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非综合征型轴后多指(趾)畸形全基因组扫描分析

赵红珊  
【摘要】:非综合征型轴后多指(趾)畸形家系全基因组扫描分析—一个新定位基因座 先天性四肢异常是人群中较为常见的遗传缺陷,其中多指(趾)是最常见的先天手(足)畸形。这类畸形既可以独立发生,又可以作为综合征的一部分出现。对多指(趾)畸形的研究可以帮助人们更好地揭示四肢发育的过程及机理,因此一直受到研究者们的广泛关注。 家系的诊断及样本采集 该家系由本研究室设于北京协和医院的遗传门诊诊断为非综合征型轴后多指(趾)畸形,遗传方式为常染色体显性遗传。采集该家系4代32个个体的血样,其中表型正常者16个(包括一个肯定携带者),受累个体16个。 对有关已知染色体区域的排除性定位分析 首先依据国际上已发表的文献,对四个已知与多指(趾)畸形有关的区域进行了排除性分析。这四个区域为7p13、7q36、2q31和13q21-q32。研究结果排除了该家系致病基因与这些区域的连锁关系。此结果被全基因组扫描所证实。 全基因组扫描分析 在排除了所有的已知区域后,本研究进行了全基因组扫描。在全基因组扫描中,使用了416个微卫星位点,其中259个位点扩增成功。基本上满足了初级扫描平均密度20cM的要求,有些染色体区域密度还要更高。应用MLINK程序对全基因组扫描得到的数据进行连锁分析,在D19-4至D19-8约32cM的区域内连续五个位点的Lods值均大于1,初步确定致病基因定位于19号染色体。 精细定位分析 参照初级扫描的Lods值及单体型分析结果,在D19-5到D19-21的约11cM区域里,用10个微卫星位点进行连锁分析,进一步将家系的多指(趾)畸形致病基因在19号染色体上的区域缩小到D19-14至D19-19之间约9cM的范围内,即19号染色体的19p13.2-q12区域。


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