收藏本站
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

几种水生动物肠道细菌的分子生态学分析

李可俊  
【摘要】:目前,基于微生物群落总DNA抽提以及后续的16S rRNA基因PCR扩增和测序分析被认为是一种有效的研究微生物群落的方法并被广泛使用于微生物生态学。特别是使用变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE)对PCR从环境样品微生物总DNA中扩增来的16S rRNA基因能够提供每一个样品的DNA指纹图谱并能采用序列分析的方法确定这个样品中微生物的构成。这些分子生物学研究方法被成功地使用于对很多动物肠道细菌结构组成特征的研究中。在本研究中,使用DGGE、16S rRNA基因文库分析和实时定量PCR(real-time quantitative PCR, RTQ-PCR)等方法对中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)和凤尾鱼(Coilia mystus)的肠道细菌组成进行了分析,另外还分析了长江口八种野生鱼类的肠道细菌组成和食性的关系。 中华绒螯蟹(河蟹)是一种重要的养殖对象,在中国尤其长江流域中下游产量很大。因为资源和环境保护方面的不力,市场上的河蟹几乎完全为养殖河蟹,而野生河蟹几乎绝迹。河蟹一般以死亡的水产动物尸体或其碎片为食,养殖中一般投喂动物内脏等天然饲料为其食物,一般不投喂人工配合饲料。本研究调查了河蟹肠道细菌中占优势的细菌种类和研究野生型和养殖型河蟹肠道细菌的差异。DGGE指纹图谱的主成分分析(principal component analysis, PCA)表明养殖型河蟹肠道细菌组成结构存在着明显的个体差异。16S rRNA基因序列分析表明克隆文库中90-95%的种系型(phylotype)属于Proteobacteria和Bacteroidetes。有一些属的细菌分别仅仅在养殖型或野生型河蟹肠道中才被发现,而Bacteroides属却在所有的取样地点的河蟹肠道中都被发现。实时定量PCR测定说明了养殖型河蟹肠道细菌中Bacteroides属细菌和总细菌量比野生型河蟹肠道中多了大概四到十倍。很高比例的种系型和已经测序的16S rRNA基因只有很低的序列相似性,说明河蟹的肠道细菌还远没有为我们所认识和研究。养殖型河蟹的肠道细菌显示了比野生型河蟹更高的个体差异、多样性和数量。克隆文库中高比例的Proteobacteria和Bacteroidetes细菌说明了这些细菌可能是河蟹肠道中的优势细菌。本研究揭示了野生型和养殖型河蟹肠道细菌组成的差异,这些结果增加了人们对养殖操作对河蟹肠道细菌结构组成的影响的认识,也为发展河蟹养殖使用的益生素提供了必要的基本数据。 凤尾鱼(Coilia mystus)是一种闻名的洄游性经济鱼类,在中国和其他一些国家产量比较大。凤尾鱼通常生活在近海,在每年的三到四月游到河口地区(在中国主要是长江河口)进行繁殖,在六到七月达到鱼汛的高峰期。本研究中,7月和3月凤尾鱼的肠道细菌被收集和分析。对DGGE指纹图谱进行的主成分分析(PCA)说明了相对两个季节收集的样品的组间差异比每个季节收集的样品间的个体差异要明显得多,而且7月收集的样品的个体差异要小于3月收集的样品。每个时期收集的样品被混合后构建克隆文库。文库的序列分析表明,凤尾鱼肠道细菌主要组成可能是proteobacteria门细菌,但在3月收集的样品中发现更多的克隆属于Gammaproteobacteria纲,在7月收集的样品中发现更多的克隆属于Betaproteobacteria纲和Alpharoteobacteria纲。一些属仅仅在七月或三月的凤尾鱼肠道中被发现,但也有一些属同时在两个季节采集的样品中被发现。所以,春季和夏季的凤尾鱼肠道细菌组成有明显的不同,夏季凤尾鱼肠道细菌生物多样性高而个体差异小。另外,在研究中,用针对细菌16S rRNA基因V3区的常用引物P1和P2对抽提的每个个体肠道细菌总DNA进行PCR扩增时,发现广泛使用的引物P1和P2并不适合对7月采集的凤尾鱼肠道细菌的研究。 