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家蚕EST分析系统的构建及初步分析

刘玉明  
【摘要】:以公共数据库为基础,建立了以核酸为主的家蚕专门化分子生物学数据库。 在建立数据库的基础上,初步实现了数据库应用,包括核酸电子自动延伸系统、 基于Web的本地化BLAST’同源序列检索程序以及结构预测等。它将为建立家蚕 的生物信息学研究平台打下基础。本研究的主要内容及结果如下: 1.建立了专门化的家蚕分子生物学数据库。序列数据库中以EST数据库和 HTGS数据库为主。其中,家蚕的:EST’数据库中的记录量超过了12万。 2.建立了核酸序列电子自动延伸系统。对于家蚕cDNA序列可以进行有效、 迅速的延伸。对于给定的258-wd-041103(re)(比s270少A) 001 802R 2004-09-17-Y和S238F-lyl-040819(以上均为实验室编制序号) 两条验证序列,该系统都进行了有效的延伸。 3.建立了基于Web的本地化BLAST同源比对程序。检索方式、参数选择、 结果格式均与NCBI类似,便于进行交流。 4.建立了以人为主的参照数据库。人基因注释数据库和蛋白质结构信息数 据库是进行比较生物学研究不可缺少的部分,同时,蛋白质结构信息数 据库将为家蚕基因的深入研究提供重要参考信息。 5.建立了家蚕生物信息学研究平台。可以对基因和蛋白质进行相关生物信 息学研究,特别是对蛋白质三维结构的模拟,可以在蛋白质水平上直观 的描述基因产物的特征,对于进行科研和教学具有一定价值。


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