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鸡MC1R基因的SNPs分析与染色体定位

杨永升  
【摘要】:黑素皮质素受体1(melanocortin 1-receptor,MC1R)基因是控制动物黑色素合成的重要基因。本研究以MC1R基因作为控制鸡黑色素合成的候选基因,以中国农业大学的研究黑色素性状的资源家系鸡(由体内有广泛黑色素沉积的丝羽乌骨鸡和无黑色素沉积的明星肉鸡为亲本杂交产生)亲本代和F_2代群体为材料,采用单链构象多态(Single-strand Conformation Polymorphism,SSCP)、限制性内切酶片段长度多态(Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP)以及DNA测序的方法,对鸡MC1R的整个编码区与5’与3’非编码区进行了单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)的检测,将检测到的SNPs与鸡黑色素性状的关系进行了分析,以探讨将MC1R基因作为控制鸡黑色素沉积的候选基因的可能性。 本研究首先利用PCR-SSCP与PCR-RFLP的方法在资源家系群体鸡MC1R基因的编码区与5’与3’非编码区检测到4个单核苷酸多态位点,并对该单核苷酸多态性进行了分析,结果显示,鸡MC1R基因编码区3个单核苷酸多态位点分别是由第867核苷酸位置处G→A转换,第1292位核苷酸位置处的C→T颠换与第1377核苷酸位置处的C→G颠换引起的,其中G→A(867位)的转换使137位的氨基酸由Ala(A)变为Thr(T),1377核苷酸位置处的C→G颠换导致307位的氨基酸由Arg(R)→Gly(G)。5’非编码区的1个SNP是由第191核苷酸位置处的C→A颠换引起的。 接下来,本研究进一步对单核苷酸多态性与鸡的肤色、肉色、胫色等黑色素性状进行了卡方独立性分析,结果表明,MC1R基因5’非编码区191处的突变与鸡的肤色性状与肉色性状极显著相关(P<0.01),MC1R基因867核苷酸位置处的G→A转换与鸡的肤色性状显著相关(P<0.05),第1377核苷酸位置处的C→G颠换与鸡的肉色性状显著相关(P<0.05),第1292核苷酸位置处的C→T转换与鸡的活体胫色性状显著相关(P<0.05)。但这几处单碱基突变与其它黑色素性状相关不显著(P>0.05)。 最后,本研究利用鸡Chick RH6放射杂交板,对MC1R基因进行了染色体上的精细定位,结果是把MC1R基因定位在鸡第11号染色体末端,位于标记ROS0112(X035)与ADL0033之间的位置。这是迄今为止鸡MC1R基因在染色体上的最为精确的定位结果。 本研究结果表明,鸡MC1R基因的突变与鸡的肤色、肉色、活体胫色这几处鸡身体主要部位的黑色素性状显著或极显著相关,推测MC1R基因是控制鸡黑色素沉积的候选基因。


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