收藏本站
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

基于二阶马尔可夫模型的生物序列比较及进化树构建

徐珺  
【摘要】:在20世纪,随着人类基因组计划中精确的DNA全序列图的完成,近年来基因库中的碱基数目大量增长,为了能够管理好这些数据并挖掘出有用的生物信息并分析它,众多的生物学家、数学家、计算机科学家积极的在这个新兴领域中进行研究,生物信息学即计算分子生物学就在这样的研究过程中产生的交叉学科。生物序列的分析比较是计算生物学的主要研究内容之一,通过近些年的研究发展,生物序列的比较分析方法一般分为两大类:一种是比对方法,另一种是非比对方法。鉴于目前DNA序列数据量庞大,比对方法计算量过大、耗时长,算法成本比较高,非比对方法成为此领域研究者关注的重点。本文以二阶马尔可夫模型为研究对象,提出DNA序列非比对模型,主要内容概括如下: 1.对DNA序列的比较,判断他们之间的相似程度,从而推测他们的结构、功能以及进化的联系。利用加权相对熵的二阶马尔可夫模型的基本原理,对DNA序列进行比较。DNA序列将其视为一个马尔可夫链,取状态空间I={A,T,G,T},使用二阶转移概率矩阵来描述DNA序列,得到DNA序列的特征值,进而利用特征值定义DNA序列的相似性度量,得到能够对DNA序列进行比较的新方法,并利用这个方法对30个物种的线粒体DNA序列进行分类。 2.在DNA三联体密码子表示的基础上,建立了DNA序列新的几何图形表示模型,将DNA序列映射成一条三维曲线,并将曲线数值化后进行特征值的提取。通过距离矩阵重构8种病毒cRNA序列NA片段的进化树,并分析其相似性。为DNA序列的描述提供了新的手段。


