯片杂交,另以反色重复作为芯片之间的重复。杂交后的芯片用ScanArray4000 扫描仪扫描得到杂交图像,再用QuantArray分析软件对图像进行分析处理,一导出杂交信号原始数 据,进一步对数据作标准化处理得到Cy3/Cy5或者Cys/C y3的比值。 为了对数据作更精确的分析,我们将QuantArray导出的原始分析数据导入GeneSPring芯片 专门分析软件作进一步的处理和分析。经过分析得到了芯片上所有基因的聚类图谱和表达图谱, 井初步得到r每张芯片_l几表达差异的基因。我们首先将来自肝脏组织和胸肌组织4一6周处理组与 对照组比较杂交的36张芯片进行了聚类分析,得到了基因在两种组织中表达的聚类图谱;进一 步分析得到了所有基因在这36张芯片__L的曲线表达图谱。通过同时对肝脏组织和胸肌组织基因 的聚类和表达分析,我们可以同时知道某一特定基因在所有时间段和所有剂量处理条件下的表达 情况。另外,我们还分别对肝脏和胸肌基因表达的数据作了分析,得到了肝脏和胸肌基因各自的 树形聚类图谱和基因表达图谱以及通过K一均值聚类法根据基因的表达情况将基因


知网文化
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前15条
1 刘?,郑文杰 ,刘伟,赵卫东,贺艳,唐丹舟,刘辉;转基因番茄DNA检测芯片的研究[J];食品研究与开发;2005年04期
2 刘烜;郑文杰;唐丹舟;赵卫东;贺艳;刘辉;;转基因玉米DNA检测芯片的研究[J];食品研究与开发;2009年06期
3 方刚;张运良;朱岩;许进;;基于压电基因传感器的DNA计算(英文)[J];计算机学报;2008年12期
4 张克勤;靳风烁;叶锦;孙中义;张勇;吴刚;高琳;;DNA芯片技术筛选膀胱移行细胞癌信号转导相关基因[J];现代泌尿外科杂志;2007年01期
5 张岩,张亮,周一鸣,赵艳君,果德安,周玉祥,程京;用酿酒酵母全基因组DNA芯片研究盐酸小檗碱的药理作用机制[J];中国中西医结合杂志;2003年01期
6 张咸宁,余筱燕,邢文华,董长征,左伋;精神分裂症:分子遗传学、DNA芯片及遗传咨询[J];中国优生与遗传杂志;2002年02期
7 杨航;胡南;张辉;丁德馨;;一种检测电芬顿体系下DNA损伤的电化学生物传感器的研制[J];南华大学学报(自然科学版);2020年06期
8 东晓玲;赵欣;吕鹏;赵丛苍;余翀;陈靓;刘铭;张雅军;;甘肃省礼县西山遗址出土马骨的DNA初步研究[J];南方文物;2020年04期
9 张灿;浦天宁;邓子新;刘建军;李利明;梁晶丹;汪志军;;次氯酸鉴定硫修饰DNA的方法[J];基因组学与应用生物学;2020年09期
10 孙稚成;孙兆法;段玉军;程斐;;碱解法快速提取菠菜基因组DNA方法的优化[J];中国农学通报;2020年36期
11 王奇;吴秋明;;家族企业DNA模型——基于扎根理论的五个百年家族企业分析[J];管理案例研究与评论;2020年06期
12 张立雄;薛秀鹏;;探索DNA实验室与现场勘查的有机结合[J];广东公安科技;2020年04期
13 胥明勇;朱华强;吴泳桦;庄利东;;沙眼衣原体DNA质控物的制备及评价[J];检验医学;2021年01期
14 李少斌;赵芳芳;张瑞国;何兆华;李明娜;;不同抗凝剂处理绵羊血液对DNA提取效果的影响[J];中国草食动物科学;2021年01期
15 Yanying Wang;Ronghui Zhou;Wenxue Liu;Chao Liu;Peng Wu;;Comparison of benzothiazole-based dyes for sensitive DNA detection[J];Chinese Chemical Letters;2020年11期
中国重要会议论文全文数据库 前20条
