收藏本站
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

COMPARISONS ON PROPERTIES OF MARKER LINKAGE AND QTL MAPPING BETWEEN TWO METHODS OF RECOMBINANT INBRED LINE DEVELOPMENT

JIXIANG WU  
【摘要】: 最大似然法(maximum likelihood approach (ML)、最大相邻LOD之和法(sum of adjacent LOD value)(SALOD)、最小相邻交换系数之和法(sum of adjacent recombination fraction)(SARF)、和最小相邻交换系数乘积法(product of adjacent recombination fraction) (PARF)四种全局法和一种近似法(seriation)(SER)应用于比较正确分组后DH群体的分子 标记位点的排序效率。蒙特卡罗模拟的结果表明,这五种方法得到几乎一致的排序效 率。分子标记分组效率和排序效率间的相关系数大于0.99,表明这五种方法的排序效 率是可靠的。因此,基因位点连锁分析的问题主要集中在如何提高分组的效率。 在这五种方法中,其中SER法具有运算速度快的优点,因此,这种方法被应用后 面更为详细的模拟分析。考虑到广义性,多个连锁群被应用于此模拟研究,除此之 外,群体大小、分组尺度大小、分子标记模式、以及分子标记间的距离大小等因素均 被用于检测得到可接受的分组效率。模拟结果表明,分子标记分组效率与群体大小、 标记间的距离、以及分组尺度大小有关。一般而言,给定其它条件不变,大样本群体 可获得比小样本群体更高的分组效率,紧密连锁位点要比疏松连锁位点获得更高的分 组效率。分组尺度大小对于分组效率有着重要的决定作用。研究表明,尺度太大或太 小都会导致分组效率降低,而且对于不同的群体大小和位点间分布的距离,用于高分 组效率的分组尺度的区间范围有所不同。给定一定的群体大小,紧密连锁位点的适合 分组尺度区间通常要比疏松连锁位点略为宽一些。另一方面,给定一定分子标记间距 离大小,大样本群体适合分组尺度区间通常要比小样本群体略为宽一些。然而,综合 各种模拟结果,可用于获得高分组效率的分组尺度区间主要集中在50~60cM之间。 由群体自交和单株选择法(简称群体法)和传统的单粒传法两种方法产生的重组近 交群体用于研究比较其连锁作图的特性。根据前面的研究结果,SER法仍旧用于这两 种重组近交群体的分子标记的排序研究。这些比较还考虑到不同的群体大小(家系大小 和每个家系的纯系数目)、分子位点的排列模式、以及分组尺度大小。模拟结果表明, 两种类型的重组近交群体的分子标记分组效率和分子标记位点排序效率除了都同时受 到群体大小和分子位点的排列模式等因素的影响,此外,分组尺度大小同样起着重要 的作用。用于获得高分组效率以及相应的排序效率的分组尺度的区间因群体大小和分 子位点的排列距离大小而有所变化。与DH群体相似,给定一定的群体类型和群体大 小,紧密连锁位点的适合分组尺度区间通常要比疏松连锁位点略为宽一些;另一方 面,给定一定分子标记间距离大小,大样本群体适合分组尺度区间通常要比小样本群 体略为宽一些。研究结果还表明,给定一定的小样本群体和分子标记位点的排序模 式,单粒传法的重组近交群体的分子标记分组效率和分子标记位点排序效率通常要比 群体法重组近交群体的耍高。另外,适合于单粒传怯的重组近交群体分组尺度区间通 常要比群体您重组近交群体略为宽一些。随着家系数目的进一步减少和家系内的纯系 数日的增多,不仅作图效率大大降低,同时用于获得高效作图效率的分组尺度区间变 得更窄甚至消失。然而,由75(或以上)个家系每个家系由2个纯系群体洁组成的重组 近交群体可提供足够的遗传变异而可以在不同情形下获得可接受的连锁作图效率。研 究发现,要产生一个较大的重组近交群体。75个F。衍生家系是一个最小数目,否则, 家系内很强的遗传相似性会导致重组交换率的有偏估计从而进一步导致连锁作图效率 的降低。 这两种类型的重组近交群体还被用于 QTL作图效率的比较。不同的群体大小、遗 传率、以及Q*L效应的大小等因素被同时考虑比较Q*L效应的估计、Q*L位点的估 计、以及检测效率。