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基于马尔科夫链的RNA二级结构预测

李誌  
【摘要】: 本文对RNA的基本结构进行了描述,并对当前流行的RNA二级结构预测算法作了总结,这些算法都是基于特征构型或能量特征的。本文提出一种基于马尔可夫链的新的RNA二级结构预测算法,这是一种纯数学的预测算法。这种方法的特点是将一个RNA一级序列看作一条含有四种不同成分的序列组合,计算它的转移矩阵,然后按照它的转移矩阵,得出一条或多条符合其概率分布的序列,该序列由于其是根据元素的紧随关系建立的,因此其既体现了一级序列的特点,也有二级序列的特点;然后利用其各元素的特征描述它,这里我们使用括号法,将其转换为典型的二级结构描述,与已知的RNA二级结构作对比发现:其能把序列当中主要的配对关系体现出来,证明RNA的序列组成存在特定的联系,且一个序列中的主要元素影响其二级结构的生成。


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