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不同年份对虾白斑综合症病毒基因组差异的芯片分析

吴常嵩  
【摘要】: 对虾白斑综合症病毒(White spot syndrome virus, WSSV)是对虾养殖业最主要的病原,它产生的病害给全世界对虾养殖业造成了很大的经济损失。该病毒具有广泛的宿主,包括许多甲壳类动物,并且能感染宿主的大部分组织,给病毒的防治研究带来困难。对WSSV进行全面并具有针对性的研究是解决病害的关键。在进行病毒功能基因组研究过程中,已经有文章报道大片段的基因缺失导致了该病毒毒力的减弱。基于WSSV以上的特点,我们收集了1996年、1998年、2000年和2002年的病毒样品,结合DNA芯片技术,开展了WSSV全基因组的图谱分析比较,试图研究近年来WSSV基因组的变化规律,为病毒变异的深入分析打下基础。 本文以生物素和地高辛标记的Microarray技术对WSSV近年来的转录表达规律进行研究分析。根据全基因组序列,设计了190对引物覆盖绝大多数可预测的开放读框(ORF),扩增相应的WSSV基因片段,用点样仪在尼龙膜上进行点样,制备成为DNA芯片。将1996年、1998年、2000年和2002年收集的感染对虾分别提取病毒悬液用以感染健康的螯虾。提取这4种病毒株的mRNA和总DNA分别用生物素和地高辛标记后与DNA芯片杂交。实验表明绝大多数可预测的WSSV ORF在感染的螯虾体内进行了转录表达。1996年病毒株有着全长基因组DNA,1998年和2000年病毒株缺失了wsv493和wsv495,2002年病毒株另外缺失了wsv479、wsv482、wsv489。分别运用RT-PCR和PCR验证了两组DNA芯片杂交结果的可靠性,证实了WSSV大陆株存在一个不稳定的区域,并以缺失的方式随着时间进行遗传变异。


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