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膀胱癌遗传分数的计算及发病风险预测模型的构建

王萍  
【摘要】:[背景]膀胱癌是泌尿系统常见肿瘤之一。在中国,随着生活习惯的改变及诊疗水平的提高,膀胱癌的发病率逐年增长。2012年全国肿瘤登记地区膀胱癌的发病率为6.61/10万,已经成为主要的公共卫生问题。膀胱癌的发病不仅给患者带来了严重的痛苦,而且给社会和家庭也带来了一定的经济负担。近年来,欧美国家在膀胱癌的遗传易感性研究上取得了极大进展,截止目前,通过全基因组关联分析(Genome Wide Association Studies, GWAS)的方法共发现13个与膀胱癌发病风险有关的单核苷酸多态性位点(Single nucleotide polymorphism, SNPs)。其中有3个SNP在中国人群中得到了验证。但是,这3个SNP位点在中国人群中的联合作用还未可知。[方法]基于已发现并在中国人群中验证的3个与膀胱癌发病风险的SNP位点,在来自中国上海的1210名膀胱癌患者及1008名社区对照中选用TaqMan探针进行基因分型实验,并通过计算研究对象基于这3个SNPs位点的遗传分数(geneticscore)对这些遗传变异的综合预测膀胱癌发病风险效应进行了分析。接下来联合研究对象的吸烟状况(有或无),身体质量指数(Body Mass Index,BMI),对男性人群经过年龄的校正建立膀胱癌发病风险的预测模型,模型的区分能力和模型的准确度使用受试者工作曲线(receiver operating characteristic curve, ROC) 和 Hosmer-Lemeshow goodness-of-fit检验并进行评价。[结果]1.在我们独立的验证人群中,3个SNPs位点均与膀胱癌发病风险相关(P0.05)。2.基于3个SNPs位点计算得到的遗传分数在病例组明显高于对照组,其均值分别为1.05和0.99(P.=1.03E-05)。经过年龄,性别和吸烟状态的校正,与遗传分数=1.00者相比,拥有较高genetic score值(1.00)会使其膀胱癌发病风险增加(OR=1.58,95%CI=1.21-2.06,P=0.0007)。3.低级别肿瘤(Ta)与膀胱癌的发病风险(OR=2.24,95%CI=1.66-3.01,P=1.02E-07)较高级别肿瘤(Tis,T1-T4)更为明显(OR=1.33,95% CI=1.00-1.78, P=0.05, P=0.001)。4.基于所有男性样本,建立的膀胱癌发病预测模型为Hosmer-Lemeshow法检验模型函数的准确性,结果显示P值=0.110.05。计算受试者工作曲线下面积AUC=0.61。[结论]1.基于3个已经在中国人群中得到验证的膀胱癌发病的风险SNPs计算获得的遗传分数(genetic score)是评价中国人群膀胱癌的一个重要的预测因子。2.建立了第一个针对中国一般男性人群膀胱癌发病风险的预测模型。


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