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人类癌症基因的可变剪接分析

应智强  
【摘要】: 对m-RNA前体(pre-mRNA)的剪接,不仅是细胞核中精密而普遍的过程,而且是基因表达中引起癌症表达的天然来源。其中有些剪接方式表现出了一定的癌症特异性,有些剪接方式则表现出一定的组织特异性。现有的大量实验数据表明,可变剪接(alternative splicing)以多种方式导致疾病特别是癌症的产生。因此,对于这种不牵涉到遗传信息永久性改变的基因调控方式的研究,并在此基础上预测同—基因的不同剪接形式,对于进一步分析基因的功能和其表达调控以及疾病的预防和治疗具有重要的理论意义。前人的工作大多是针对特定的疾病基因的可变剪接进行研究,缺乏总体上的分析,然而在实验技术快速发展,实验数据不断增加的今天,逐个的分析显然难以满足实际需要。这就要求我们在整体上对与疾病相关的可变剪接性质有一个大致的认识。本文以ASAP(Alternative Splicing Annotation Projection)数据资源来构建人类癌症和组织特异的可变剪接数据库,并对剪接位点附近序列中的碱基多联体使用频率进行统计,针对数据库所给出的癌症和组织特异可变剪接方式及其对应的正常剪接方式进行了F检验。结果显示有些癌症和组织特异的剪接方式表现出显著差异(P<0.05)或极显著差异(P<0.01)。以此为基础对具有癌症特异性的剪接方式做了预测,在为疾病特别是癌症的预防和治疗做出了一些理论上的探讨。


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