收藏本站
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

稻瘟病菌诱导水稻特异表达EST数据库的建立及相关基因鉴定

庄晓峰  
【摘要】: 1 本研究对受稻瘟病菌诱导水稻叶组织特异表达cDNA文库进行了大规模测序,共获得有效EST序列15396条,其中14975条EST序列己被国际公共数据库——GenBank数据库接受。对13316条具有Poly(A)尾的序列进行了冗余度分析,共获得5633条独立基因,占全部序列的42.3%。其中低丰度表达基因(表达频率≤2)4503条,中丰度表达基因(2<表达频率<20)1074条,高丰度表达基因(表达频率≥20)56条。 5633条独立基因与GenBank水稻数据库进行BLASTn比对,首次建立了受稻瘟病菌诱导水稻叶组织特异表达数据库。通过对数据的生物信息学分析发现,未知基因3628条,占64.4%;有功能注释的基因642条,占11.40%;有染色体定位信息的1560条,占27.7%。 通过对所有已知功能基因的分析发现,数据库中与己知植物抗逆相关的蛋白有66类。涉及苯丙烷类代谢、氧代谢、氧化还原反应、病程相关蛋白以及植物抵御高温胁迫、低温胁迫、光胁迫、水胁迫、植物创伤等相关的蛋白。证实水稻防御稻瘟病菌侵染的抗病过程是涉及众多基因共表达的一个复杂的网络体系,并且与其它生物因子、非生物因子胁迫处理之间存在着密切的联系。 2 有意思的是:通过与稻瘟病菌全基因组序列数据库和水稻全基因组序列数据库的BLASTn比对,对5633条独立基因进行筛选,共检出来源于稻瘟病菌的基因16条。对这些基因的生物信息学分析结果表明,除3个未知基因外,Mgr003编码的环孢菌素(Cyclophilin)和Mgr011编码的P型ATP酶与稻瘟病菌侵染早期附着孢形成相关;Mgr007编码的半乳糖氧化酶和Mgr016编码的β-葡萄糖苷酶参与识别和降解水稻表皮细胞;C-4甲基固醇氧化酶(Mgr005)和δ-固醇C-甲基转移酶(Mgr009)参与稻瘟病菌致病性相关的膜蛋白——麦角固醇的合成;还有可能与稻瘟病菌侵染过程中信号传导相关的质膜钠离子应答蛋白(Mgr002)和丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(Mgr015);与蛋白合成相关的核糖体L12蛋白(Mgr014)和延伸因子2(Mgr010);与真核细胞细胞体内的蛋白质的运输和分泌相关的外被体蛋白(Mgr006); 参与脂肪酸生物合成的烯酞还原酶(Mgr008)等。从受稻瘟病菌诱导水稻叶组织中筛选到 的这些基因可能在病原与寄主的相互作用中起重要作用。 3利用前期大规模测序的表达序列标签,制备完成容量为1106条独立基因的CDNA微阵 列,对抗瘟性近等基因系H7R和H7S的表达谱分析发现:在水稻样本受到稻瘟病菌侵染8小时 后,众多的基因表达发生变化,在980组有效数据中,有170个基因的表达发生显著改变,其 中106个基因上调表达,64个基因下调表达。 为克隆与抗病相关的新基因,选取10个差异表达明显的未知基因进行了生物信息学分 折,除氯原酸辅酶A-3-h甲基转移酶和肉桂醇脱氢酶是在木质化过程中参与木质素形成的关 键基因外,其它基因编码的蛋白也可能参与抗病相关的生理生化反应。 从10个差异表达基因中选取具有BTB/POZ结构域的J001e09作为候选基因,结合分子生物 学实验方法,通过电于拼接克隆了一个在稻瘟病菌诱导早期表达的新基因osBTB,并获得该 基因的全长cDNA序列(974hp)和DNA序列(sl74bp)。Northerll杂交结果显示该基因在水稻受 稻瘟病菌诱导早期表达,与水稻抵御病原菌侵入密切相关。 OSBTde因的RNA微阵列分析结果表明:$基因受稻瘟病菌.非生物胁迫和植物激素等诱 导表达;与9个抗病基因的RNA微阵列聚类分析结果发现,该基因的表达与WK的表达状况类 似,结合前期的BLASTPLh对结果,推测OSBTds因具有类f叨皿PK的蛋白激酶活性,在植物信 号传导中发挥重要作用。


知网文化
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前20条
