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应用线粒体序列对几种海参的初步鉴定和系统分类的研究

单懿  
【摘要】:海参在分类上属于棘皮动物门中现存的六个纲之一的海参纲。全球大约有1200多种海参分别隶属于海参纲的六个目中。海参纲根据海参的形态特征如:触手的形状、管足和呼吸树的有无分为6个目。而在科的水平上,其分类的主要依据是埋没于外皮之下的微小的石灰质骨片,其中海参咽部的钙质骨板(石灰环)的形态在海参分类上很重要。在种的水平上,其形态上的差别较小,对海参进行种的水平上的区分没有非常精确有效的方法。对于已被加工过的干参则更缺乏科学的鉴定方法,需要寻找一种简便准确的方法对加工后的海参进行鉴定。 由于干海参经过一系列复杂的处理过程后,其基因组DNA已被降解掉,所以用其他基于基因组的分子标记方法无法进行鉴定。而由于动物线粒体基因组在遗传上具有自主性,每个细胞中有1,000~1,0000个拷贝,基因组的结构比较简单、稳定,便于进行结果分析。且个体内的线粒体DNA具有高度的均一性,一般无组织特异性,则本实验采用线粒体序列分析的方法对海参进行鉴定。 采用聚合酶链式反应(PCR)对大连海参,青岛海参,日本关东参,日本关西参,俄罗斯红参,白乳参,小梅花参,靴参,乌枣参,西洋海参样本的线粒体蛋白质的编码基因(细胞色素氧化酶COI)进行了扩增,电泳检测在650bp左右都得到了清晰的扩增产物条带。PCR产物纯化后与T载体连接,进行了克隆、测序。分别得到了长度分布在620—660之间(不含引物)的碱基序列,10个种类海参的COI片段的碱基组成差别都不大,GC含量分布在41.4%-45.3%之间。利用MEGA软件检测到以大连海参1号(DL1)样品为参照数据,所有个体在652bp长度的片段中共检测到发生替换的变异位点为163个(不包括插入/缺失多态位点179个)。16种单倍型间的遗传距离差距不大,梅花参与其他海参的遗传


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