中国HIV-1主要结构基因的序列变异性以及耐药相关性突变分析

【摘要】：第一部分:上海及河南HIV-1分离株p24和gp41基因编码区序列变异性及亚型分析 目的 了解目前我国上海及河南地区HIV分离株p24蛋白编码区的基因变异性以及亚型的分子流行病学。方法 收集上海及河南地区38份已经确诊的HIV-1感染患者的血浆标本并抽提出RNA,其中23份采自于河南,感染途径主要是非法献血;15份采自于上海,主要为经输血制品感染的血友病患者以及经性接触感染者。采用RT-PCR和Nested-PCR的方法扩增gag基因的p24以及env基因的gp41免疫支配区(immunodominant region, IDR),使用DNA测序仪直接测序;应用CLUSTAL X、PHYLIP等软件对序列进行比对及进化树分析。结果 亚型分析表明所有样本中81.6%为(31/38)为B亚型,在23例河南患者中全部(100%)为B亚型,;在15例上海患者中8例(53.3%)为B亚型,1例为A亚型,5例为CRF01_AE亚型,1例为CRF02_AG亚型。分别对河南与上海地区的B亚型序列进行分析,与国际共享序列相比,23例河南B亚型的p24编码区中发生核苷酸改变的位点比例为1.6%～4.2%,平均为3.2%;8例上海B亚型核苷酸位点改变的比例为2.0%～3.8%,平均为3.4%。在所有变异位点中均未发现有连续G-A的高度突变。通过对所有的序列进行配对比较计算基因离散率,B亚型内p24区以及gp41 IDR的平均基因离散率分别为3.6%和4.4%。对B亚型gp41IDR进一步分析表明,河南HIV-1分离株之间的平均变异率为3.7%,而上海分离株之间的平均变异率为4.6%。B亚型与其他亚型之间的基因离散率则为14.5%～16.8%。应用CLUSTAL-X分别得出上海及河南地区各自的B亚型共享序列并与国际共享序列进行比对,发现这两个共享序列产生氨基酸变异的比例均为2.2%(5/231),其中有3个变异位点相同,分别为A14P、I91V及E180D,而这两个共享序列之间的差异却极小,仅为0.9%(2/231)。进化树分析亦表明所有样本中大多为B亚型,且所有来自河南的B亚型样本以及大部分上海的B亚型样本多与源自泰国的B’亚型相距较近。结论 我国上海及河南地区HIV感染以B亚型较为多见,两地区的B亚型之间有较高的同源性,p24基因仍然较为保守。 第二部分:中国部分地区HIV-1耐药相关性突变的研究 目的 了解我国应用高效抗逆转录病毒治疗(HAART)的HIV感染者中耐药性