采用PCR-DGGE技术分析了长江河口捕获的八种野生鱼类的肠道菌群多样性的差异并观察这种差异与食性的联系。本研究建立了长江口八种鱼野生条件下肠道菌群的DGGE指纹图谱,观察到它们在野生条件下的肠道菌群的差异。八种野生鱼的肠道菌群的结构有明显的差别,其中,营底栖生活的舌鰕虎鱼的肠道菌群和其他七种野生鱼有着明显的差异,其他七种鱼的肠道菌群多样性的差异与它们的食性差异相关,并且食性差异大的鱼类之间肠道菌群差异也更为明显。 本研究同时对多种重要的水产动物的肠道菌群结构进行了分析、对比,为研究菌群结构与饲养方式、洄游特征的关系并用这种关系为水产养殖服务提供了新的依据。


知网文化
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前20条
1 黄平;河蟹养殖的饲喂技术[J];中国水产;1988年03期
2 高衍臣;河蟹养殖“八字经”[J];新农业;1995年07期
3 樊祥国;我国河蟹养殖的现状和发展对策[J];中国渔业经济;2000年04期
4 戴袁结;河蟹养殖的四防技术[J];安徽农业;2002年02期
5 张德全,王殿权;浅谈河蟹养殖中需要注意的几个问题[J];黑龙江水产;2004年01期
6 安邦;夏季河蟹养殖管理[J];特种经济动植物;2004年06期
7 张帆;;EM原露在池塘河蟹养殖中的应用[J];渔业致富指南;2006年23期
8 张正光;;发展广西河蟹养殖的若干思考[J];广西水产科技;2000年01期
9 李晓东,王亮,毛玉泽,朱玲;稻田养殖1龄幼蟹试验[J];水产养殖;1996年01期
10 杨金林;河蟹养殖夏秋季饲养管理[J];渔业致富指南;1998年21期
11 顾启华;河蟹养殖生产中值得商榷的几个问题[J];北京水产;2002年04期
12 顾启华;河蟹养殖需要注意的几个问题[J];科学养鱼;2002年07期
13 顾启华,叶国平,王卓,孙友勇;也谈河蟹养殖失利原因[J];科学养鱼;2003年08期
14 张庆文;丛日明;;河蟹养殖开辟我市水产养殖新纪元[J];黑龙江水产;2008年04期
15 王玉枢;掌握规律发挥优势 积极稳妥地发展河蟹养殖[J];河北渔业;1994年02期
16 陈焕根;河蟹养殖新法[J];农村新技术;2000年12期
17 刘凤林,刘建华;浅谈湖泊等大水面的河蟹养殖[J];渔业致富指南;2001年05期
18 袁满川,刘海涛,彭本初,江振莹,张利,郑水平,缪丽梅;内蒙古自治区岱海河蟹养殖试验[J];内蒙古农业科技;2003年S2期
19 於振南;河蟹养殖的误区[J];新农业;2005年02期
20 单爱华;;河蟹加工又有新突破[J];科学养鱼;2006年02期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 王家军;叶国平;陈天兄;;应县河蟹产业化发展的问题与对策[A];中国南方十六省(市、区)水产学会渔业学术论坛第二十六次学术交流大会论文集(上册)[C];2010年
2 唐宾国;周锡勋;冷朱君;肖美;;河蟹生态养殖管理技术[A];第二届全国现代生态渔业可持续发展论文集[C];2010年
3 管卫兵;;中国河蟹养殖业发展要走生态养殖路线[A];中国甲壳动物学会第十一届年会暨学术研讨会论文摘要集[C];2011年
4 王永杰;;水生动物养殖品种现状与育种研究的进展[A];现代农业理论与实践——安徽现代农业博士科技论坛论文集[C];2007年
5 吕志江;稻森悠平;稻森隆平;石田慶一;林纪男;西村浩;;关于作为生态工学技术的沉水植物净化的大型水生动物效果的解析的研究[A];中国环境科学学会2009年学术年会论文集(第一卷)[C];2009年
6 ;A method for casting denature gradient gel in DGGE analysis[A];第四届第十次全国学术研讨会暨动物微生态企业发展战略论坛论文集(上册)[C];2010年
7 张明月;李可俊;管卫兵;;变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术在淡水微生物生态中的应用[A];渔业科技创新与发展方式转变——2011年中国水产学会学术年会论文摘要集[C];2011年
