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鞘氨醇单胞菌等3株内蒙古草原土壤新菌的分离鉴定

沈立新  
【摘要】:土壤微生物种类、数量资源丰富,地球上种类最丰富的微生物群落存在其中,如细菌、古菌、真菌、病毒、原生生物以及一些微型动物等且土壤微生物在几乎全部门中都被发现存在,具有重要的研究意义和广泛的应用前景。通过对土壤微生物分离鉴定,系统地分类和鉴定能够纯培养出的微生物,丰富土壤微生物种类,为研究土壤微生物在生物地球化学循环、生态学中的作用奠定基础。本论文用传统分离方法从西乌旗草原(草甸草原)、毛登牧场实验基地(典型草原)、赛罕塔拉(荒漠草原)三处土壤样品分离细菌,基于16S r RNA基因进行物种分类,并利用多相分类法对其中两株鞘氨醇单胞菌(Sphingomonas)XHJ-2~T和MHJ-3Q~T以及一株假单胞菌(Pseudomonas)MHJ-10J ~T进行了新菌鉴定。结果如下:1.三种土壤共分离出136株细菌,通过16S r RNA基因序列进行分类,分属厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)四个门,44个属。分离菌的种群复杂程度顺序为西乌旗草原土壤样毛登牧场土壤样赛罕塔拉土壤样。2.鞘氨醇单胞菌(Sphingomonas)XHJ-2~T和MHJ-3Q~T的分类鉴定:菌株XHJ-2~T和MHJ-3Q~T均属于α-变形菌门的Sphingomonas属新种。菌株XHJ-2~T和MHJ-3Q~T细胞为革兰氏阴性,短杆状,无鞭毛。16S r RNA基因序列系统发育分析结果表明,菌株XHJ-2~T和MHJ-3Q~T的分别与Sphingomonas属模式菌Sphingomonas zeicaulis 541(97.09%)和Sphingomonas rosea PB196(97.31%)的相似度最高。菌株XHJ-2~T和MHJ-3Q~T与其他模式菌的基因组的平均核苷酸序列(ANI)值均小于80%。菌株XHJ-2~T的主要脂肪酸为Summed Feature 8(C_(18:1)ω7c和/或C_(18:1)ω6c),(39.58%)和C_(16:0)(21.75%),而菌株MHJ-3Q~T主要脂肪酸为C_(15:1)ω5c(34.47%),C_(15:0) iso(15.71%)和C_(13:0) iso(11.07%)。实验测得磷脂酰甘油(Phosphatidyl glycerol,PG)、磷脂酰乙醇胺(Phosphatidyl ethanolamine,PE)、一种未鉴定结构的磷脂(PL)以及一种未鉴定结构的极性脂(L)是菌株XHJ-2~T的主要极性脂质;二磷脂酰甘油(Diphosphatidylglycerol,DPG)、磷脂酰甘油(Phosphatidyl glycerol,PG)、磷脂酰乙醇胺(Phosphatidyl ethanolamine,PE)、一种未鉴定结构的磷脂(PL)是菌株MHJ-3Q~T主要的极性脂质。菌株XHJ-2~T和MHJ-3Q~T的基因组DNA G+C含量分别为64.61mol%和67.84mol%。模式菌株XHJ-2~T(=KCTC 82618~T=CGMCC 17322~T)和MHJ-3Q~T(=KCTC82617T=CGMCC 17322T)。3.新种Pseudomonas pratensis MHJ-10J ~T的分类鉴定:菌株MHJ-10J ~T属于α-变形菌门的假单胞菌属的一个新种Pseudomonas pratensis。菌株MHJ-10J ~T为革兰氏阴性菌,短杆状,有鞭毛可运动。基于16S r RNA基因序列的系统发育分析结果显示,MHJ-10J ~T与假单胞菌属Pseudomonas lutea DSM 17257~T的相似度最高(98.5%)。菌株MHJ-10J ~T与其他模式菌的基因组的平均核苷酸序列(ANI)值均小于95%。其主要的呼吸醌均为泛醌-10(Q-10)。菌株MHJ-10J ~T主要的脂肪酸含量为C_(16:0)(26.4%),Sum Feature3(C_(16:1)ω7c和/或C_(16:1)ω6c)(22.2%)和Sum Feature 8(C_(18:1)ω7c和/或C_(18:1)ω6c)(20.7%)。菌株MHJ-10J ~T的极性脂主要成分磷脂酰乙醇胺(Phosphatidyl ethanolamine,PE)、二磷脂酰甘油(Diphosphatidylglycerol,DPG)、磷脂酰甘油(Phosphatidyl glycerol,PG),同时实验测得菌株MHJ-10J ~T还拥有三种未知磷脂和两种未知脂质。菌株MHJ-10J ~T的基因组DNA G+C的含量为64.8 mol%,模式菌株为MHJ-10J ~T(=KCTC 82206~T=CGMCC 17322~T)


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