1 岳宗岱;;稻瘟病菌生存力的观察[J];微生物学报;1974年02期
2 李桦;稻瘟病菌培养技术的研究[J];植物保护;1986年04期
3 A.O.Mackill;吕中平;;稻瘟病菌(Piricularia oryzae)的新寄主[J];植物医生;1987年02期
4 董国堃;宣伯承;;早稻稻瘟病大流行的成因条件及防治对策[J];中国农学通报;1989年02期
5 黄大年,王金霞,杨炜,倪云美;提高稻瘟病菌转化频率的研究[J];中国水稻科学;1995年01期
6 翁启勇,甘代耀,陈体强;稻瘟病菌染色体核型电泳条件研究初报[J];福建农业学报;1997年03期
7 鲁国东;稻瘟病菌转化体系的建立及3-磷酸甘油醛脱氢酶基因(gpd)的克隆[J];植物病理学报;1998年01期
8 刘二明,刘志贤,魏林,叶华智,朱有勇,罗峰;湖南两类稻瘟病生态系病菌群体遗传多样性研究[J];湖南农业大学学报(自然科学版);2003年03期
9 卢代华,叶慧丽,龚学书,周西全,陈国华,蒋国荣,毛建辉,余桂蓉;四川部分稻瘟病菌的DNA指纹分析[J];四川农业大学学报;2003年02期
10 杨静,何霞红,王云月,李作森,朱有勇;水稻遗传多样性田间稻瘟病菌生理小种研究[J];植物病理学报;2004年05期
11 ;持久抗击稻瘟病基因被发现[J];湖南农业;2010年02期
12 田伯光;;日本发现抗击稻瘟病基因[J];农药市场信息;2010年02期
13 夏陈澜;景德镇市稻瘟病流行规律和综合治理的探讨[J];江西植保;1981年04期
14 余名伟;王志祥;;镇海县万加大队综合防治稻瘟病的经验[J];浙江农业科学;1982年02期
15 ;国际稻瘟病菌生理小种鉴别体系在我国研制成功[J];福建稻麦科技;1995年02期
16 叶钟音,杨荣明;稻瘟病菌体细胞突变体的研究[J];世界农业;1996年09期
17 雷财林,王久林,凌忠专;稻瘟病菌生理小种的变化动态[J];作物杂志;1996年04期
18 王宗华,鲁国东,王宝华,赵志颖,谢联辉,沈瑛,朱立煌;POR6与MGR586同源性及其所揭示的稻瘟病菌DNA指纹特征之比较(英文)[J];浙江大学学报(农业与生命科学版);1998年05期
19 张正光,郑小波;稻瘟病菌对稻瘟灵抗性遗传研究[J];植物保护;1998年06期
20 方祥,叶华智,曹燕;四川省稻瘟病菌中dsRNA因子的检测[J];四川农业大学学报;2000年04期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 何月秋;唐文华;HeiLeungRobertS.Zeigler;;稻瘟病菌致病突变株的分离[A];中国植病学会西南联合学术年会论文集[C];2000年
2 彭友良;杨俊;王维香;赵晓燕;许金荣;王大伟;孙静;;RNA剪切体组分作为稻瘟病菌的一类新致病因子[A];中国植物病理学会2010年学术年会论文集[C];2010年
3 杨俊;王维香;赵文生;孔令安;孙静;薛敏峰;陈小林;王大伟;王瑞金;王立霞;张燕;许金荣;彭友良;;Con2作为剪切体的新成员控制稻瘟病菌的致病性和分生孢子产生[A];中国植物病理学会2010年学术年会论文集[C];2010年
4 卢建平;刘同宝;刘小红;林福呈;;稻瘟病菌基因组学的研究[A];2003’华东植物病理学术研讨会暨江苏省植物病理学会第十次会员代表大会论文集[C];2003年
5 方峰;李盾;张明;;稻瘟病菌抗药性研究概况[A];中国植物病理学会2004年学术年会论文集[C];2004年
6 张海峰;赵倩;张幸;张正光;王源超;郑小波;;稻瘟病菌磷酸二酯酶基因的功能研究[A];中国植物病理学会2008年学术年会论文集[C];2008年
7 穆常青;刘雪;潘玮;陆庆光;蒋细良;朱昌雄;;枯草芽孢杆菌B-332菌株对稻瘟病的防治效果及定殖作用研究[A];第四届全国绿色环保农药新技术、新产品交流会暨第三届生物农药研讨会论文集[C];2006年
8 刘永锋;俞文渊;陈志谊;刘邮洲;聂亚锋;于俊杰;;水稻稻瘟病菌孢子萌发特性及其分泌蛋白质研究[A];中国植物病理学会2010年学术年会论文集[C];2010年
