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苦荞多态性分析及构建苦荞遗传连锁图谱的引物筛选

范小玲  
【摘要】: 苦荞又称鞑靼荞麦(Tartary buckwheat)属于蓼科,荞麦属,是一种中国特有的适合于冷凉气候下生长的双子叶作物,一直被作为药食兼用的作物。 遗传背景分析是育种工作的前提,之前多从传统的形态学、同功酶、种间可杂交性等方面对关于苦荞遗传多样性和亲缘关系的研究进行分析,分子标记方面分析较少。健康食品越来越受人们的青睐,所以迫切需要一种快速、有效鉴定苦荞品种的方法。SRAP标记作为新型的一种DNA分子标记技术,已经成功应用于多种植物中品种遗传多样性、重要性状基因标记、构建高密度分子遗传图谱等方面。 本研究采用SRAP和SSR分子标记对苦荞进行了分析,主要研究结论如下: 苦荞SRAP-PCR最佳反应体系:dNTPs 0.2 mM;Mg2+2.0 mM;DNA 30 ng;引物0.4μM;Taq酶1.0 U;反应总体积为20μl。 利用30对SRAP引物对10份苦荞种质基因组DNA分析,筛选出26对具有扩增条带的引物,共获得285个SRAP标记位点,其中235个位点具有多态性,多态率可以达到82.5%;26对引物中,5对引物的鉴别能力达到100%。10份选试材料的相似系数在0.6105~0.7825范围内;在相似水平0.69处,可将其分为两类,结果来自同一地区的品种聚在一起,表明苦荞品种的聚类与其原产地的地理背景有密切相关。 利用103对引物对凤凰苦荞和苦荞野生近缘种的杂交亲本进行了分析,所有引物中筛选出可以用于构建遗传图谱的46对引物,占总数的44.5%,为苦荞遗传图谱的构建提供了依据。 对2%CTAB、3%CTAB、试剂盒提取苦荞基因组DNA的方法进行比较,结果发现,结果表明试剂盒的效果和重复性明显好于其它两种方法,可用于后续实验。 另外,开发和筛选了苦荞SSR引物,获得了24个阳性克隆产物,发现重复次数不多,重复序列太短,作为SSR分子标记的多态性较差。127对SSR引物中,筛选出3对具有多态性的SSR引物,筛选引物的比率比较低,可能是由于苦荞属于严格的自花授粉植物,品种的遗传变异幅度较小,遗传基础相对狭窄,不同品种的鉴定和遗传多态性分析较为困难。


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