中国汉族人白癜风易感位点的精细定位

【摘要】： 〖白癜风连锁区域及其内易感基因的发现〗 白癜风(OMIM:#193200)是一种常见的色素脱失性皮肤疾病,全球人群患病率大约为0.5%,主要表现为皮肤、粘膜及毛发的黑素细胞选择性减少或消失导致的白斑、灰/白发,其病因和发病机制尚不明了。目前已有以下学说:自身免疫学说、遗传学说、黑素细胞自身破坏学说及生物化学学说等。而近年来,国内外大量研究表明遗传因素与白癜风发病密切相关,很可能是一种多基因遗传病,同时还发现其它各种学说均存在其遗传学基础。 目前已有文献报道白种人中的4个白癜风易感位点—17p13(SLEV1)、1p31(AIS1)、7q(AIS2)、8p(AIS3)。2005年,美国白癜风研究小组采取候选基因研究策略,对1p31(AIS1)易感区域内的9个候选基因进行了检测,结果发现FOXD3基因启动子区域的-639G/T与家族型白癜风相关;2007年,通过对17p13(SLEV1)位点的精细定位和基于SNP的相关性研究发现,17p13区域内存在与白癜风及/或其他自身免疫性疾病密切相关的易感基因NALP1,由于研究对象50%以上白癜风患者伴发其他自身免疫性疾病,影响严重,该重大发现以长篇论著发表在医学领域最权威的《New England Journal of Medicine》(IF: 44.016/2005),从另一侧面说明白癜风的自身免疫学基础。 2004年,本课题组对106个中国汉族人白癜风家系进行了全基因组扫描,在4q13-q21区域获得最强连锁信号(NPL =4.62, p=0.000003),被OMIM收录并命名为AIS4 (#609400);另外,发现5个提示性连锁信号,分别为22q12(NPL=3.49,p=0.0003)、6p21-p22(NPL=3.16,p=0.00092)、6q24-q25(NPL=2.98,p=0.0016)、1p36(NPL=2.37,p=0.0093)、14q12-q13(NPL =1.4,p=0.077)。 〖研究目的〗 借鉴从AIS1和SLEV1易感位点内发现易感基因的定位候选策略及成功经验,本课题拟对中国汉族人白癜风肯定连锁位点AIS4进行大规模高通量相关研究,搜寻候选基因(该重大课题正在进行中,本文不作阐述);同时,对5个提示性连锁位点进行精细定位,进一步明确这些提示连锁位点是否真正蕴藏着白癜风的易感基因,同时缩小易感区域(本文的研究内容)。 〖研究材料和方法〗 用覆盖5个提示易感位点的40个微卫星标记,对143个白癜风家系共736个体(包括369名患者和367名无白癜风表型者)进行基因组扫描研究。以Merlin软件进行基因分型校订,以GENEHUNTER软件(2.0 Version)对基因分型结果进行参数和非参数连锁分析。 〖精细定位研究结果〗 1.肯定连锁位点: (1) 22q12:前期研究发现D22S280-D22S283区域存在提示连锁信号(NPL=1.75,p = 0.039),对该区域(D22S280-D22S283)及其邻近范围共增加5个微卫星标记以尽可能覆盖连锁区间,所有微卫星位点平均信息量达到79%( D22S1167-D22S1163-D22S1150-D22S280-D22S1265-D22S283-D22S272),平均遗传距离为2.7cM。通过对全扫时使用的106个家系、共7个微卫星标记进行基因分型,整合先前全扫分析的数据一起进行分析,多点非参数连锁分析揭示在D22S1167-D22S1150位点处获得最大的NPL值为3.49(p=0.0003),在显性遗传模式下,在同样位置获得最大的HLOD值2.28和较高的连锁家系比例(α=35%),较全扫时106个家系仅对D22S280和D22S283的分析结果有明显提高,表明前期研究微卫星标记的密度不够;结合新增37个家系数据,对143个家系进行基因分型后统计分析,多点非参数连锁分析揭示在D22S1167-D22S283位点处获得最大的NPL值4.14(p=0.000015);多点参数连锁分析在隐性遗传模式下,在相同位置获得最大的HLOD值为3.26 (α= 37.3% ) ,遗传距离跨越在22q22.1-22q22.3(0-7.59cM)区域内的7.6cM; (2) 6p21-p22:前期6p21-p22区域研究所用标记密度很高,针对上述12个微卫星标记,本次研究在新增加的37个家系中进行基因分型,结合全扫时106个家系数据进行连锁分析。143个家系两点连锁分析揭示在D6S289位点处获得最大的NPL值为2.9(p =0.0016);且在相同的位点在显性遗传模式下、外显率为99%时获得最大的HLOD值为3.54(α=49.4%);多点连锁分析揭示在D6S289-D6S1584位点处获得最大的NPL值为4.1(p =0.000018);且在相同参数设置获得最大的HLOD值为3.73(α=42.3%)。两点和多点参数和非参数连锁分析结果均明显提高,达到肯定连锁标准; 2.否定连锁位点14q12-q13:在14q12-q21区域内,通过在D14S70附近增加3个微卫星标记,对143个家系进行基因分型,两点、多点的参数和非参数连锁分析均未提供连锁信息,因此,可以排除该位点与白癜风的连锁关系,前期结果可能为假阳性结果; 3.提示连锁位点: (1) 6q24-q25:对累积的143个家系进行了两点、多点参数和非参数连锁分析,均比106个家系全基因扫描时的结果明显提高。HLOD值最高为1.95(α=17.1%);NPL最高为3.33,对应p值为0.00038。以上结果提示该区域与白癜风发病提示性连锁的易感基因位点; (2) 1p36:对全扫时提示连锁区域D1S2734-D1S234区域及其附近共6个微卫星标记进行两点、多点的参数和非参数连锁分析,结果发现:多点连锁分析最高NPL值为2.59(p=0.004)和HLOD值0.78(α=10%),两点和多点参数和非参数连锁分析结果均较全扫时有所升高,支持1p36提示连锁; 〖结论〗 1. 22q12和6p21-p22证实为肯定连锁位点,可能存在白癜风的易感基因; 2. 6q24-q25和1p36提示连锁信号进一步增强,但仍未达到肯定连锁标准; 3.否定14q12-q13为白癜风易感基因所在位点。中国汉族人白癜风遗传因素复杂,存在多个易感基因位点。