收藏本站
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

频谱分析识别串联重复序列

毛伟伟  
【摘要】:串联重复序列识别是生物信息学中一个重要的、具有挑战性的课题,对于发现基因序列中某些特定序列的功能和遗传特性具有非常重要的意义。随着基因组测序工作的完成,大量的生物基因序列被人类发现并存储在基因数据库中,急需对这些基因数据进行分析处理。目前已有大量的串联重复序列识别方法,大体分为两类:一类是基于字符串匹配的识别方法;另一类是基于数字信号处理的方法。本课题将要研究的是第二类方法,在分析了国内外此类识别方法之后发现,此类方法在计算量及识别准确性方面仍然不够完善。本文主要针对现有识别方法存在的计算量过大,识别准确性不高的问题进行研究。 首先,介绍了串联重复序列的相关概念及一些生物学的基本理论,深入分析了国内外串联重复序列识别方法的研究现状,详细阐述了几种具有代表性的识别方法的优缺点。 其次,分析了基于离散傅里叶变换的串联重复序列识别方法的优缺点,并针对其存在的不足进行了改进。提出了一种基于碱基EIIP的基因数字化表示方法,将碱基的EIIP作为基因序列数字化表示的依据,一条基因序列可以唯一的表示为一条数字序列,减小了计算频谱图的计算量。 再次,对PSE识别方法进行了深入分析,针对PSE识别法中存在的不足,提出了基于AR模型的串联重复序列识别方法。解决了PSE识别法中存在的计算量大、阶次估计不准确及可能会出现的谱峰分裂问题。 最后,对本文提出的方法进行了实验验证与分析。将实验结果与已有识别方法及GenBank数据库中的标注信息进行对比,验证了方法的正确性及有效性。


