2020年内蒙古自治区新型冠状病毒肺炎流行病学及基因特征分析

【摘要】：目的阐明内蒙古自治区新型冠状病毒肺炎疫情流行病学及基因特征,为控制疫情防控提供科学依据,为新型冠状病毒肺炎疫苗的研发升级提供科学的基线数据。方法1:采用描述性流行学研究,回顾性分析内蒙古自治区2020年1月24日—2020年12月30日本土确诊病例以及2020年3月24日-2020年9月15日境外输入确诊病例的流行病学特征。2:采用内蒙古自治区境外航班分流输入6例新型冠状病毒肺炎确诊病例咽拭子样本,2例本土新型冠状病毒肺炎确诊病例咽拭子样本,用荧光定量PCR方法复核阳性样本;通过二代测序对71例毒株进行全基因组测序,采用COVID-19全基因组测序技术和DNASTAR Lasergene Meg Align v7.1.0以及Phylo Suite v1.2.1进行进化树分析和基因序列比对;将所测得的全基因组序列传送至国家科学数据基因组中心鉴定基因片段变异(突变)位点。结果自2020年1月24日—2020年12月30日全自治区共报告本土新冠肺炎确诊病例112例,无症状感染者7例,死亡病例1例;自2020年3月24日-2020年9月15日境外输入病例184例,无症状感染者2例,无死亡病例,1例复阳病例。全区共报告19起聚集性疫情,主要为家庭内部传播。学校,社区,工作单位均出现聚集性病例。本地病例主要以聚集性病例为主;随着疫情的发展,病例由以本土传播为主转变为境外输入。疫情覆盖全自治区十一个盟(市),占自治区盟(市)总数的91.7%。报告地区首例病例为本土病例,病例报告地区为内蒙古自治区口岸城市满洲里市。NM-032,NM-037,NM-040属于B.1亚型,代表了可能为欧洲血统,在欧洲和从欧洲到世界其他地区传播;NMG-14BYS为B.1.1亚型,代表可能主要为欧洲血统;表示大概率从欧洲传播到世界其他地区;NM-039为B.1.1.1亚型,代表可能为英国血统;NMG-188YS为B.1.283亚型为日本血统。满洲里毒株为B.1.1亚型,代表可能主要为欧洲血统。结论1.内蒙古自治区新冠病毒肺炎的流行病学特征为聚集性发病,本土和境外输入病例男性女性发病率构成比差异无统计学意义,全人群易感。2.2020年6株境外输入病例新冠病毒代表株,基因定型为B基因型(L基因型),血统可能为欧洲血统。内蒙古自治区基因变异的变异位点较少。3.本研究提示在预防和控制COVID-19的流行中,应重视群体性流行。除了隔离病人外,跟踪、筛选和隔离那些与病人有密切接触的人也很重要。特别是对于疫区健康人群来说,自我隔离是关键。4.提示阳性病例痊愈后仍有复阳的的可能性,建议对痊愈的阳性病例全部粪便采样,进行核酸检测。防止出现再传染的现象。5.满洲里疫情是由俄罗斯输入的新冠病毒(B基因型欧洲家系分支)引起的。由俄罗斯入境工作人员传入,有两条传播链。传播途径为人-人,物-人。