收藏本站
收藏 | 论文排版

基于候选SNPs的丙型肝炎病毒感染相关肝硬化及肝癌易感性研究

张世田  
【摘要】:目的丙型肝炎病毒(Hepatitis C Virus,HCV)感染是引发肝硬化及肝细胞肝癌(Hepatocellular Carcinoma,HCC)的一种重要的危险因素,病毒与宿主之间的相互作用在疾病的发生发展中起着重要作用。数个与丙型肝炎病毒感染相关肝硬化及肝癌易感性相关单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNPs)在国外人群中已被广泛研究报道,如“主要组织相容性复合体Ι类多肽相关序列A(MHC class I polypeptide-related sequence A,MICA,rs2596542)、DEPDC5 rs1012068、含patatin样磷脂酶域3(patatin-like phospholipase domain containing 3,PNPLA3,rs738409)、维生素D受体(vitamin D receptor,VDR,rs7975232)和表皮生长因子(epidermal growth factor,EGF,rs4444903)”。这些SNPs的等位基因频率分布在不同地区种族人群之间有很大的差异性,且在中国人群中尚没有上述SNPs与丙型肝炎病毒感染相关肝硬化、肝癌易感性的研究报道,因此我们选取了之前国外报道过的5个SNPs,在中国汉族人群中研究是否与HCV感染相关肝硬化、肝癌易感性也存在相关性。方法本实验研究分为两个部分进行,第一部分通过检索美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)数据库中与HCV感染相关肝硬化、肝癌易感性相关的SNPs,然后通过病例-对照研究的方法收集了62例肝硬化患者(病例组)和79例慢性丙型肝炎患者(对照组)。应用基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)分型技术对所有患者5个SNPs进行测定,然后应用统计学方法分析这些SNPs在我国汉族人群是否与HCV感染相关肝硬化易感性相关。第二部分我们收集了46例丙肝肝癌患者,测定SNPs并统计分析了这些SNPs是否与HCV感染相关肝癌易感性相关。结果第一部分实验中的5个SNPs与HCV感染相关肝硬化易感性研究结果显示:(1)在本实验人群中未发现MICA rs2596542与HCV感染相关肝硬化易感性相关联:肝硬化组中基因型GG、GA和AA的频率分别为46.77%、41.94%和11.29%,与肝炎组(58.23%、34.18%、7.59%)相比,差异无统计学意义。肝硬化组中等位基因G的分布频率为67.74%,较肝炎组(75.32%),差异无统计学意义。随后在经校正年龄、性别等影响因素的多因素Logistic回归分析各遗传模型中未发现rs2596542与HCV感染相关肝硬化易感性存在关联性。(2)在本实验人群中未发现DEPDC5 rs1012068与HCV感染相关肝硬化易感性相关联:肝硬化组基因型TT、TG和GG的频率分别为54.84%、35.48%和9.68%,与肝炎组(60.76%、36.71%、2.53%)比较,差异无统计学意义。肝硬化组中等位基因T的分布频率为72.58%,较肝炎组(79.11%),差异无统计学意义。随后在经校正年龄、性别等影响因素的多因素Logistic回归分析各遗传模型中未发现rs1012068与HCV感染相关肝硬化易感性存在关联性。(3)在本实验人群中未发现PNPLA3 rs738409与HCV感染相关肝硬化易感性相关联:肝硬化组中CC、CG和GG基因型频率分别为37.10%、46.77%、16.13%,与肝炎组(44.30%、43.04%、12.66%)相比,差异无统计学意义。肝硬化组中等位基因C的频率分布为60.48%,较肝炎组(65.82%),差异无统计学意义。随后在经校正年龄、性别等影响因素的多因素Logistic回归分析各遗传模型中未发现rs738409与HCV感染相关肝硬化易感性存在关联性。(4)在本实验人群中未发现VDR rs7975232与HCV感染相关肝硬化易感性相关联:肝硬化组基因型CC、CA和AA的频率分别为58.06%、38.71%和3.23%,与肝炎组(49.37%、45.57%、5.06%)相比,差异无统计学意义。肝硬化组中等位基因C的分布频率为77.42%,较肝炎组(72.15%),差异无统计学意义。随后在经校正年龄、性别等影响因素的多因素Logistic回归分析各遗传模型中未发现rs7975232与HCV感染相关肝硬化易感性存在关联性。(5)在本实验人群中发现EGF rs4444903与HCV感染相关肝硬化易感性存在关联性:肝硬化组基因型GG、AG和AA的频率分别为61.30%、31.25%、6.45%,与肝炎组(40.50%、51.90%、7.60%)相比,两组间差异有统计学意义(P=0.045);肝硬化组和肝炎组中等位基因G的频率分别为77.42%和66.46%,两组间差异有统计学意义(P=0.043);随后在经校正年龄、性别等影响因素的多因素Logistic分析隐性遗传模型中发现:携带基因型GG的肝炎患者发生肝硬化的风险为AA+AG患者的2.188倍(OR=2.188,95%CI=1.072-4.465,P=0.031)。