知网文化
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前20条
1 张海飞;洪英;;马尔可夫链在市场预测和决策中的应用[J];通化师范学院学报;2009年08期
2 张浩;王福林;索瑞霞;申雷明;;基于马尔可夫模型的我国东、中、西部的产业结构预测[J];数学的实践与认识;2010年14期
3 张泊平;王荣;吴国玺;;基于马尔可夫模型的耕地变化趋势预测[J];安徽农业科学;2008年33期
4 刘艳丽;刘觉夫;谢昕;;基于马尔可夫模型的地理信息系统研究[J];华东交通大学学报;2006年02期
5 徐芊;周栩;邹伟武;;马尔可夫模型在工程监理企业人力资源预测中的应用[J];价值工程;2007年12期
6 崔锦龙;邓姝杰;;基于马尔可夫模型的降水预测及其利用[J];资源开发与市场;2008年02期
7 曾召霞;;论高校人力资源管理预测与决策[J];技术与创新管理;2006年05期
8 孔帆帆;李宏;李号双;尹翔;;基于改进马尔可夫模型的启动子预测算法[J];计算机工程与科学;2007年12期
9 楼玉萍,陈欣;软件可靠性评估中的组件独立性研究[J];浙江师范大学学报(自然科学版);2005年01期
10 韦素琼,陈健飞;福建省土地利用动态变化及趋势预测[J];福建师范大学学报(自然科学版);2003年04期
11 金星;洪延姬;张明亮;叶继飞;王俊花;;马尔可夫模型状态转移概率矩阵的快速计算方法[J];弹箭与制导学报;2005年S3期
12 胡华科;;门限自回归模型及其在耕地总量预测中的应用[J];安徽农业科学;2007年11期
13 李国晖;;马尔可夫模型在常染色体遗传中的应用[J];内蒙古科技与经济;2007年21期
14 韦家华;;基于马尔可夫模型的零售企业期望利润分析[J];中国商贸;2011年09期
15 曹晓丽;马尔可夫模型在人力资源预测中的应用[J];统计与决策;2005年13期
16 刘新新;徐跃通;翟艳青;;基于GIS的南屯矿区土地利用动态变化与预测[J];矿业研究与开发;2009年04期
17 韩贻强;;基于马尔可夫模型的河川径流丰枯状态预测[J];安徽农业科学;2009年01期
18 简艳群;;灰色-马尔可夫链模型在股市预测中的应用[J];价值工程;2010年24期
19 吕宜平;徐刚强;;曲阜市土地利用结构预测[J];曲阜师范大学学报(自然科学版);2010年01期
20 王勇轶;刘莉莉;张金龙;王首;王义;刘静;孙旭;;生态输水影响的额济纳沿河区景观变化趋势初探[J];干旱区资源与环境;2010年10期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 刘少林;王道文;王西恩;陈成;周维;;基于移动结点信息预报的马尔可夫模型[A];2010通信理论与技术新发展——第十五届全国青年通信学术会议论文集(下册)[C];2010年
2 杨文强;;衍生马尔可夫模型对DNA剪切位点的识别[A];第二十届全国数据库学术会议论文集(技术报告篇)[C];2003年
3 高江波;李双成;;基于马尔可夫模型的土地利用变化情景分析—以京津冀地区为例[A];中国地理学会2007年学术年会论文摘要集[C];2007年
4 闫娟;谢一清;;基于离散马尔可夫模型的水下运动目标识别方法[A];中国声学学会1999年青年学术会议[CYCA'99]论文集[C];1999年
5 皇安伟;韩正平;王晓海;穆源;;双机热备份机群的可信性建模分析[A];2008通信理论与技术新进展——第十三届全国青年通信学术会议论文集(上)[C];2008年
6 姜彤艳;罗四维;王金亭;;集群系统的建模及其可靠性分析[A];第六届中国青年运筹与管理学者大会论文集[C];2004年
7 刘敏;刘艳芳;张雅杰;刘洋;夏玉平;;城镇地价指数的灰色——马尔可夫预测模型构建——以深圳市为例[A];2006年中国土地学会学术年会论文集[C];2006年
8 徐明迪;赵恒;张焕国;;面向可靠性的动态Web服务组合选择策略研究[A];CCF NCSC 2011——第二届中国计算机学会服务计算学术会议论文集[C];2011年
9 李辉;严隽薇;刘敏;李继骏;;智能客服系统中调度器的设计与实现[A];'2008系统仿真技术及其应用学术会议论文集[C];2008年
10 蔡琦;陈玲;赵新文;张永发;;基于相关故障的核动力装置可靠性分析[A];第五届北京核学会核技术应用学术交流会论文集[C];2008年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 代琦;生物序列、结构比较中若干数学模型研究及应用[D];大连理工大学;2009年
2 常桂松;生物序列分析中若干概率模型研究及应用[D];大连理工大学;2011年
3 阳晔;面向嵌入式处理器的代码压缩研究[D];浙江大学;2007年
4 余轶军;Web访问信息挖掘若干关键技术的研究[D];浙江大学;2006年
5 邵永社;雷达图像定位方法与关键技术研究[D];同济大学;2006年
6 张岩;乌梁素海结冰过程中污染物迁移机理及其应用研究[D];内蒙古农业大学;2012年
7 王超;电力系统可靠性评估中的几个重要问题研究[D];浙江大学;2007年
8 陶茂华;基于个性化需求服务供应链运作模式研究[D];北京交通大学;2012年
9 唐贵进;无线Mesh网络中端到端立体视频质量保障的关键技术研究[D];南京邮电大学;2013年
10 王贵和;网络化制造环境下供应链管理及相关技术的研究[D];东北大学;2008年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 徐珺;基于二阶马尔可夫模型的生物序列比较及进化树构建[D];大连交通大学;2013年
2 刘少林;P2P结点信息预报马尔可夫模型研究[D];云南大学;2011年
3 李绍燕;基于变长马尔可夫模型的基因剪接位点识别[D];苏州大学;2011年
4 龙鑫;认知无线电系统频谱接入技术研究[D];上海交通大学;2009年
5 李万辰;基于马尔可夫链的动态客户关系管理建模研究[D];暨南大学;2007年
6 李誌;基于马尔科夫链的RNA二级结构预测[D];吉林大学;2007年
7 高顺川;动态故障树分析方法及其实现[D];国防科学技术大学;2005年
8 黄薇;灰色马尔可夫模型在中国与东盟进出口总额预测中的研究与应用[D];兰州商学院;2010年
9 佟众;无线机车信号系统可靠性设计[D];北京交通大学;2008年
10 刘玉斐;职业技术院校财务决策支持系统应用研究[D];郑州大学;2007年
中国重要报纸全文数据库 前2条
1 实习生 崔文苑;携号转网蓄势待发[N];科技日报;2010年
2 本报记者 张九陆;携号转网:饱和市场下的竞争优化[N];通信产业报;2010年
中国知网广告投放
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62982499
  • 010-62783978