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蛋白质序列比较中的图形表示及其相似性分析

吴霞  
【摘要】:蛋白质结构预测是生物信息学中的重要课题,而蛋白质序列是蛋白质结构预测的基础。由此蛋白质序列的比较分析就显得尤为重要。我们在这里主要探讨的就是蛋白质序列比较中的图形表示方法和在此基础上的相似性分析方法。 本文总结了蛋白质序列比较的一些已有方法和算法后,就其中的蛋白质序列的图形表示进行了详细研究,给出了3维和6维这两种图形表示方法,一种方法具有直观的优点,另一种方法具有完备描述序列特征的长处。接着,在6维图形表示的基础上,做出其相似性分析,给出某个蛋白质序列的各种距离矩阵,并就L/L矩阵给出它的最大特征值和信息熵这两个量,由于6维图形表示有三种不同形式,所以每一个蛋白质序列的最大特征值和信息熵都是一个三维向量,然后就这些向量来进行序列间的比较。得出的比较结果与已有的结果很相似。最后就相似性补充了两个蛋白质序列间最长公共子序列问题。这种图形表示方法及其相似性分析对于蛋白质序列的比较是一种新的推动力。


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