收藏本站
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

氨基酸和寡肽的结构与性质的理论研究

于文博  
【摘要】: 氨基酸和寡肽是重要的生物小分子体系,对它们的理论计算研究不仅可以帮助解释对这些体系所开展的实验研究的结果,还可以为人们更清楚地认识和了解例如蛋白质分子这样大的生物分子体系奠定坚实的基础。 本论文利用基于密度泛函和波函理论的计算方法详细研究了典型的氨基酸和寡肽分子体系的结构和性质。研究涉及方法的发展,方法的测试和方法的应用,其内容涵盖了氨基酸和寡肽理论计算研究领域的多个方面。 第1章中我们简要介绍了用于研究分子体系的主要计算方法的理论基础,包括各种从头计算方法,半经验方法和密度泛函方法。同时对用于描述诸如电荷和轨道等化学经验概念的理论方法进行了阐述。最后对本论文研究所要用到的各种计算软件包加以简单说明。 第2章给出了氨基酸和寡肽分子体系理论计算领域的主要研究内容和研究热点,这包括氨基酸和寡肽分子的稳定结构,电子性质,内部弱相互作用,质子化和去质子化过程,构象转换,金属离子结合及溶液效应等多方面的研究。这为本论文提供了研究方向上的指导。 第3章中我们利用密度泛函方法系统寻找了缬氨酸分子的稳定构型,对前人的研究工作给出的缬氨酸分子的势能面信息做了相关补充,同时利用计算出的构型分布为以前的实验工作提供了重要的温度信息。利用分子中的原子理论,自然键轨道理论,几何结构判据和红外谱线判掘系统分析了缬氨酸稳定构型的分予内氢键情况。在缬氨酸稳定构型中找到了常规氢键,蓝移氢键和双氢键这三种迄今为止所发现的各种氢键类型,它们的共存现象形象的说明了各种氢键的内在统一机制。所发现的N—H…H—C双氢键拓宽了双氢键的定义。 第4章中以高精度的耦合簇方法的计算结果为基准,测试了五种密度泛函方法(BHandHLYP,MPWB1K,B3LYP,B3PW91和SVWN)和两种波函方法(HF和MP2)对描述22种氨基酸体系的构型相对能量,垂直电离能,质子化和去质子化能这四种能量性质的能力。同时研究了各方法的计算结果对不同大小基组的收敛情况。研究给出了BHandHLYP泛函方法配合6-311++G(d,p)基组是最适合描述含有分子内氢键作用体系的计算水平,这为他人的研究工作提供了重要支持。 第5章中使用系统的构型寻找方法全面的研究了13种有代表性的二肽分子的势能面,并对所得到的稳定构型进行了结构特性的详细分析。找到了二肽稳定构型和其组成氨基酸稳定构型间的密切联系,这促使了一种基于氨基酸稳定构型来寻找二肽稳定构型的方法的提出。对该方法在他人研究过的二肽体系上所进行的全面测试证明此方法不仅更高效,而且提供了更为完整的稳定构型集合从而使得理论和实验红外光谱的一致性大大增强。 第6章中使用系统的构型寻找方法全面的研究了5种有代表性的三肽分子的势能面,并详细分析了三肽构型的结构特点及其与二肽的差异。分析给出了三肽稳定构型和相应的二肽及氨基酸稳定构型间的密切联系,基于二肽构型的寻找方法,发展了一种使用二肽和氨基酸稳定构型来高效寻找三肽稳定构型的方法。对该方法在前人研究过的三肽体系上所进行的全面测试证明此方法不仅更高效而且更准确。同时我们利用基因遗传算法的概念对该方法进行了拓展,对丙氨酸四肽的研究表明该方法可以得出具有重要的蛋白质二级结构构象的稳定构型,这为该方法应用于大的寡肽体系奠定了坚实的基础。


知网文化
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前20条
1 彭维恩;;理论视阈下氨基酸缓蚀剂缓蚀性能的方法探讨[J];技术与市场;2011年09期
2 申刚义;高妍;戴东升;崔箭;刘裕明;裴凌鹏;;表面等离子体共振技术用于蛋白对氨基酸手性识别的动力学研究[J];高等学校化学学报;2011年08期