知网文化
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前20条
1 顾敏杰,左瑾,方福德,陈兰英;聚合酶链反应法扩增大鼠肾素基因第一内含子中串联重复序列[J];基础医学与临床;1993年06期
2 田国忠;俞东征;海荣;魏建春;马凤琴;蔡虹;张建华;郑玉红;付秀萍;张志凯;张恩民;徐冬蕾;;炭疽芽胞杆菌基因组中串联重复序列拷贝数的分析[J];中华微生物学和免疫学杂志;2006年09期
3 田国忠;海荣;俞东征;魏建春;马凤琴;蔡虹;张建华;郑玉红;付秀萍;张志凯;张恩民;徐冬蕾;;利用串联重复序列研究炭疽芽胞杆菌的基因分型[J];中华流行病学杂志;2006年08期
4 邹祺;张伟宏;张雷;张善锋;;河南地区汉族85份无关个体6个短串联重复序列基因座的遗传多态性调查[J];中国临床康复;2006年17期
5 袁泽轶;张琳琳;张国范;;基于皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)EST数据库的串联重复序列特征分析[J];海洋通报;2010年01期
6 熊磊;聂刘旺;;不同产地中华鳖的线粒体控制区序列分析及结构比较[J];生物学杂志;2010年06期
7 赫崇波;曹洁;刘卫东;周遵春;葛陇利;高祥刚;王效敏;;圆斑星鲽及相关种类线粒体DNA控制区结构分析[J];遗传;2007年07期
8 高祥刚;孙凡越;李云峰;鹿志创;韩家波;赫崇波;;辽东湾斑海豹(Phoca largha)线粒体D-loop区异质型研究初探[J];生物技术通报;2009年S1期
9 孔杰,高焕;中国明对虾基因组串联重复序列分析[J];科学通报;2005年13期
10 张琳琳;李莉;张国范;;长牡蛎(Crassostrea gigas)EST串联重复序列的组成和分布[J];海洋科学;2011年04期
11 陈曦,陈江野;白色念珠菌ALS家族基因的克隆与功能分析[J];生物化学与生物物理学报;2000年06期
12 高焕;孔杰;;串联重复序列的物种差异及其生物功能[J];动物学研究;2005年05期
13 刘丰;宋雨;颜识涵;罗金红;冯江;;大趾鼠耳蝠线粒体DNA控制区结构及变异[J];动物学杂志;2009年04期
14 惠东威,刘凤华,陈受宜,王军,颜永杉,苗毓华;大豆重复序列的克隆、特性分析及在染色体上的定位[J];遗传学报;1995年06期
15 王振山,陈浩,李小兵,梁承志,王象坤,朱立煌;一个AA基因组特异的串联重复序列的克隆及其在中国普通野生稻和栽培稻中的分化特征[J];植物学报;1998年10期
16 张四明,吴清江,张亚平;中华鲟(Acipenser sinensis)及相关种类的mtDNA控制区串联重复序列及其进化意义[J];中国生物化学与分子生物学报;2000年04期
17 顾珊智;仲靖芳;沐志强;李生斌;;中国阿昌族5个X-STR位点多态性研究[J];浙江大学学报(医学版);2007年02期
18 张莉;聂刘旺;;龟鳖类线粒体全基因组的比较研究[J];生命科学研究;2007年03期
19 夏靖;胡静;朱国萍;朱朝东;郝家胜;;大卫绢蛱蝶线粒体基因组全序列测定和分析[J];昆虫学报;2011年05期
20 朱波峰,张飞雄,刘新社,吕桂平,钱光立,朱军,刘耀;宁夏回族5个Y-STR基因座及单倍型遗传多态性分析[J];第四军医大学学报;2005年14期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 王旭波;张全启;齐洁;王志刚;王兴莲;;半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)W性染色体基因组的初步研究及其在育种上的应用[A];2008年中国水产学会学术年会论文摘要集[C];2008年
2 孔晓瑜;于姗姗;周立石;董晓丽;许辉;;角木叶鲽(Pleuronichthys cornutus)控制区的全序列结构特征[A];中国海洋湖沼动物学会鱼类学分会第七届会员代表大会暨朱元鼎教授诞辰110周年庆学术研讨会学术论文摘要集[C];2006年
3 贾永前;钟凌;李瑞;杨玲;孟文彤;倪勋;;急性髓性白血病患者FLT3-ITD基因突变分析及FLT3-ITD重组载体的构建[A];第12届全国实验血液学会议论文摘要[C];2009年
4 汪德生;罗明星;史开志;曾佑玲;李永明;;应用PCR技术鉴别诊断马立克氏病[A];中国畜牧兽医学会家畜传染病学分会第七届全国会员代表大会暨第十三次学术研讨会论文集(下册)[C];2009年
5 段肖翠;靳霞;刘静;王晓燕;吕占军;;L1不同片段正、反序列影响基因表达研究[A];遗传学进步与人口健康高峰论坛论文集[C];2007年
6 山丹;孙敏;张为远;李坚;;染色体异常疾病产前分子诊断方法的研究[A];全国围产医学专题学术研讨会论文汇编[C];2007年
7 曹丽华;麻宏伟;罗阳;王丽波;王述森;;应用STR连锁分析和TPPCR方法进行强直性肌营养不良基因诊断[A];第八次全国医学遗传学学术会议(中华医学会2009年医学遗传学年会)论文摘要汇编[C];2009年
8 夏继飞;乔丽平;尚月丽;姚大伟;杨德吉;;应用微卫星标记进行鸡马立克肿瘤分子诊断的研究初报[A];中国畜牧兽医学会兽医病理学分会第十四次学术研讨会、中国病理生理学会动物病理生理专业委员会第十三次学术研讨会论文集[C];2006年
9 李毳;李继萍;柴宝峰;;微卫星标记的发展及植物研究中的应用[A];全国经济管理院校工业技术学研究会第八届学术年会论文集(下册)[C];2004年
10 张彦凯;袁胜涛;严荣;张陆勇;吴洁;;免佐剂抗人绒毛膜促性腺激素疫苗的构建及其抗肿瘤作用研究[A];2007医学前沿论坛暨第十届全国肿瘤药理与化疗学术会议论文集[C];2007年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 马吉春;外源性肿瘤抗原MUC1串联重复序列多肽抑制肿瘤细胞生长机制的研究[D];吉林大学;2010年
2 高焕;中国对虾基因组串联重复序列分析及其分子标记的开发与应用[D];中国科学院研究生院(海洋研究所);2006年
3 栾生;日本囊对虾基因组串联重复序列分析及微卫星标记的开发与应用[D];中国海洋大学;2006年
4 张玲玲;栉孔扇贝fosmid文库的构建及基因组结构特征分析[D];中国海洋大学;2007年
5 刘子贤;人类Y染色体回文序列的进化分析[D];兰州大学;2009年
6 裔传灯;稻属不同染色体组着丝粒BAC克隆的筛选及其在种间杂种研究中的应用[D];扬州大学;2007年
7 阮晓红;大菱鲆(Turbot)微卫星标记的筛选与应用[D];中国海洋大学;2009年
8 宋国立;棉属8个基因组物种荧光原位杂交比较及其起源与演化研究[D];中国农业科学院;2007年
9 胡大利;模拟人微卫星DNA的寡核苷酸对人免疫细胞活化的抑制作用[D];吉林大学;2008年
10 王旭波;半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)雌鱼分子细胞遗传学分析[D];中国海洋大学;2008年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 毛伟伟;频谱分析识别串联重复序列[D];燕山大学;2010年
2 周建民;几个串联重复序列在籼粳亚种间的差异及与水稻籼粳分化关系的研究[D];扬州大学;2004年
3 陈仲中;耐辐射球菌中串联重复序列以及非编码RNA的生物信息学分析[D];浙江大学;2006年
4 宋来鹏;三疣梭子蟹基因组串联重复序列分析及微卫星标记的初步筛选[D];中国海洋大学;2008年
5 张代臻;用线粒体分子标记探讨中国大陆绒螯蟹种群遗传结构[D];南京师范大学;2006年
6 汪皓秋;杭州地区伤寒及甲型副伤寒沙门菌流行菌株分子特征的研究[D];浙江大学;2013年
7 高露;利用中高度重复序列对栽培稻与几个野生稻基因组的比较分析[D];中南民族大学;2008年
8 张炜;利用小麦SSR研究其近缘物种的遗传多样性及其微卫星序列的进化[D];四川农业大学;2008年
9 孙佳莹;软件SSRMINING1.0的编制以及大豆(Glycine max)EST-SSR的开发研究[D];东北农业大学;2009年
10 曾艳华;薏苡及其近缘种的分子细胞遗传学研究[D];广西师范大学;2008年
中国重要报纸全文数据库 前1条
1 钱勇;解放军总医院细胞移植获突破[N];中国医药报;2003年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62982499
  • 010-62783978