猪TLR4基因多态性及与其断奶仔猪免疫指标的关联分析

【摘要】：本研究以皖南黑猪、安庆六白猪、圩猪、霍寿黑猪四个安徽地方品种及一个外来品种长白猪为材料,采用PCR-SSCP技术筛查TLR4基因第三外显子部分片段的单链核苷酸多态性(SNP),并通过SPSS软件分析所检测到的SNP在安庆六白猪、圩猪、霍寿黑猪、大白猪四个品种中的多态性与断奶仔猪部分免疫指标的相关性,从而为寻找与猪抗病性状相关的有效遗传标记奠定基础,为安徽地方猪抗病育种提供理论依据。经研究发现：(1)检测皖南黑猪,安庆六白猪,圩猪,霍寿黑猪,长白猪5个群体的TLR4基因多态性,发现了位于TLR4基因外显子3上的3个SNPs,分别是G417A,C318A,C1027A。(2)群体遗传学分析表明C318A位点,在皖南黑猪、圩猪、安庆六白猪均检测到CC、CA两种基因型,在皖南黑猪中的基因型频率分别为80.95%、19.05%,在圩猪中的基因型频率分别为70.00%、30.00%,在安庆六白猪中的基因型频率分别为82.50%、17.50%。其中CC基因型为该3个群体中优势基因型,AA基因型均未检测到。该位点在3个群体中PIC值分别为0.1575、0.2225、0.1469,均处于低度多态；且经过χ2适合性检验,3个群体的χ2值均小于5.991,处于哈迪-温伯格平衡状态(P0.05)。该位点在霍寿黑猪和长白猪群体中均未检测到突变。G417A位点,在皖南黑猪、圩猪、安庆六白猪检测到GG、GA两种基因型,其中在皖南黑猪中的基因型频率分别为80.95%、19.05%；在圩猪中的基因型频率分别为70.00%、30.00%；在安庆六白猪中的基因型频率分别为82.50%、17.50%,GG基因型为该3个群体中优势基因型,AA基因型均未检测到。该位点在3个群体中PIC值分别为0.1575、0.2225、0.1469,均处于低度多态；且经过χ2适合性检验,3个群体的χ2值均小于5.991,处于哈迪-温伯格平衡状态(P0.05)。该位点在霍寿黑猪和长白猪群体中均未检测到突变。C1027A位点,在五个猪群中均检测到CC、CA、AA三种基因型,其中在皖南黑猪中的基因型频率分别为23.81%、52.38%、23.81%；在圩猪中的基因型频率分别为40.00%、35.00%、 25.00%；在安庆六白猪中的基因型频率分别为27.50%、45.00%、27.50%；在霍寿黑猪中的基因型频率分别为6.98%、65.12%、27.91%；在长白猪中的基因型频率分别为59.09%、27.27%、13.64%。该位点在5个群体中的PIC值分别为0.3750、0.3693、0.3750、0.3683、0.3180,均处于中度多态；且经过χ2适合性检验,5个群体的χ2值均小于5.991,处于哈迪-温伯格平衡状态(P0.05)。(3)血液免疫指标在群体间的差异分析：木试验采用酶联免疫分析试剂盒测定了对安庆六白猪,圩猪,霍寿黑猪,大白猪四个猪种断奶仔猪的白介素-6(IL-6)、白介素-10(IL-10)、白介素-12(IL-12)、γ干扰素(IFN-γ)、肿瘤坏死因子α (TNF-α))五个免疫指标,结果显示各免疫指标水平在不同猪种问差异较大,除IL-6水平及IL-10水平在圩猪和大白猪中差异不显著、IL-12水平在霍寿黑猪和大白猪中差异不显著外,其它各免疫指标品种间的差异均为极显著(P0.01)。(4)与免疫指标的关联分析：本试验分别分析了C1027A位点和G417A位点多态性与安庆六白猪,圩猪,霍寿黑猪,大白猪四个猪种断奶仔猪的五个免疫指标(IL-6、IL-10、CIL-12、IFN-γ、 TNF-α)的相关性,仅发现在C1027A位点上,圩猪中AA型TNF-α-水平显著(P0.05)高于CC型和CA型；大白猪中CC型IL-10水平显著(P0.05)高于CA型。研究结果提示,TLR4基因C1027A位点有可能作为一个有效靶位点应用于安徽地方猪种安庆六白猪,圩猪,霍寿黑猪及大白猪的抗病育种。