基于候选SNPs的丙型肝炎病毒感染相关肝硬化及肝癌易感性研究

【摘要】：目的丙型肝炎病毒(Hepatitis C Virus,HCV)感染是引发肝硬化及肝细胞肝癌(Hepatocellular Carcinoma,HCC)的一种重要的危险因素,病毒与宿主之间的相互作用在疾病的发生发展中起着重要作用。数个与丙型肝炎病毒感染相关肝硬化及肝癌易感性相关单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNPs)在国外人群中已被广泛研究报道,如“主要组织相容性复合体Ι类多肽相关序列A(MHC class I polypeptide-related sequence A,MICA,rs2596542)、DEPDC5 rs1012068、含patatin样磷脂酶域3(patatin-like phospholipase domain containing 3,PNPLA3,rs738409)、维生素D受体(vitamin D receptor,VDR,rs7975232)和表皮生长因子(epidermal growth factor,EGF,rs4444903)”。这些SNPs的等位基因频率分布在不同地区种族人群之间有很大的差异性,且在中国人群中尚没有上述SNPs与丙型肝炎病毒感染相关肝硬化、肝癌易感性的研究报道,因此我们选取了之前国外报道过的5个SNPs,在中国汉族人群中研究是否与HCV感染相关肝硬化、肝癌易感性也存在相关性。方法本实验研究分为两个部分进行,第一部分通过检索美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)数据库中与HCV感染相关肝硬化、肝癌易感性相关的SNPs,然后通过病例-对照研究的方法收集了62例肝硬化患者(病例组)和79例慢性丙型肝炎患者(对照组)。应用基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)分型技术对所有患者5个SNPs进行测定,然后应用统计学方法分析这些SNPs在我国汉族人群是否与HCV感染相关肝硬化易感性相关。第二部分我们收集了46例丙肝肝癌患者,测定SNPs并统计分析了这些SNPs是否与HCV感染相关肝癌易感性相关。结果第一部分实验中的5个SNPs与HCV感染相关肝硬化易感性研究结果显示:(1)在本实验人群中未发现MICA rs2596542与HCV感染相关肝硬化易感性相关联:肝硬化组中基因型GG、GA和AA的频率分别为46.77%、41.94%和11.29%,与肝炎组(58.23%、34.18%、7.59%)相比,差异无统计学意义。肝硬化组中等位基因G的分布频率为67.74%,较肝炎组(75.32%),差异无统计学意义。随后在经校正年龄、性别等影响因素的多因素Logistic回归分析各遗传模型中未发现rs2596542与HCV感染相关肝硬化易感性存在关联性。(2)在本实验人群中未发现DEPDC5 rs1012068与HCV感染相关肝硬化易感性相关联:肝硬化组基因型TT、TG和GG的频率分别为54.84%、35.48%和9.68%,与肝炎组(60.76%、36.71%、2.53%)比较,差异无统计学意义。肝硬化组中等位基因T的分布频率为72.58%,较肝炎组(79.11%),差异无统计学意义。随后在经校正年龄、性别等影响因素的多因素Logistic回归分析各遗传模型中未发现rs1012068与HCV感染相关肝硬化易感性存在关联性。(3)在本实验人群中未发现PNPLA3 rs738409与HCV感染相关肝硬化易感性相关联:肝硬化组中CC、CG和GG基因型频率分别为37.10%、46.77%、16.13%,与肝炎组(44.30%、43.04%、12.66%)相比,差异无统计学意义。肝硬化组中等位基因C的频率分布为60.48%,较肝炎组(65.82%),差异无统计学意义。随后在经校正年龄、性别等影响因素的多因素Logistic回归分析各遗传模型中未发现rs738409与HCV感染相关肝硬化易感性存在关联性。(4)在本实验人群中未发现VDR rs7975232与HCV感染相关肝硬化易感性相关联:肝硬化组基因型CC、CA和AA的频率分别为58.06%、38.71%和3.23%,与肝炎组(49.37%、45.57%、5.06%)相比,差异无统计学意义。肝硬化组中等位基因C的分布频率为77.42%,较肝炎组(72.15%),差异无统计学意义。随后在经校正年龄、性别等影响因素的多因素Logistic回归分析各遗传模型中未发现rs7975232与HCV感染相关肝硬化易感性存在关联性。(5)在本实验人群中发现EGF rs4444903与HCV感染相关肝硬化易感性存在关联性:肝硬化组基因型GG、AG和AA的频率分别为61.30%、31.25%、6.45%,与肝炎组(40.50%、51.90%、7.60%)相比,两组间差异有统计学意义(P=0.045);肝硬化组和肝炎组中等位基因G的频率分别为77.42%和66.46%,两组间差异有统计学意义(P=0.043);随后在经校正年龄、性别等影响因素的多因素Logistic分析隐性遗传模型中发现:携带基因型GG的肝炎患者发生肝硬化的风险为AA+AG患者的2.188倍(OR=2.188,95%CI=1.072-4.465,P=0.031)。第二部分结果显示:(1)在本实验人群中未发现位点rs2596542、rs1012068、rs738409和rs7975232与HCV感染相关肝癌易感性存在关联性。(2)EGF rs4444903与HCV感染相关肝癌易感性相关:肝癌组中基因型GG、AG和AA的频率分别为60.87%、32.61%和6.52%,较肝炎组(40.50%、51.90%、7.60%)差异无统计学意义(P=0.083)。肝癌组等位基因G的频率为77.17%,与肝炎组(66.46%)相比,差异无统计学意义(P=0.073)。随后在经校正年龄、性别等影响因素的多因素Logistic回归中研究发现,等位基因G为发生肝癌的风险等位基因(OR=1.944,95%CI:1.023-3.695,P=0.042);携带基因型GG的肝炎患者发生肝癌的风险为AA+AG基因型患者的3.104倍(OR=3.104,95%=1.319-7.30,P=0.01)。结论(1)EGF rs4444903与HCV感染相关肝硬化、肝癌易感性相关。(2)在本实验研究人群中未发现MICA rs2596542,DEPDC5 rs1012068,PNPLA3rs738409和VDR rs7975232与HCV感染相关肝硬化、肝癌易感性相关。