收藏本站
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

锦鲤红白皮体色表达谱分析及相关基因甲基化表达模式的研究

李晓敏  
【摘要】:锦鲤(Cyprinus carpio var.Koi),隶属鲤科,是鲤鱼的一个变种,因其体色变化丰富多彩,变幻多姿,是一种全球范围内重要的观赏鱼类。其中,红白锦鲤为最常见品种,本文主要以红白锦鲤作为主要的研究材料,研究体色差异的分子机制,本文通过RNA-Seq技术对红白锦鲤的红皮和白皮两个样本的转录组进行研究,得到的结果如下:1.采用双端100 nt Illumina Hiseq测序,在红皮与白皮样本中分别得到1.03千万条双末端序列,以已发布的鲤鱼基因组做参考,由Cufflinks对测序reads进行比对、组装和整合,共得到85,823条组装后的转录本,其中81,959(95.3%)条转录本能够比对到参考基因组中,剩余3,846条转录本在基因组的覆盖区域与参考注释转录本不一致,这些转录本来自3,157个不同的基因区域,其中437个比对到外显子反义链上的基因,2,720个比对到基因间隔区域。2.未比对到参考基因组的3,157个基因用Transcoder以及BLASTX进行预测和比对,预测到2,295潜在编码蛋白的基因,剩余的862个基因与ENSEMBL中硬骨鱼nc RNA数据库以及NONCODE数据库进行BLASTN比对,共有143个基因找到同源的已知nc RNA。3.用Cuffdiff、DESeq和edge R根据比对后所得FPKM值,对转录本在红皮与白皮中的表达量差异进行分析,分别得到169,453,1453个差异基因,共同的差异基因为62个,其中52个在红皮与白皮中都表达,但表达存在差异,有2个在红皮特异表达,8个在白皮中特异表达。通过q RT-PCR对52个差异基因在红皮与白皮中的表达模式进行验证,结果显示有3个基因表达模式与RNA-Seq不一致,有3个基因表达不显著,有46个基因表达与RNA-Seq结果一致且在红皮与白皮中的表达差异显著。4.对差异基因用BS-PCR法进行甲基化分析,其中锦鲤的gpib基因与klf4a基因甲基化存在差异,gpib在红皮中甲基化较高为83.98%,在白皮中为68.68%;klf4a在白皮中的甲基化程度较高为95.8%,在红皮中的甲基化程度为79.8%,这与RNA-Seq结果和q RT-PCR结果成反比,说明甲基化可能参与基因的表达调控。在本研究中,使用RNA-Seq技术得到锦鲤红白皮肤的转录组序列,得到其体色的转录组数据,并对红白体色中表达差异的基因进行注释和表达量验证,得到了红白皮差异基因表达谱,对其中两个差异基因可能的甲基化修饰进行了实验分析,探究其表观遗传机制,为今后研究其皮肤中的体色机制提供理论基础。


