蛋白质编码序列的特征值对蛋白质折叠速率的影响

【摘要】：蛋白质折叠对蛋白质的功能起着重要作用。只有蛋白质折叠成为正确的天然结构,才能完成蛋白质的功能。蛋白质正常的折叠能使生物的各项机能正常的运行。如果蛋白质进行了错误的折叠,就会使生物体的机能改变,以至于会导致某些疾病。近年来,蛋白质折叠速率的预测研究受到越来越多的研究者青睐,因此探究影响蛋白质折叠速率的因素就显得十分重要。影响蛋白质折叠速率的因素有很多,蛋白质的不同类别和形态对折叠速率的影响也不同。本文根据蛋白质中的一些特征值对折叠速率的影响进行了相关研究,主要工作包括以下两个方面:1、根据蛋白质的性质把蛋白质分为全α类蛋白质,全β类蛋白质和混合类蛋白质,以及未分类蛋白质。根据氨基酸分子在蛋白质中的作用,从物理化学性质中选取对它们有效的特征值,计算出这些特征值的参数和在蛋白质序列中氨基酸的平均属性。利用多元线性回归和Jackknife检验方法,分析不同类别蛋白质的折叠速率在实验值与预测值之间的相似性。利用该方法分析了混合特征值与蛋白质折叠速率之间的相关性,得到了较好的结果。2、由于蛋白质的二态和多态的折叠机制有很大的差别,因此把蛋白质分为二态和多态进行分析研究。选取了65个氨基酸序列的蛋白质,通过计算获取平均远距离接触NL和序列的复杂度,并进行多元线性回归分析。用Jackknife方法检验,得出相关系数R和T值。经过实验得出平均远距离接触NL和序列的复杂度对二态和多态的蛋白质有一定的影响。