第二部分结果显示:(1)在本实验人群中未发现位点rs2596542、rs1012068、rs738409和rs7975232与HCV感染相关肝癌易感性存在关联性。(2)EGF rs4444903与HCV感染相关肝癌易感性相关:肝癌组中基因型GG、AG和AA的频率分别为60.87%、32.61%和6.52%,较肝炎组(40.50%、51.90%、7.60%)差异无统计学意义(P=0.083)。肝癌组等位基因G的频率为77.17%,与肝炎组(66.46%)相比,差异无统计学意义(P=0.073)。随后在经校正年龄、性别等影响因素的多因素Logistic回归中研究发现,等位基因G为发生肝癌的风险等位基因(OR=1.944,95%CI:1.023-3.695,P=0.042);携带基因型GG的肝炎患者发生肝癌的风险为AA+AG基因型患者的3.104倍(OR=3.104,95%=1.319-7.30,P=0.01)。结论(1)EGF rs4444903与HCV感染相关肝硬化、肝癌易感性相关。(2)在本实验研究人群中未发现MICA rs2596542,DEPDC5 rs1012068,PNPLA3rs738409和VDR rs7975232与HCV感染相关肝硬化、肝癌易感性相关。


知网文化
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前20条
1 ;Bioinformotics Analysis for Coding SNPs of the HLA-DQA1 Gene Involved in Susceptibility to Cervical Cancer[J];Chinese Journal of Clinical Oncology;2006年01期
2 张爱平;刘超;刘长晖;;Y染色体SNPs及其在法医学中的应用[J];刑事技术;2009年05期
3 何琼;刘长晖;王慧君;刘超;;荧光标记线粒体DNA SNPs检测体系建立及单倍型频率调查[J];中山大学学报(医学科学版);2011年01期
4 刘超;陈丽伟;刘长晖;李越;李健伟;张爱平;葛璐璐;;47个SNPs复合检测方法的建立及其法医学应用[J];中国法医学杂志;2009年04期
5 李忠华;扎拉嘎白乙拉;侯一平;;表型信息SNPs在法医学中的研究进展[J];中国法医学杂志;2013年03期
6 高坚瑞;DNA损伤修复能力与肺癌易感性研究[J];中国公共卫生;2000年05期
7 唐录英,任泽舫,庄志雄,刘晓合,苏祖兰,黄钰;聚腺苷二磷酸核糖聚合酶假基因多态性分布及其与肺癌易感性的关系[J];中华医学遗传学杂志;2002年02期
8 崔红梅,尹立红,浦跃朴;线粒体DNA 16519 T→C变异与肺癌易感性的关系[J];环境与职业医学;2003年02期
9 邵国光;马忠余;李健强;;单核苷酸多态性与肺癌易感性关系的研究进展[J];中国肺癌杂志;2006年02期
10 燕贞;吴拥军;吴逸明;;细胞色素P450 2D6与吸烟所致肺癌易感性的关系研究[J];卫生研究;2007年01期
11 安明;赵国君;;GSTT1基因多态性与肺癌易感性研究进展[J];内蒙古医学院学报;2010年S3期
12 高坚瑞,任春兰,陆荣柱;细胞色素P_(450)2D6G-A突变与肺癌易感性关系研究[J];镇江医学院学报;1997年03期
13 赵鲁杭,陈枢青,余国伟,马胜林,李浒;细胞色素P450 2C19基因多态性与肺癌易感性的关系[J];中华结核和呼吸杂志;1999年11期
14 聂立红 ,王声湧 ,胡毅玲;肺癌易感性的分子流行病学研究[J];中国公共卫生;2002年07期
15 顾艳斐;代谢酶基因多态性与肺癌易感性关系的研究进展[J];中国肺癌杂志;2002年02期
16 陈漫霞,陈思东,汪保国,蔡旭玲,冼雪珍;细胞色素P450 2E1基因多态性与肺癌易感性的研究[J];四川肿瘤防治;2003年03期
17 郝巧玲,吴晓明,姚群峰,周宜开;核苷酸切除修复基因表达水平与肺癌易感性的关系[J];环境与职业医学;2004年03期
18 李家伟,穆丽娜,卫国荣,陈传炜,张作风,俞顺章,姜庆五;DNA修复基因XRCC1多态性与肺癌易感性的关系[J];中国癌症杂志;2005年04期
19 冷曙光,宋文佳;肺癌易感性与外源性化学物代谢酶基因多态性的关系[J];国外医学(卫生学分册);2001年01期
20 张楠;车鉴;白松;吴争;崔玉影;邹伟;;共济失调毛细血管扩张症致病基因与乳腺癌易感性[J];生物工程学报;2010年01期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 ;Elevated plasma IL-13 levels in patients with chronic obstructive pulmonary disease[A];中华医学会呼吸病学年会——2011(第十二次全国呼吸病学学术会议)论文汇编[C];2011年
