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七种/株原甲藻的核糖体18S、28S、5.8S、ITS1和ITS2基因和区域的克隆与变异分析

王波  
【摘要】:本研究对七种/株原甲藻核糖体RNA基因(rDNA,包括18S rDNA、5.8S rDNA及28S rDNA的5’部分序列)及其ITS序列区进行扩增、克隆和测序。将序列信息与从GenBank上下载的一些相关序列一起构建原甲藻属的系统树,并将所得各序列进行种株间遗传差异的比对,以期找出种间变异较大而种内保守的序列区域,用于设计属下种间特异性的分子探针。 在18S rDNA序列区段,将本研究的7个序列与GenBank上已有的一些相关序列构建系统树,结果发现原甲藻属可大致分为营浮游及浮游-底栖生活的和营底栖生活的两大类群。17株原甲藻的1767个位点中有315个是变异位点,属内各种株间序列遗传距离最大为0.113,平均为0.049。本研究所测的七株浮游原甲藻的序列差异较小,但在一些区域也出现了种特异性的区段,可以设计探针用于对原甲藻的检测。 由28S rDNA 5’端部分序列构建的系统树中,可以明显看出大部分同种的不同株系首先聚合,再和其他种相连;在此序列区域明显存在着保守区与高变异区,在高变区域,种内序列高度保守,而种间差异却很大,非常适合种特异性探针的设计。 在ITS1-5.8S-ITS2区中,虽然同种不同株系间会出现少量的碱基变异,但由于ITS1区及ITS2区的种问变异较大,仍不失为一个DNA探针设计的良好区域。 综合七种/株原甲藻在几个序列区段间的变异发现其28S rDNA5’端区、ITS1-5.8S-ITS2区及其子序列ITS1、ITS2、ITS1+ITS2区的种/株间平均变异速度为18S rDNA区的十几倍到几十倍;28S rDNA5’端部分序列区及ITS区的变异速度比较适合原甲藻属内系统学分析。 对近年来在我国东海引发赤潮的原因种原甲藻(Prorocentrum sp)进行的研究表明,其与P. dentatum(CCMP1517)的18S rDNA序列完全相同,在ITS1-5.8S-ITS2区及28S rDNA5’部分序列区仅各有一个碱基的差异,显示出了高度相似性;从序列的比较我们初步认为它们可能是同一种,当然其是否为同种还需分类学家进一


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