收藏本站
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

五种模式生物基因序列的识别研究

陈翠霞  
【摘要】:模式生物的全基因组序列可分为三种:外显子,内含子和基因间序列。基于基因组的全序列剪切位点附近序列的保守性,序列的组分特征和编码序列阅读框存在三周期性,在对序列进行长度分布统计之后,通过不同的参数选取方法构建离散源,利用最小离散增量方法对序列类型进行预测,比较得到离散量和离散源的参数选择之间的最优化结合点。同时进行了三类序列的特征研究。 第一部分:理论方法与评价参数,离散量概念及最小离散增量预测的方法。 第二部分:在统计长度分析的基础上,选取21种三联体的概率,作为信号参数,并以这些参数分别构建拟南芥的外显子,内含子和基因间三类序列的离散源,计算离散量。某区间上任意一段序列的类型是由其离散量D(X)与同一区间上的三个标准离散量D(X_e)、D(X_i)和D(X_g)之间的离散增量的最小值(LID)决定的。由此实现了用离散量对三种核苷酸序列类型的预测,预测结果表明:标准集准确率达到84.26%,检验集达到84.64%。同时作为对比,将每条序列的碱基从头至尾编号(1,2,…,N),按照三联体三个相位分为3条子序列,子序列编号分别为3n+1、3n+2和3n+3(n=0,1,2,…,N/3-1),统计4种碱基在子序列上各自出现的概率,得到12个参数并以此构建标准离散源。预测过程与用21三联体预测的相同,标准集和检验集的预测成功率分别为81.13%和81.68%。 第三部分:基于64种三联体在三种序列中分布不均匀性的思想,从序列库中截取己知的外显子、内含子和基因间三类序列随机多次提取各自总量的1/3(1/2)构成该染色体标准集,取另外约2/3(1/2)序列构成对应的检验集。然


