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DNA序列的图形表示及其相似性分析

于成龙  
【摘要】:近二十年来,DNA序列的图形表示方法在研究DNA序列局部和整体的比较分析中的作用越来越大,并且与之相对应的数值特征及相似性分析使这些直观的视觉感知更加理性化。 在本篇论文中,我们首先给出了一个关于DNA序列的图形表示方法较为详细的综述,其中我们先从3维表示方法入手,然后根据退化性的有无对2维表示方法进行了介绍,并给出了一种基于3条特征曲线的新的2维图形方法。然而,本文的中心内容并不仅是对图形表示方法的研究,而从基于图形表示的数值特征向量去进行DNA序列之问的相似性分析。在接下来的三、四章中,通过上一章给出的新图形方法和Yau[11]的图形表示法我们得到了Q矩阵,并利用Q矩阵的标准化主特征值得到三种表示DNA序列的数值特征向量方法。根据向量之间的欧氏距离,我们分析了11种生物的β-globin基因的第一外显子序列的相似性,并同其它文献中的相似性分析的结果进行了比较。最后,作为DNA序列比较的一种参照,我们从最长公共子序列的角度考虑了DNA序列的相似性分析,并进行了简单的讨论。其中三、四章中的数值特征向量和相似性结果均借助Matlab 7.0完成。


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