1 闵育娜;王锦;王娟娟;刘福柱;牛竹叶;王哲鹏;李丽;孙彤彤;刘少凯;张静;李华磊;;氧化应激对肉鸡DNA损伤与甲基化的影响及维生素E的调控[A];中国畜牧兽医学会动物营养学分会第十一次全国动物营养学术研讨会论文集[C];2012年
2 蒋智慧;徐世文;;硒缺乏对鸡肌肉组织DNA甲基化水平的影响[A];中国畜牧兽医学会家畜内科学分会第七届代表大会暨学术研讨会论文集(下册)[C];2011年
3 Zhang Tong;Zhao Guoqiang;Liu Yanan;Wei Fengxiang;;The Mitochondrial DNA copy number acts as a biomarker in the pathological state[A];2021海峡两岸暨港澳精准医学青年博士论坛论文集[C];2021年
4 汪福意;曾文娟;张燕燕;罗群;赵耀;;金属抗肿瘤药物损伤DNA的应答蛋白质组学研究[A];第十一届全国化学生物学学术会议论文摘要(第一卷)[C];2019年
5 Shuren Zhang;Xiaoyong Wang;Zijian Guo;;Platinum(Ⅳ) Prodrugs with DNA-Repair Protein in RCA-proficient Cancer Cells as Major Target[A];第十一届全国化学生物学学术会议论文摘要(第二卷)[C];2019年
6 裴羽丰;刘雅君;谢春雨;张兴华;游慧娟;;阿霉素共价交联DNA的抗癌机制的单分子研究[A];第十一届全国化学生物学学术会议论文摘要(第二卷)[C];2019年
7 宋世平;;基于DNA纳米传感界面和表观遗传学变化的癌症早期诊断[A];中国化学会第二十届全国有机分析及生物分析学术研讨会论文摘要集[C];2019年
8 宋世平;;基于DNA纳米传感界面和表观遗传学变化的癌症早期诊断[A];中国化学会第二十届全国有机分析及生物分析学术研讨会论文摘要集[C];2019年
9 张雄;周翔;;基于近红外荧光小分子检测DNA中8-氧鸟嘌呤[A];第十一届全国化学生物学学术会议论文摘要(第二卷)[C];2019年
10 刘维映;曹易懿;尤馨悦;奚晶;栾洋;;FTO与DNA损伤应答[A];中国毒理学会表观遗传毒理专业委员会第一次学术大会论文摘要集[C];2020年
11 逄寒;张宏;徐晓文;姜玮;;具有新型运行方式的DNA步行器构建及病毒片段检测应用[A];中国化学会第二十届全国有机分析及生物分析学术研讨会论文摘要集[C];2019年
12 王振刚;;DNA/天然多糖自组装构筑仿酶材料及其协同催化行为研究[A];中国化学会第十七届全国胶体与界面化学学术会议论文(摘要)集(第一卷)[C];2019年
13 薛培;周艳;;DNA光解酶催化修复环丁烷嘧啶二聚体的机理研究[A];2019中国化学会第十五届全国计算(机)化学学术会议论文集[C];2019年
14 赵丽;张忠慧;何鹏;张晓茹;宋维玲;;基于聚集诱导发光和无模板DNA聚合的DNA甲基转移酶活性检测[A];第十一届全国化学生物学学术会议论文摘要(第二卷)[C];2019年
15 赵宇;接贵芬;;三向DNA连接结构与酶联动放大相结合,通过智能DNA步行器对microRNA进行超灵敏电化学发光检测[A];第十一届全国化学生物学学术会议论文摘要(第二卷)[C];2019年
16 熊军;刘飞龙;冯钰锜;袁必锋;;基于色谱-质谱联用分析的核酸修饰研究[A];中国化学会第22届全国色谱学术报告会及仪器展览会论文集(第一卷)[C];2019年
17 尹俊发;陈少坤;张宁;汪海林;;核酸快速酶切及DNA损伤分析的色谱-质谱新方法研究[A];中国化学会第22届全国色谱学术报告会及仪器展览会论文集(第一卷)[C];2019年