3 周冠旻;石刚;;开发RNA高效(活性)营养液肥研究[J];中国食品工业;2010年09期
4 ;“喷雾干燥工艺”助推节能减排——记宜昌三峡制药有限公司[J];环境教育;2011年08期
5 汪敬科;赵新淮;;三种氨基酸添加下酶法修饰酪蛋白水解物的ACE抑制活性[J];食品与发酵工业;2011年04期
6 董攀;赵燕;杨有仙;李建科;涂勇刚;;食品加工过程中有害物质——赖丙氨酸研究进展[J];食品科学;2011年15期
7 谭越河;汪朝阳;郝志峰;李建晓;;(5S)-5-烷氧基-3,4-二卤-2(5H)-呋喃酮与氨基酸的串联反应[J];有机化学;2011年08期
8 张鑫璐;裴继诚;张方东;于秀玲;;漆酶催化不同小分子物质改善纤维性能[J];天津科技大学学报;2011年04期
9 高健;;感冒初起宜喝鸡汤[J];食品与健康;2000年01期
10 周澍;海洪;金文英;程芳芳;杨峰;侯天福;;利用缫丝废水处理过程中产生的微生物蛋白制备复合氨基酸[J];环境污染与防治;2011年08期
11 谭兴和;时莎莎;谭亦成;蔡文;王锋;刘甜甜;;干豆角发酵过程中的成分变化[J];食品与机械;2011年04期
12 严英;;恋爱时你该吃些什么?[J];食品与健康;1999年03期
13 ;作者须知[J];发酵科技通讯;2011年03期
14 张晓斌;;生物酶不对称氧化法制备D-丙氨酸[J];粮食科技与经济;2011年04期
15 陈景鑫;;香辣鹅肉干的研制开发[J];肉类工业;2011年09期
16 蔡邦肖;段玲靓;;水浸提绿茶有效成分的工艺优化研究[J];中国食品学报;2011年05期
17 喻国华;;食疗佳品——苡米[J];食品与健康;1999年07期
18 田青;;烹调放醋有讲究[J];食品与健康;1999年10期
19 兰天;;味精味道好,使用要得当[J];食品与健康;2002年11期
20 陈心武;;野蕈好吃 当心中毒[J];食品与健康;1999年10期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 边春香;孙志红;;综合治疗加血浆置换治疗肝性脑病的疗效探讨[A];第二届全国人工肝及血液净化学术年会论文集[C];2005年
2 韩岩;尹多;林涛;李钟淑;方南洙;;氨基酸对延边黄牛体细胞克隆重组胚发育的影响[A];东北三省及内蒙古地区遗传学研究进展学术研讨会论文汇编[C];2009年
3 李武松;滕明俊;贾欣茹;;氨基酸构筑的树枝状分子凝胶的能量转移行为[A];2009年全国高分子学术论文报告会论文摘要集(下册)[C];2009年
4 陶雅;孙启忠;李峰;杨秀芳;杨晓亮;邢启明;;氨基酸与苜蓿抗寒性[A];中国草学会饲料生产委员会第15次饲草生产学术研讨会论文集[C];2009年
5 肖冬荣;张光菊;袁若;童明良;;两个基于螺旋[Co_2O_2]_n亚铁磁链的手性单链磁体[A];中国化学会第27届学术年会第08分会场摘要集[C];2010年
6 刘洪章;郝瑞;李亚东;文连奎;;黑穗醋栗果实营养成分研究[A];中国科学技术协会第二届青年学术年会园艺学论文集[C];1995年
7 李武松;吉岩;贾欣茹;王冰冰;危岩;;以甘-谷为结构单元的扇形树状分子的合成与表征[A];2005年全国高分子学术论文报告会论文摘要集[C];2005年
8 王军;褚朝森;纪斌;徐虹;;氨基酸席夫碱及其钇配合物的红外光谱研究[A];第九届全国稀土化学与湿法冶金学术会议专辑[C];2005年
9 刘颖;嘎日迪;;稀土氨基酸混配型配合物的合成与表征[A];第十四届全国分子光谱学术会议论文集[C];2006年
