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基于第二代测序技术的小片段组装系统

孙明辉  
【摘要】:第二代测序技术的出现,大大加速了分子生物学和生物信息学的发展,对第二代测序技术的应用成为了整个生命科学领域的研究热点。围绕着第二代测序技术相关的生物信息学研究也迅速出现,基于第二代测序技术的小片段组装成为其中的研究热点。本文针对第二代测序技术通量高和读长短的特点,提出了混合组装的概念,并设计实现了整个混合组装系统,本混合组装系统充分利用现有的数据资源,将参考组装和从头组装相结合,既达到了对现有数据资源利用的目的,又可以开发新的序列信息,使序列组装的结果更加完整和准确。在本文的研究中,通过在多个数据集上的测试分析结果表明,本混合组装系统的组装结果明显优于现有的其他基于单一组装策略的组装软件。


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