9 朱晓寒;周腾胜;陈继圣;王宗华;;稻瘟病菌中一个假定的ADP核糖基化因子ARF6的功能分析[A];中国植物病理学会2010年学术年会论文集[C];2010年
10 刘娟;周益军;范永坚;;稻瘟病菌无毒基因的分子标记[A];中国植物病理学会第六届青年学术研讨会论文集——植物病理学研究进展(第五卷)[C];2003年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 庄晓峰;稻瘟病菌诱导水稻特异表达EST数据库的建立及相关基因鉴定[D];浙江大学;2003年
2 叶青海;肝细胞癌转移预测模型的建立及其转移相关基因的筛选——cDNA微阵列技术分析[D];复旦大学;2002年
3 金庆超;稻瘟病菌基因表达的表达序列标签和cDNA阵列检测研究[D];浙江大学;2005年
4 徐飞;基于结构的对于水稻和稻瘟病菌相互作用所包含蛋白的计算研究[D];浙江大学;2009年
5 强华;大鼠脊髓损伤后基因表达谱变化的研究[D];第二军医大学;2002年
6 王明怡;微阵列数据挖掘技术的研究[D];浙江大学;2004年
7 强晖;肝纤维化相关基因的筛选及其功能初步研究[D];第二军医大学;2003年
8 饶志明;水稻对稻瘟病抗性的遗传及分子机理研究[D];中国农业科学院;2002年
9 张海峰;稻瘟病菌G蛋白及MAPK信号途径相关基因的功能分析[D];南京农业大学;2011年
10 李宏宇;稻瘟病菌T-DNA插入突变研究[D];福建农林大学;2003年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 杨帆;稻瘟病菌Rho2同源蛋白的功能分析[D];福建农林大学;2010年
2 姜凯;水稻纹枯病及稻瘟病拮抗菌的分离与抗性成分分析[D];四川农业大学;2010年
3 王霞;水稻种子cDNA微阵列的分析及相关基因的表达与功能研究[D];山东农业大学;2002年
4 陈春南;稻瘟病菌81278ZB15 BAC克隆子805L15中7个假定分泌蛋白的功能分析[D];福建农林大学;2010年
5 赵玉峰;一株稻瘟病拮抗菌株的筛选、诱变育种及抗菌谱测定[D];河南工业大学;2010年
6 林成增;稻瘟病菌假定几丁质酶基因功能分析[D];福建农林大学;2010年
7 刘小红;利用启动子陷阱技术(Promoter trapping)构建稻瘟病菌(Magnaporthe grisea)突变体库[D];浙江大学;2004年
8 金鑫;稻瘟病生防菌Af1、Af4的初步研究[D];华中农业大学;2010年
9 王红;稻瘟病菌亚甲基四氢叶酸还原酶基因(MoMET13)功能的初步研究[D];浙江大学;2011年
10 刘娟;稻瘟病菌(Magnaporthe grisea)致病相关基因的分子标记及克隆[D];南京农业大学;2003年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 冯卫东;丹麦科学家开发出微阵列癌症早期预警系统[N];科技日报;2010年
2 ;Affymetrix推出全球首个诊断微阵列系统[N];医药经济报;2004年
3 东娜;安捷伦推出第三套基因筛选微阵列试剂盒[N];科技日报;2002年
4 祁鸣曾强 周宇;微阵列—比较基因组杂交技术:给人体基因组做“CT”[N];中国医药报;2007年
5 浙江大学 祁鸣周宇 解放军总医院 曾强;给基因组做“CT”[N];健康报;2007年
6 冯国明;近年稻瘟病为何高发[N];湖南科技报;2007年
7 本报记者 卢育辉 梁少棉;我省攻克稻瘟病世界性难题[N];广东科技报;2006年
8 余志平;生物“万花筒”不简单[N];医药经济报;2002年
9 刘在军;引进推广抗病新品种是首选[N];白银日报;2007年
10 罗兵;“晶芯”吸引世界目光[N];中国质量报;2007年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62982499
  • 010-62783978