知网文化
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前20条
1 王成辉,李思发,曾伟光,徐志彬,项松平,王剑,段江萍,潘增云;瓯江彩鲤体色与生长的遗传—环境互作分析[J];上海水产大学学报;2004年02期
2 侯艳君;谢骏;周群兰;刘波;徐跑;;鱼虾体色研究概述[J];安徽农学通报;2007年14期
3 王旭霞;邵力;;观赏鱼体色的研究现状[J];水利渔业;2008年02期
4 王成辉;项松平;吕耀平;王剑;潘增云;何小珍;;瓯江彩鲤红、白两种体色遗传关系的初步研究[J];上海水产大学学报;2008年04期
5 徐建瑜;刘鹰;;基于计算机视觉的罗非鱼适应环境的体色变化研究[J];水生生物学报;2009年02期
6 张玉勇;贾智英;白庆利;唐永凯;;养殖条件下山女鳟银化体色个体生产性状[J];动物学杂志;2011年04期
7 苗田田;钟有奇;钱克林;赵金良;甘远迪;;金鳜体色发生观察[J];水产科技情报;2013年02期
8 朱丽艳;马玉清;项松平;毕详;王剑;李巍;王成辉;;不同体色瓯江彩鲤生长动态的观察与分析[J];上海海洋大学学报;2013年03期
9 严朝晖;;改善养殖鱼虾体色研究进展[J];饲料工业;1993年12期
10 樊永胜;朱道弘;;昆虫体色多型及其调控机理[J];中南林业科技大学学报;2009年01期
11 刘豪;王成辉;杨新鑫;王军;马玉清;;红、白两种体色瓯江彩鲤的抑制性差减杂交[J];上海海洋大学学报;2009年06期
12 徐伟;李池陶;曹顶臣;耿龙武;;黄色鲤、蓝色鲤、红色鲤杂交的体色及鳞被遗传特性[J];动物学杂志;2010年05期
13 邓宇然;钟杨生;叶学林;宋怡;王叶元;黄万雄;林健荣;;一种黑体色突变蚕的生物学特性研究[J];广东蚕业;2011年02期
14 徐伟;耿龙武;李池陶;佟广香;;不同体色鲤、鲫鳞片的色素分布特点[J];上海海洋大学学报;2012年01期
15 冯幼;许合金;刘定;陈子腾;许进奉;黎相广;关立增;蔡汉秋;;营养素对鱼类体色的影响[J];饲料与畜牧;2013年11期
16 郑文彪,潘炯华;人工获得大量体色变异的苏氏(鱼芒)鲶试验初报[J];水产科技情报;1990年05期
17 冯幼;许合金;刘定;陈子腾;许进奉;黎相广;蔡汉秋;;鱼类体色研究现状[J];饲料博览;2014年02期
18 王吉桥,许建和,张弼;比目鱼体色异常的机理与对策[J];海洋科学;2002年02期
19 徐建瑜;姜雄晖;刘鹰;;基于计算机视觉的鱼体色明暗程度量化方法[J];农机化研究;2006年06期
20 叶元土;郭建林;萧培珍;袁建明;陈佳毅;;养殖武昌鱼体色与鳞片黑色素细胞初步观察[J];饲料工业;2006年22期
中国重要会议论文全文数据库 前2条
1 李欢;桑卫国;段青源;;鱼类体色成因及调控研究进展[A];浙江省动物学会第十二届会员代表大会暨学术讨论会论文摘要集[C];2013年
2 王海英;张晓红;吴锐全;王广军;欧阳冰;罗建仁;胡隐昌;;两种添加剂色素对血鹦鹉体色的调控作用[A];2008年中国水产学会学术年会论文摘要集[C];2008年
中国博士学位论文全文数据库 前2条
1 马得友;基于高通量测序的刺参白化发生和子代体色分离研究[D];中国科学院研究生院(海洋研究所);2013年
2 姜森颢;红刺参(Apostichopus japonicus)生长、体色和体壁生化成分的初步研究[D];中国海洋大学;2011年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 牟春艳;虾青素对血鹦鹉鱼体色变化的研究[D];西南大学;2015年
2 李晓敏;锦鲤红白皮体色表达谱分析及相关基因甲基化表达模式的研究[D];大连海洋大学;2015年
3 范武江;两种不同体色鳙鱼群体生物学及遗传差异研究[D];湖南农业大学;2007年
4 龚碧涯;基于计算机视觉定量化评价斜纹夜蛾幼虫体色与环境的关系[D];湖南农业大学;2013年
5 喻翔;虾青素与甲基睾丸酮对樱桃鲃生长与体色的影响[D];西北大学;2012年
6 李雪松;“全红”体色瓯江彩鲤MHC多态性及其与鱼体抗病力关系的分析[D];上海海洋大学;2012年
7 胡建尊;瓯江彩鲤体色相关基因MC1R的克隆、表达和TYR的选择压力分析[D];上海海洋大学;2013年
8 赵雪锦;“粉玉”体色瓯江彩鲤MHCⅡ类基因多态性与鱼体抗病力的关系及补体C9基因的全长克隆与表达[D];上海海洋大学;2013年
9 文胜;mitfa基因在观赏鱼体色形成中的功能研究[D];湖南师范大学;2014年
10 周先文;两种体色黄鳝群体的生长差异及RAPD分析[D];湖南农业大学;2009年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 何京;成鳗体色改善方法[N];中国海洋报;2004年
2 王桂香;成鳗体色改善方法[N];中国渔业报;2007年
3 王桂军;适合养殖的蝈蝈品种[N];山东科技报;2004年
4 吕纪增;鱼儿为什么会褪色?[N];中国渔业报;2006年
5 河南农业职业学院 大刚;鱼病诊断的三种方法[N];河南科技报;2007年
6 ;对虾发病的基本征兆[N];江苏科技报;2008年
7 谢岳成;巧辨鱼病[N];农民日报;2002年
8 陈淑玲;养殖对虾发病时的基本征兆[N];中国渔业报;2008年
9 水研;安全卫生体质水产品的感官要求[N];东方城乡报;2007年
10 夏艳洁;怎样判断鱼是否生病[N];吉林农村报;2010年
中国知网广告投放
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62982499
  • 010-62783978