牛O型口蹄疫病毒内蒙古疫苗株p1基因的克隆与序列分析

【摘要】：本实验应用牛 O 型口蹄疫内蒙古疫苗株,提取病毒总 RNA,以提取的 RNA 为模板,根据已发表的 O/Tibe/CHA/99 株核酸序列,设计并合成引物,通过 RT-PCR 扩增出 FMDV P1 基因,并将其克隆到 pGEM-T easy 载体上,转化 E.Coli DH5α感受态细胞中,经 PCR、以及测序证明得到了 FMDV P1 基因,并利用 DNAStar 软件包中的 SepMan软件进行序列拼接,将所得序列与国内外 FMDV 参考序列进行同源性、差异性比较和分析,绘出遗传进化树图谱。分析结果显示:牛 O 型口蹄疫内蒙古疫苗株与参考毒株 O/UKG/35/2001, O/SAR/19/2000, O/Tibet/CHA/99 等泛亚型(PanAsia)口蹄疫病毒株 P1 基因的同源性分别为 98.6%、98.7%和 99.1% ,为相同的基因型,而与 O1K、O1/Campos、O/AKS/58、O/Yunlin/TaiWan/99 等毒株的同源性为 83%～86.5%,为不同的基因型。牛 O 型口蹄疫内蒙古疫苗株在基因型上属于泛亚毒株。牛 O 型口蹄疫内蒙古疫苗株与其它毒株的差异主要存在于 P1 的第 547～573,656～681,720～734氨基酸之间,特别是在第 656～681 即 VP1 的第 130～160 氨基酸之间差异明显,本试验为进一步研究口蹄疫病毒的分子结构探明病毒的遗传演化关系和研究基因工程疫苗提供数据。