8 潘康成;陈正礼;崔恒敏;冯兴;盛琴;赵爽;;利用ERIC-PCR和PCR-DGGE技术分析喂服枯草芽孢杆菌肉鸡肠道菌群的多样性[A];第四届第十次全国学术研讨会暨动物微生态企业发展战略论坛论文集(下册)[C];2010年
9 马溪平;徐成斌;孙学凯;李法云;惠秀娟;付保荣;;光合细菌的分离鉴定及在河蟹养殖中的应用[A];第十次全国环境微生物学术研讨会论文摘要集[C];2007年
10 方晓益;孙露;沈金良;;依托优质山水资源 再扬“铁壳秤砣”老品牌[A];“杭州市农产品质量安全与品牌建设论坛”论文集[C];2008年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 李可俊;几种水生动物肠道细菌的分子生态学分析[D];上海交通大学;2007年
2 史兵;河蟹池塘养殖智能支持系统关键技术研究[D];江苏大学;2013年
3 魏勇;规模化猪场粪污细菌总DNA DGGE指纹图谱及耐药性分析[D];四川农业大学;2011年
4 王军;莠去津对土壤微生物群落结构及分子多样性的影响[D];山东农业大学;2012年
5 刘社兰;肝硬化大鼠肝移植后肠道细菌分子生态结构与血清代谢组学的研究[D];浙江大学;2009年
6 陈廷涛;发酵乳和豆豉中微生物菌群DGGE分析及益生作用研究[D];南昌大学;2013年
7 刘荭;聚合酶链式反应和基因芯片技术的研究及在主要水生动物病毒检疫和监测中的应用[D];华中农业大学;2004年
8 王洪秀;橘小实蝇(Bactrocera dorsalis)成虫肠道细菌分子多态性分析及其功能研究[D];华中农业大学;2011年
9 穆春华;西北太平洋深海沉积物微生物多态性分析[D];中国海洋大学;2005年
10 王卉;外源蛋白介导的信号干扰对细菌的群体感应系统及相关生理功能的影响[D];南京农业大学;2007年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 卓凤萍;贡嘎蝠蛾幼虫肠道细菌多样性分析[D];重庆大学;2005年
2 王家军;宝应县优质河蟹养殖技术及产业发展对策的研究[D];南京农业大学;2010年
3 汤永刚;阳澄湖水质现状及河蟹生态养殖技术初步研究[D];苏州大学;2010年
4 张宝让;利用DNA指纹图谱技术分析HFA仔猪肠道菌群结构[D];山西大学;2006年
5 乔宗伟;中国浓香型白酒窖池微生物区系解析[D];四川大学;2005年
6 陈章;中江丹参连作土壤微生物特性研究[D];四川农业大学;2010年
7 张俊;四川省雅江县松茸生长地土壤微生物多样性研究[D];四川农业大学;2010年
8 李丽;盐碱环境中放线菌多相分类及免培养研究[D];西北农林科技大学;2006年
9 姜秀光;好氧颗粒污泥脱氮功能微生物及群落动态分析[D];哈尔滨工业大学;2007年
10 张春林;内蒙古传统发酵酸粥中微生物多样性分析[D];内蒙古农业大学;2010年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 ;河蟹养殖如何改良水体[N];中国海洋报;2001年
2 徐承旭;河蟹养殖要四改[N];山东科技报;2003年
3 申言;加快打造“北方蟹都”步伐[N];盘锦日报;2009年
4 通讯员 王怀清;彭泽开展河蟹养殖生态气象观测[N];中国气象报;2011年
5 陈姝含;彭泽河蟹养殖实现生态气象观测[N];中国渔业报;2011年
6 江农;河蟹养殖四改措施[N];湖北科技报;2003年
7 曹建军 赵鹤茂;从“养大蟹”到“养好蟹”[N];常州日报;2009年
8 首席记者 朱丽华;科学养殖 打造品牌 促进产业大发展[N];盘锦日报;2008年
9 本报通讯员 姜斌;昔日黄金地何日再辉煌[N];南通日报;2009年
10 曹建军 赵鹤茂;“蟹业经济”要超10亿[N];常州日报;2010年
中国知网广告投放
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62982499
  • 010-62783978