知网文化
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前20条
1 杨凤巢,王毅;复合型法的改进——优解离散量的工程适用化处理及实例[J];长春光学精密机械学院学报;1996年01期
2 樊玉才;石瑞佳;;用离散增量的方法识别酶蛋白[J];科技信息(学术研究);2008年27期
3 刘秀丽;Henie定理的启发——连续量与离散量的联系[J];菏泽学院学报;2005年02期
4 李次章;辩证的转化是对数和微积分建立的杠杆[J];重庆师范学院学报(自然科学版);1996年03期
5 陈翠霞,李前忠,王小龙;用离散量预测拟南芥全基因组中内含子、外显子和基因间序列[J];内蒙古大学学报(自然科学版);2004年04期
6 胡秀珍;李前忠;;用离散量的方法识别蛋白质的超二级结构[J];生物物理学报;2006年06期
7 黄颖瑞;;关于两种形式的holder不等式的证明[J];数学学习与研究(教研版);2009年08期
8 吕志清,李前忠;用离散量预测蛋白质的结构型[J];生物物理学报;2001年04期
9 张怀光;胡秀珍;;蛋白质27类折叠子序列的特征分析和预测[J];内蒙古工业大学学报(自然科学版);2009年04期
10 陈颖丽,李前忠;用离散量预测原核生物蛋白质的亚细胞位置[J];内蒙古大学学报(自然科学版);2003年05期
11 石瑞佳;胡秀珍;王伟;;基于离散量算法预测酶的亚类[J];河南科学;2008年11期
12 杨磊;李前忠;左永春;李涛;;基于支持向量机方法预测神经毒素[J];内蒙古大学学报(自然科学版);2009年03期
13 龚诚;惠梅;董立泉;刘小华;赵跃进;;微悬臂梁FPA红外成像系统实时图像去噪算法研究[J];光学技术;2009年06期
14 温丽萍;离散数学与计算机科学[J];太原师范学院学报(自然科学版);2004年04期
15 李琨,李前忠;蛋白质结构域折叠类型的离散量理论预测[J];内蒙古大学学报(自然科学版);2005年02期
16 何建新;宋武;;浅析数字电视基本原理[J];长江大学学报(自然科学版);2006年04期
17 高苏娟;胡秀珍;;蛋白质中strand-loop-strand模体的分类[J];内蒙古工业大学学报(自然科学版);2009年01期
18 鲍卫华,李前忠;预测线虫和酵母基因组中内含子、外显子及基因间序列的离散增量方法[J];内蒙古大学学报(自然科学版);2004年01期
19 李凤敏,李前忠;蛋白质亚细胞定位的识别[J];生物物理学报;2004年04期
20 吕志清,李前忠;一种预测蛋白质结构型的新方法[J];内蒙古大学学报(自然科学版);2002年01期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 李相国;;遥测离散量与模拟量数据综合监控系统[A];2011航空试验测试技术学术交流会论文集[C];2010年
2 王静;陈英和;;数量识别的线索:离散量还是连续量[A];第十二届全国心理学学术大会论文摘要集[C];2009年
3 邹斌阳;闫琳;;基于TMS320C6201的高速信号处理平台设计[A];全国第一届嵌入式技术联合学术会议论文集[C];2006年
4 惠长坤;;基于神经网络的船用柴油机控制系统[A];1996年中国控制会议论文集[C];1996年
5 王萌;徐奥;;硬件模块可测试性设计的实现[A];探索创新交流--中国航空学会青年科技论坛文集[C];2004年
6 杨玲;吕美楠;王开铸;;考试成绩自动评估及反思[A];黑龙江省计算机学会2007年学术交流年会论文集[C];2007年
7 郑毓琦;陈峥;徐奡;;基于BIT和ATE组合测试的硬件测试性设计[A];2008年航空试验测试技术峰会论文集[C];2008年
8 谢利军;;某机载计算机专用检测设备的设计[A];第三届全国嵌入式技术和信息处理联合学术会议论文集[C];2009年
9 樊琼剑;杨忠;方挺;沈春林;;基于无人机飞行控制器的地面检测系统研究[A];第六届全国信息获取与处理学术会议论文集(1)[C];2008年
10 饶楠;翁志恒;张定会;;基于PLC的恒压供水系统研究[A];第七届青年学术会议论文集[C];2005年
中国博士学位论文全文数据库 前3条
1 邹东升;蛋白质超二级结构预测研究[D];重庆大学;2009年
2 乌尼尔夫;中国马业综合数据库的建立及马基因组序列预测[D];内蒙古农业大学;2009年
3 王洪跃;回转式空气预热器动态特性及控制策略研究[D];东南大学;2006年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 陈翠霞;五种模式生物基因序列的识别研究[D];内蒙古大学;2004年
2 刘芬;基于不同氨基酸分布的蛋白质超家族的识别[D];内蒙古大学;2006年
3 李凤敏;蛋白质亚细胞定位的序列分析和理论预测算法研究[D];内蒙古大学;2004年
4 李然;PSO算法与线性规划法相结合的地区电网无功优化的研究[D];华北电力大学(河北);2007年
5 马淑杰;蛋白质超家族模体特征的分析与超家族的识别[D];内蒙古大学;2009年
6 李琨;蛋白质结构类型的理论预测及氨基酸关联的统计分析[D];内蒙古大学;2005年
7 吴伯春;输入输出接口处理系统的设计及实现[D];上海交通大学;2008年
8 韩辰;PROFIBUS-DP典型应用系统研究[D];哈尔滨工业大学;2008年
9 李松涛;并行多处理器系统容错的研究与实现[D];电子科技大学;2006年
10 陈敬松;大气数据计算机地面激励器系统研制[D];西北工业大学;2007年
中国重要报纸全文数据库 前1条
1 本报记者 马文方;CPS:从感知网到感控网[N];中国计算机报;2010年
中国知网广告投放
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62982499
  • 010-62783978