模拟研究表明,由75(或以上)个家系每个家系由2个纯系群体法 组成重组近交群体可提供足够的遗传变异而可以在不同情形下获得QTL效应和位点的 无偏估计,并且具有与同等大小的单粒传法重组近交群体的结果较为相似。研究同样 表明,要产生一个较大的重组近交群体,75个F。衍生家系是一个最小数目,否则,家 系内很强的遗传相似性会导致遗传参数的有偏估计从而进一步导致QTL定位效率的降 低。 以上的研究表明,采用群体法产生大样本的重组近交群体用于分子标记连锁作图 和 QTL定位是可行的。这些研究结果进一步表明,由 Jenkins和他的同事们采用群体 法经过多年努力由%人衍生家系而产生的w0份陆地棉重组近交系可以进一步用于分 子标记连锁作图和**L定位的研究。到目前为止,这些重组近交系巳在中国杭州和美 国的密西西比州立大学分别种植了两年,产量性状和纤维品质均己收集到。当更多的 DNA分子标记检测出来时,分子标记连锁图和数量性状的QTL定位将是不久的研究任 务。


知网文化
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前19条
1 余桂红;任丽娟;马鸿翔;周淼平;张旭;陆维忠;;分子标记在小麦抗赤霉病辅助育种中的应用[J];江苏农业学报;2006年03期
2 李海渤;分子标记及其在作物育种上的应用[J];韶关学院学报(自然科学版);2002年12期
3 杨志清;分子标记在作物改良中的应用[J];云南农业科技;2002年05期
4 胡银岗,奚亚军,马翎健,宋喜悦,刘曙东,何蓓如;杂交小麦分子标记辅助选育研究进展[J];麦类作物学报;1999年06期
5 刘玉勇;分子标记及其应用[J];生物学教学;2003年05期
6 鲁绪才;;分子标记在我国辣椒种质资源分类上的应用现状及展望[J];现代园艺;2013年13期
7 孔杰;关梅;周洲;李建光;;分子标记在鲟鱼研究中的应用[J];农技服务;2013年07期
8 赵鑫闻;彭儒胜;赵继梅;张妍;许传军;;分子标记及其在杨树研究中的应用[J];辽宁林业科技;2011年01期
9 胡佳林;郑学礼;;分子标记在蝇类研究中的应用[J];热带医学杂志;2011年12期
10 庄丽丽;;分子标记在园艺植物研究上的应用[J];中国园艺文摘;2010年11期
11 赵海艳;赵福宽;;植物反转录转座子分子标记及其应用[J];农业科技通讯;2009年04期
12 毛梅芬;;分子标记在玉米育种中的应用[J];内蒙古科技与经济;2009年14期
13 牛艳秀;刘艳娜;赵福宽;杨爱珍;孙清鹏;;茄子转录因子分子标记体系的建立与优化[J];现代农业科技;2009年16期
14 王庆浩;;分子标记的研究进展及其在中药研究中的应用[J];辽宁中医杂志;2009年09期
15 陈俊百;张林;赵卫国;潘一乐;;分子标记及在核心种质中的应用进展[J];安徽农业科学;2008年13期
16 魏民;;分子标记于种性鉴别上的应用[J];现代农业科学;2008年06期
17 张斌;闫伟;;分子标记在外生菌根真菌遗传多样性的研究进展[J];华北农学报;2007年S3期
18 孟秋峰;汪炳良;皇甫伟国;王毓洪;顿兰凤;;AFLP分子标记在园艺植物研究中的应用进展[J];江西农业学报;2007年02期
19 马克世;胡炳义;;分子标记的发展及应用[J];周口师范学院学报;2006年02期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 黄炳超;张扬;肖汉祥;李燕芳;;抗稻瘿蚊分子标记育种技术研究及其应用[A];植物保护科技创新与发展——中国植物保护学会2008年学术年会论文集[C];2008年
2 王斌;;分子标记及其应用[A];全国作物细胞工程与分子技术育种学术研讨会论文集[C];2003年
3 安泽伟;黄华孙;;分子标记在橡胶树遗传育种中的应用[A];中国热带作物学会2005年学术(青年学术)研讨会论文集[C];2005年
4 王强;张茂君;;分子标记及其在苹果属植物研究上的应用[A];2003年全国作物遗传育种学术研讨会论文集[C];2003年
5 齐建勋;郝艳宾;王克建;吴春林;王维霞;;分子标记在核桃资源和育种研究中的应用[A];第四届全国干果生产、科研进展研讨会论文集[C];2005年
6 张玉;白史且;邓永昌;李达旭;游明鸿;刘刚;张昌兵;;分子标记在苜蓿遗传育种中的应用进展[A];中国草学会牧草育种专业委员会2007年学术研讨会论文集[C];2007年