10 周政华;杨元;洪君蓉;黄承钰;李河君;;固相萃取-离子色谱-积分脉冲安培法测定人血清中游离氨基酸[A];第二届中国西部营养学术会议专题报告及论文摘要汇编[C];2006年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 于文博;氨基酸和寡肽的结构与性质的理论研究[D];中国科学技术大学;2009年
2 吴向华;TIE2配体寡肽的设计、筛选及其在基因治疗中的靶向导入作用[D];复旦大学;2004年
3 李树聪;不同精粗比日粮泌乳奶牛氮素代谢及限制性氨基酸的研究[D];中国农业科学院;2005年
4 曹征宇;东亚钳蝎蝎毒多肽的分离纯化,结构鉴定,活性测定以及基因表达研究[D];中国协和医科大学;2004年
5 汤华钊;氨基酸及其手性中间体纯化与合成研究[D];四川大学;2003年
6 陈国蓉;穴位埋线对癫痫持续状态后海马神经元凋亡及相关基因表达的影响[D];广州中医药大学;2005年
7 王国超;褐飞虱体内类酵母共生菌的营养功能及其分子基础的研究[D];中国农业科学院;2005年
8 智颖飙;四合木(Tetraena mongolica Maxim)异地保护生物学基础研究[D];内蒙古大学;2004年
9 李纯;“Click Chemistry”在一些氨基酸、甾体和山楂酸衍生物合成中的应用[D];华东师范大学;2010年
10 许静;ESRD患者营养不良、炎症、动脉粥样硬化相互关系的研究[D];第二军医大学;2006年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 童炎岳;肾缺血再灌注损伤内皮素与细胞凋亡研究及氨基酸的保护作用[D];浙江大学;2002年
2 谢超;毛细管电泳化学发光联用技术在生物样品分析中的应用研究[D];广西师范大学;2005年
3 段志青;非牛顿流体中营养类分子扩散系数的实验及理论研究[D];天津大学;2005年
4 陈稚;食品营养强化剂及保健食品中的违禁药物分析方法研究[D];湖南师范大学;2006年
5 王兵;毛细管电泳光导纤维发光二极管诱导荧光检测法在生物样品分析中的应用研究[D];广西师范大学;2006年
6 刘金明;无机磷试剂辅助下氨基酸反应的多样性研究[D];郑州大学;2007年
7 滑志民;影响山羊活体采卵与体外受精效果的研究[D];河北农业大学;2007年
8 薛伟锋;环境友好材料:氨基酸离子液体的热力学性质研究[D];辽宁大学;2009年
9 刘金伟;酶法制备玉米高F值寡肽及其抗疲劳活性的研究[D];山东轻工业学院;2012年
10 徐凤霞;绵羊瘤胃内寡肽代谢规律的研究[D];山东农业大学;2004年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 记者 操秀英;向非粮原料“要”氨基酸[N];科技日报;2011年
2 石军;全球氨基酸市场将达116亿美元[N];医药经济报;2011年
3 王洁;氨基酸补多了并不好[N];医药养生保健报;2007年
4 裘影萍;我国氨基酸产业困境中面临洗牌[N];中国化工报;2005年
5 黎黎;武汉九生堂寡肽研究取得突破性进展[N];医药经济报;2004年
6 肖寒;氨基酸保健食品市场前景乐观[N];中国医药报;2009年
7 记者 黄永锐;伊品与中科院成立氨基酸联合实验室[N];宁夏日报;2010年
8 徐铮奎;保健型氨基酸新品待开发[N];医药经济报;2010年
9 裘影萍;氨基酸产业陷入“投资怪圈”[N];中国经济导报;2005年
10 裘影萍;我国氨基酸产业洗牌在即[N];健康报;2005年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62982499
  • 010-62783978