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茶尺蠖小RNA病毒基因组结构分析

王小纯  
【摘要】:茶尺蠖是危害茶叶生产的主要害虫,本研究室于2000年首次从NPV感染致死的茶尺蠖幼虫中发现了直径为26nm的球状病毒。采用差异离心和蔗糖密度梯度离心法,首次从NPV感染致死的茶尺蠖幼虫中分离纯化了一株小RNA病毒。将病毒液涂在新鲜茶叶上饲喂茶尺蠖幼虫,幼虫在第三天开始出现症状:厌食、停止活动并开始萎缩,大约五天内死亡。从虫尸中分离到形状与大小相同的病毒,我们称之为茶尺蠖小RNA病毒(Evtropis oblique picorna-like virus,EoPV)。 透射电镜观察纯化的EoPV病毒粒子为无囊膜、无表面特征、直径约26nm的球状颗粒。16%的SDS-PAGE电泳显示它有两个分子量分别为31.5和28.8kD的衣壳蛋白,后者的含量是前者的2.5倍。基因组是ssRNA,长大约9,400nt。 为了进一步确定EoPV在病毒分类中的地位,采用引物延伸、RT—PCR和5′RACE技术,建立了一系列EoPV末端重叠的克隆,测定了基因组核苷酸序列。除polyA外,EoPV基因组全长9394nt(GeneBank No.AY365024)。A和T含量丰富,占55.46%。符合小RNA病毒的特点。EoPV基因组含一个大的开放阅读框,编码2987个氨基酸,从391nt开始,在9351nt处结束于密码子UAA。 通过对EoPV的5′端非编码区的核苷酸序列进行分析,发现EoPV具有哺乳动物小RNA病毒的5′端非编码区的一些特征:A/T含量丰富、起始密码子上游AUG和小顺反子多的特点。利用mfold预测了EoPV 5′端非编码区的二级结构,存在4个茎环结构,有哺乳动物小RNA病毒内部核糖体进入位点(IRES)的保守区域,即含保守基序GNRA的茎环A和A/C丰富的环B及多聚嘧啶区域。据此推测EoPV基因组翻译采用IRES起始机制。与登陆GeneBank的14株昆虫小RNA病毒及哺乳动物小RNA病毒的非编码区比较表明:EoPV的5′UTR比昆虫小RNA病毒和哺乳动物小RNA病毒的短。3′UTR与哺乳动物小RNA病毒相似,较短,没有加尾信号。 EoPV基因组含一个大的开放阅读框nt391-9351,编码含2987个氨基酸的多肽。与其它病毒蛋白的序列比对分析发现在基因组3′部分含有小RNA病毒的RNA解旋酶、蛋白酶和依赖于RNA的RNA复制酶的保守序列,依次沿5′到3′方向排列。所有


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