2 张成孝;;Fluorescent identification of four mutation products of SNPs using a abasic site-containing DNA strand and four fluorescent ligands[A];第六届海峡两岸分析化学会议摘要论文集[C];2010年
3 ;SNPs of GH Gene Characterized by PCR-SSCP Analysis and Search for Their Associations with Milk Yield in Goat[A];第十次全国畜禽遗传标记研讨会论文集[C];2006年
4 Fangge Li;Zhipeng Wang;Hui Li;;Genome-wide SNPs Interaction Analysis of Abdominal Fat Traits in Chicken[A];第五届全国生物信息学与系统生物学学术大会论文集[C];2012年
5 高雪;吴慧光;许尚忠;陈金宝;任红艳;;基于生物信息学对牛CAPN1基因的SNPs筛查与验证[A];中国动物遗传育种研究进展——第十五次全国动物遗传育种学术讨论会论文集[C];2009年
6 常福厚;张志贤;尹琴;马佳;王敏杰;;GSTP1基因多态性与肺癌易感性关系的研究[A];中国药理学会第十次全国学术会议专刊[C];2009年
7 丁建华;曹海霞;李苏平;吴建中;高长明;刘燕婷;;醇醛脱氢酶基因多态及饮酒习惯与胃癌易感性[A];全国肿瘤流行病学和肿瘤病因学学术会议论文集[C];2011年
8 ;Development and application of rice whole genome single nucleotide polymorphisms (SNPs) detection platforms[A];第十一届全国植物基因组学大会摘要集[C];2010年
9 常福厚;张志贤;白图雅;王敏杰;范蕾;马佳;;CYP2C19基因多态性与内蒙古蒙汉族人群肝癌易感性关系的研究[A];转化医学研讨会论文集[C];2010年
10 邹喻苹;葛颂;;新一代分子标记——SNPs及其应用[A];中国植物学会七十周年年会论文摘要汇编(1933—2003)[C];2003年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 李莉;细胞色素P450酶SNPs以及蛋白质—小分子相互作用的研究[D];上海交通大学;2013年
2 娄春光;44个SNPs位点复合分型体系的构建及其法医学应用[D];河北医科大学;2010年
3 顾成元;端粒通路基因遗传变异与前列腺癌易感性及预后的关联研究[D];复旦大学;2014年
4 孙屏;NBN基因3’非翻译区遗传变异与胃癌易感性的关联研究[D];苏州大学;2016年
5 夏金晶;BIM基因2903bp插入/缺失多态与肺癌易感性的关联分析研究[D];上海交通大学;2015年
6 江换钢;基因多态性及线粒体DNA变化与乳腺癌易感性关系的分子流行病学研究[D];武汉大学;2014年
7 张卫强;基质金属蛋白酶-1,-9基因多态性和肺癌易感性关系的研究[D];第四军医大学;2005年
8 王茜;55-SNPs个体识别复合分型体系的构建及法医学应用研究[D];河北医科大学;2015年
9 蒋东华;肺癌、乳腺癌易感性的分子流行病学研究[D];中国医科大学;2007年
10 郭宏;牛12个基因的分离、定位、表达特征、SNPs检测及其与部分性状的关联分析[D];华中农业大学;2006年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 张世田;基于候选SNPs的丙型肝炎病毒感染相关肝硬化及肝癌易感性研究[D];天津医科大学;2017年
2 夏丁昌;焦虑抑郁状态与肝硬化进展关系研究[D];山西医科大学;2017年
3 刘保文;肝硬化及肝硬化合并糖尿病患者肠道微生态研究[D];天津医科大学;2017年
4 孙昊;肝硬化患者死亡相关危险因素分析[D];宁夏医科大学;2017年
5 李文静;无创评估病毒性肝炎后肝硬化食管静脉曲张及出血的临床价值[D];郑州大学;2017年
6 魏丽;用于未知DNA供者洲际人群来源推断的SNPs复合检测体系研究[D];山西医科大学;2015年
7 李英杰;狐狸Agouti基因序列测定及SNPs检测[D];河北科技师范学院;2015年
8 赵甜;贵州省汉族人群身高相关基因单核苷酸多态性(SNPs)与成人终身高关系的研究[D];山东大学;2015年
9 丁玉;PAX6基因2个SNPs位点与精神分裂症临床症状的相关性研究[D];天津医科大学;2015年
10 陶欢;水稻品种CO39及其NILs基因组重测序序列的组装与SNPs分析[D];福建农林大学;2016年
中国重要报纸全文数据库 前1条
1 记者 应洪舒;我学者发现COX-2基因与胃癌易感性相关[N];中国医药报;2006年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62982499
  • 010-62783978