18 Yunlong Wang;Ruimin Wang;方亚平;Shengsong Xie;;The functional study of non-coding elements by integrating of 3D and 1D genome information[A];2019中国化学会第十五届全国计算(机)化学学术会议论文集[C];2019年
19 任路瑶;郑媛婷;侯湾湾;杨竞成;董莲华;郁颖;苏振强;王晶;石乐明;;中华家系1号DNA标准物质的研制与应用[A];2019中国化学会第十五届全国计算(机)化学学术会议论文集[C];2019年
20 朱本占;;如何将膜不通透的“DNA光开关”钌多吡啶络合物靶向到活细胞核?[A];第十一届全国化学生物学学术会议论文摘要(第一卷)[C];2019年
中国博士学位论文全文数据库 前20条
1 李长绿;应用DNA微阵列技术对洛克沙砷处理肉鸡后肝脏和胸肌组织基因表达谱的研究[D];中国农业大学;2004年
2 王路;利用DNA条形码与形态相结合的方法对亚历山大塔玛复合种和夜光藻的内共生绿藻进行系统分类学研究[D];厦门大学;2017年
3 郑心如;DNA双链断裂修复调控蛋白筛选及调控机制研究[D];厦门大学;2017年
4 李根;转录因子与DNA特异性识别机制的分子动力学模拟研究[D];华中农业大学;2019年
5 别丽华;bZIP转录因子与DNA相互作用中甲基化调控机制的分子模拟[D];华中农业大学;2018年
6 刘雨双;基于DNA链置换反应动力学和GFET对DNA甲基化的检测[D];内蒙古农业大学;2019年
7 刘轲;基于DNA纳米技术与原子力显微镜高分辨成像的精准基因检测研究与应用[D];上海交通大学;2018年
8 张保柱;DNA适体基荧光金属纳米簇对金属离子及生物分子的turn-on检测[D];山西大学;2019年
9 李锦;基于螺吡喃分子开关的G—四链体DNA荧光探针的构建与应用研究[D];西北大学;2019年
10 郭斌;基于DNA自组装纳米结构的生物传感新方法研究[D];重庆医科大学;2019年
11 周晓燕;基于功能性DNA纳米结构的等温扩增检测方法研究[D];重庆医科大学;2019年
12 李新;载多柔吡星DNA自组装纳米折纸对人卵巢癌靶向治疗的实验研究[D];武汉大学;2016年
13 刘升;酵母DNA损伤响应中ATR激酶及其相关复合物的结构研究[D];中国科学技术大学;2019年
14 Hafiz Muhammad Zakria;酵母呈递的肌生长抑素和白介素21基因DNA疫苗对小鼠体重和免疫系统的影响[D];西北农林科技大学;2018年
15 李翔;级联循环和酶催化下的DNA反应网络[D];中国科学技术大学;2019年
16 卢沙沙;DNA纳米技术在生物传感及智能水凝胶中的应用[D];中国科学技术大学;2019年
17 谢斯思;基于TALE组装的DNA支架增强外源多酶代谢通路[D];国防科技大学;2018年
18 丁健生;基于母子细胞系及其酶消化的胎儿染色体非整倍体无创产前检测游离DNA参考物质的研究[D];北京协和医学院;2019年
19 管莎莎;肿瘤及外周血循环DNA检测在转移性胰腺癌中的临床应用价值[D];中国人民解放军医学院;2019年
20 王暾;应用于DNA分子电检测的碳纳米管和石墨烯薄膜谐振器件研究[D];厦门大学;2017年
中国硕士学位论文全文数据库 前20条
1 王壹;几种原核DNA解旋酶重组表达及其活性研究[D];长春理工大学;2021年
2 李涛;DNA甲基化差异性表达在预测早期胃癌淋巴结转移中的作用[D];南方医科大学;2021年
3 陈玉;基于DNA三臂交联结构和抗菌药物调控的电化学发光生物传感器研究[D];西北大学;2020年
4 陈哲;基于DNA计算的可满足性问题的模型研究[D];安徽理工大学;2020年
5 汪改英;基于DNA和限制酶的逻辑计算模型的研究[D];厦门大学;2019年
