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不同地理种群黑线仓鼠FSHβ部分序列克隆与SNP分析

靳鹏  
【摘要】: 鼠类作为一个特殊的功能群,在生态系统的维持和生态平衡上起着重要的作用。但是当其密度过高时,会对人类的生产和生活造成极大的危害。黑线仓鼠在我国分布广泛,是北方地区的主要农田害鼠之一。由于对农作物危害特别大,因此开展对黑线仓鼠的综合防治工作已经引起人们越来越多的关注。 促卵泡素,亦称卵泡刺激素(follicle stimulating hormone,FSH)是由动物垂体前叶嗜碱性细胞合成和分泌的一种糖蛋白激素,具有促进动物性成熟和保持周期性繁殖的能力。本研究以山东省沂南县、临朐县和曲阜市三个黑线仓鼠地理种群为研究对象,从中各随机选取91个个体为实验用动物,根据GenBank数据库中黑线仓鼠(Cricetulus barabensis)同源物种的FSHβ基因设计引物,利用PCR法对FSHβ基因进行扩增和序列测定,克隆出该基因序列2646 bp,随后又在沂南、临朐和曲阜三个地理种群中发现33个SNPs位点,2个插入/缺失位点,共定义了49种单倍型,GenBank上注册序列号为:HM063428、HM099995-HM100042。实验获得的黑线仓鼠FSHβ基因mRNA序列与其它20个物种的相应序列进行比对,在核苷酸水平(78%~100%)和氨基酸水平(75%~100%)上有较高同源性。用DnaSP5软件分别计算三个地理种群黑线仓鼠FSHβ基因的单倍型数目(H)、单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(π)、多态位点数(S)、基于分离位点数目的多样性(θW)和平均核苷酸差异数(K),发现遗传多样性水平具有沂南种群曲阜种群临朐种群的特点。三个地理种群的基因流(Nm)、遗传分化系数(Fst)和种群间的核苷酸歧异度(Dxy)显示沂南、临朐和曲阜三个地理种群黑线仓鼠FSHp基因具有一定遗传分化,但不显著;种群间基因分化系数(Gst)显示有98.5%~99.4%的遗传变异存在于种群内部。用MEGA4.0软件对三个地理种群黑线仓鼠做ME系统进化分析,发现91个个体没有依照地理种群的差异分开,也说明三个地理种群黑线仓鼠遗传分化不明显。本研究发现山东地区黑线仓鼠FSHβ基因存在丰富的核苷酸多样性和单倍型多样性。


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