7 李光光;张华;黄红弟;刘自珠;郑岩松;郭培国;;菜薹AFLP分子标记体系的优化[A];中国园艺学会2013年学术年会论文摘要集[C];2013年
8 王小刚;陈家春;;分子标记在药用植物种质资源鉴定中的应用[A];湖北省药学会第十一届会员代表大会暨2007年学术年会论文汇编[C];2007年
9 曹必好;王勇;雷建军;陈国菊;;茄子抗青枯病遗传规律及分子标记筛选研究[A];2008园艺学进展(第八辑)——中国园艺学会第八届青年学术讨论会暨现代园艺论坛论文集[C];2008年
10 赵献芝;;分子标记在肉鸡育种中的应用[A];全球肉鸡产业论坛暨第二届中国白羽肉鸡产业发展大会会刊[C];2010年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 JIXIANG WU;[D];浙江大学;2001年
2 张淑君;猪产仔数分子标记及其效应的研究[D];四川农业大学;2001年
3 鄢婧婧;仿刺参(Apostichopus japonicus)分子标记开发及应用[D];中国海洋大学;2013年
4 于洋;凡纳滨对虾分子标记的开发及其在遗传育种中的应用[D];中国科学院研究生院(海洋研究所);2014年
5 杨晓琳;从血压调节系列蛋白基因筛选有氧运动能力分子标记及功能研究[D];北京体育大学;2014年
6 聂新辉;陆地棉重要经济性状全基因组关联分析及优异位点挖掘[D];华中农业大学;2016年
7 杨蜀岚;水稻eui2基因的发现、遗传及其分子标记和定位[D];福建农林大学;2000年
8 贺建波;近交作物限制性二阶段全基因组关联分析方法及其应用和软件开发[D];南京农业大学;2014年
9 邱成书;栽培性状和分子标记在中国真姬菇遗传多样研究中的应用[D];华南理工大学;2013年
10 邓欣;亚麻分子标记的开发及产量相关性状的关联分析[D];中国农业科学院;2013年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 林明睿;甜叶菊高密度遗传图谱构建及其分子标记筛选[D];浙江农林大学;2018年
2 何攀敏;质子-质子碰撞中光子标记的强子产生[D];华中师范大学;2018年
3 李雪;陆地棉遗传效应及产量相关分子标记预测杂种优势[D];中国农业科学院;2018年
4 黄素梅;SSR分子标记预测甜玉米杂种优势的研究[D];仲恺农业工程学院;2017年
5 雷秀玉;小麦抗白粉病基因分子标记的实用性评价[D];河北科技师范学院;2013年
6 肖泽玺;水稻两用不育系分子标记库的建立与杂交种子分子鉴定的研究[D];湖南师范大学;2015年
7 范静苑;烟草黄瓜花叶病毒病抗性遗传分析及其分子标记[D];中国农业科学院;2009年
8 王琳;小麦抗性淀粉的遗传特性及其分子标记的筛选[D];石河子大学;2009年
9 卓祖闯;大白菜耐抽薹性状遗传规律分析及其分子标记的筛选[D];西北农林科技大学;2009年
10 李娟;分子标记辅助选育甘蓝型油菜显性细胞雄性不育系[D];华中农业大学;2008年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 ;农作物分子标记进展快[N];科技日报;2002年
2 梁国兴;TRAP标记首次应用于鲤分子标记[N];中国渔业报;2010年
3 珍珍;我国将建立分子标记开发技术体系[N];东方城乡报;2008年
4 平文;天津利用分子标记优化葡萄纯度[N];农民日报;2005年
5 本报首席记者 杨军;太保胡萝卜的“近交远攻”[N];双鸭山日报;2017年
6 本报记者 周晓娟;期待ITU认可 WiMAX“远攻近交”成就霸业[N];通信产业报;2007年
7 本报记者 李景;越南式外交:近交经济 远结安全[N];21世纪经济报道;2010年
8 本报记者 王瑜;助民族种业“跑”得更快[N];农民日报;2015年
9 韩旭东;近交远攻与力缘战略[N];光明日报;2004年
10 省农委科技教育处 何超;MAS技术在作物育种中的应用[N];湖南科技报;2015年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62982499
  • 010-62783978