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中国东北汉族群体3个miniSTR基因座D10S1248、D14S1434和D22S1045的遗传多态性研究

马威  
【摘要】: 目的:对于古人类学和法医学中一些降解的检材,短串联重复序列( short tandem repeats,STR)技术有时会得不到正确的分型结果。MiniSTR是一种新的STR分型技术,它重新设计引物,使引物更接近核心重复序列,扩增的PCR产物比STR分型短一些,其长度在50~150个碱基对。由于miniSTR的扩增产物更小,对于降解的微量检材可以更有效的获得正确分型。MiniSTR技术被证明是一种有效的从微量以及降解检材中获得遗传信息的方法。本文对中国东北地区汉族群体3个miniSTR基因座D10S1248、D14S1434和D22S1045进行遗传多态性研究,获得等位基因范围、频率,基因型频率,个体识别率,多态信息含量等群体遗传数据,并探讨其在中国东北地区人群中的人类学及法医学应用价值。 方法:选取141名无血缘关系的中国东北地区(包括辽宁省、吉林省、黑龙江省)汉族个体,三代以上均居住在东北地区。留取外周血样2ml EDTA抗凝,用Chelex-100法提取基因组DNA并依序列合成上、下游引物,上游引物5’端加荧光。基因座D10S1248带的荧光染料是6-FAM,发蓝色荧光;基因座D14S1434带的荧光染料是HEX,发绿色荧光;基因座D22S1045带的荧光染料是TAMRA,发黄色荧光。应用荧光标记多重PCR扩增技术在同一反应体系中同时扩增3个基因座,310遗传分析仪进行毛细管电泳,用基因收集和分析软件进行数据信息的收集并确定基因型。用直接计数法计算等位基因频率和基因型频率,并用PowerStatsV1.2软件包计算杂合度、个体识别率、非父排除率、多态信息含量典型父权指数等人类遗传学参数。用GENEPOP软件包对D10S1248、D14S1434和D22S1045这3个基因座进行哈迪温伯格平衡检验。应用Arlequin3.11软件与其他国家和地区的数据进行比较。 结果:1.等位基因及频率:中国东北地区汉族群体3个miniSTR基因座共检出25个等位基因,其频率分布在0.0035~0.4007之间;共检出56种基因型,其频率分布在0.0071~0.2340之间。基因座D10S1248检出8个等位基因、19个基因型,频率分别分布在0.0035~0.3652和0.0071~0.1845之间;基因座D14S1434检出8个等位基因、18个基因型,频率分别分布在0.0071~0.4007和0.0071~0.2340之间。基因座D22S1045检出9个等位基因、19个基因型,频率分别分布在0.0035~0.2695和0.0071~0.1418之间。3个miniSTR基因座的基因型频率分布用确切概率计算法计算均符合哈迪温伯格平衡。2.杂合度、个体识别率、多态信息含量、非父排除率和父权指数:3个miniSTR基因座D10S1248、D14S1434和D22S1045的观察杂合度分别为0.8085、0.7234、0.7943;各基因座的个体识别率分别为0.891、0.877、0.907;各基因座的多态信息含量分别为0.72、0.67、0.73;各基因座的非父排除率分别为0.589、0.465、0.537;各基因座的典型父权指数分别为2.43、1.81、2.14。3个miniSTR位点的累积个体识别率为0.99876,累计非父排除率为0.89819。3.等位基因频率的民族差和地区差:中国东北地区汉族与百茹峰等研究的中国汉族相比较除了D14S1434基因座(P=0.014)外其他均无显著性差异(P0.05);与中国朝鲜族比较除基因座D10S1248(P=0.992)无显著性差异外,其他均具有显著性差异(P0.05);与新加坡中国人相比除基因座D22S1045基因座(P=0.043)外,其他均无显著性差异(P0.05);与新加坡马来人、印第安人相比较均具有显著性差异(P0.05);与日本人相比较除基因座D10S1248( P=0.629)无显著性差异外,其他均有显著性差异(P0.05);与韩国人相比较除基因座D10S1248(P=0.966)无显著性差异外,其他均具有显著性差异(P0.05);与西班牙人、非洲美国人、美国高加索人和美国拉丁人相比较均具有显著性差异(P0.05)。 结论:1.3个miniSTR基因座D10S1248、D14S1434和D22S1045在中国东北地区汉族中均具有遗传多态性。2.本研究得到了我国东北汉族人群中3个minSTR基因座的等位基因分布特征及其在中国东北汉族群体中具有较高的非父排除率和个体识别率,在群体遗传学和法医学研究中有一定的应用价值。


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