6 闫晓珊;生物计算中病毒机模型和DNA逻辑电路的研究[D];厦门大学;2019年
7 刘雅思;广东省珍稀植物DNA条形码与分子鉴定[D];仲恺农业工程学院;2019年
8 高铭暄;变构核酸适体探针在DNA激酶—磷酸酶高灵敏检测中的应用[D];厦门大学;2019年
9 肖代琴;以DNA origami为模板的氧化铪纳米粒子的制备[D];厦门大学;2019年
10 王静文;酶辅助构建DNA纳米结构及其在无机纳米材料合成中的应用研究[D];厦门大学;2019年
11 周玉洁;基于DNA纳米机器和纳米材料的生物传感新方法[D];湖南大学;2019年
12 张亚;锌依赖的DNA结合蛋白家族基因OsPLATZ的功能研究[D];华南农业大学;2018年
13 张春连;芳杂环—铜(Ⅱ)-葡萄糖酸/氨基酸配合物的合成、性能及应用研究[D];华南农业大学;2018年
14 沈芳;三元混配铜(Ⅱ)配合物的DNA/HSA结合作用及细胞毒性研究[D];华南农业大学;2017年
15 刘媛媛;DNA水凝胶的制备及载药性能研究[D];福建中医药大学;2020年
16 王博;火炬松线粒体DNA全序列分析[D];华南农业大学;2018年
17 张友;H5亚型禽流感DNA疫苗及禽用免疫增强剂研制[D];华南农业大学;2018年
18 王刚;基于DNA条形码的新疆额尔齐斯河流域蚋科分类及系统发育研究(双翅目:长角亚目)[D];西北农林科技大学;2016年
19 张玉环;基于DNA比色逻辑门的食品中重金属离子和环境激素检测方法研究[D];西北农林科技大学;2016年
20 郑宇钒;法医DNA的快速分型研究[D];厦门大学;2019年
中国重要报纸全文数据库 前20条
1 黄辛;DNA骨架硫修饰研究又获新成果[N];科学时报;2011年
2 本报记者 辛明;邓亚军:灾难现场的DNA斗士[N];中国青年报;2011年
3 本报记者 欧阳晓红 韩宋辉;“可怕”的友邦DNA 267亿港元净利从何而来[N];经济观察报;2015年
4 闫洁;羊皮纸蕴藏古DNA[N];中国科学报;2015年
5 本报见习记者 赵广立;人类DNA仅8.2%有用?[N];中国科学报;2014年
6 本报记者 马佳;未来存储新贵:DNA[N];中国科学报;2013年
7 本报记者 陈晨;站在DNA损伤应答研究前沿[N];科学时报;2010年
8 杨涛;邮票上又见“DNA”[N];中国集邮报;2021年
9 记者 刘霞;“月球方舟”拟储存六百七十万个物种DNA[N];科技日报;2021年
10 南方日报记者 王佳欣 实习生 杨婉馨;广东省优秀共产党员刘超:破译DNA密码 还原疑案真相[N];南方日报;2021年
11 实习记者 于紫月;寻找治癌“灵丹妙药” 染色体外环状DNA或是关键所在[N];科技日报;2020年
12 记者 张家伟;英研究称可基于DNA评估预期寿命[N];新华每日电讯;2019年
13 通讯员 王彤 顾镔彬 融媒体记者 李都;江北新区:“数据DNA计划”发布[N];南京日报;2020年
14 本报记者 陈曦;未来给你做手术的也许是DNA纳米机器人[N];科技日报;2020年
15 深圳特区报首席记者 孙锦;解读DNA惠及世界患癌儿童[N];深圳特区报;2018年
16 记者 冯卫东;DNA分子计算为可编程药丸铺路[N];科技日报;2018年
17 本报记者 李禾;DNA折纸术,“折”出生命所需神奇图案[N];科技日报;2019年
18 记者 刘霞;美日创建迄今最大DNA基因模型[N];科技日报;2019年
19 任芳言;古DNA揭示马的身世[N];中国科学报;2019年
20 记者 冯卫东;基因剪刀剪切DNA过程首次捕获[N];科技日报;2019年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62982499
  • 010-62783978