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猪微卫星标记与杂种优势的关联分析和QTL定位

张敬虎  
【摘要】:猪数量性状和杂种优势的遗传基础,一般认为存在主效基因的作用,也存在大量微效基因的作用,但是对相关问题的认识还很不清楚。利用猪基因组学的发展产生的高密度连锁图谱和分子标记技术,剖析分子标记与性状或杂种优势的关系,对于猪杂种优势利用和标记辅助育种,有很重要的意义。 本研究猪群包括两个组成部分:第一部分包括英系大白猪(Y,n=35)、丹麦长白猪(L,n=46)、梅山猪(M,n=55)、大长(YL,n=32)和长大(LY,n=36)F1代、大梅(YM,n=82)和梅大(MY,n=47)F1代,用于探讨分子标记与杂种优势或性状间的关系;第二部分是由3代参考家系构成,来自3头英系大白公猪和8头梅山母猪,从杂交F1代中随机选取5公21母,作为父母代,繁育组成180头F2代猪群,用作QTL定位。上述猪群在统一条件下饲养,90公斤左右适时屠宰,记录生长和胴体性状值。本研究从猪第4、6、7、8和13条染色体上,以平均20-30cM的间距选取39个微卫星标记,对上述所有猪群个体样本的DNA扩增,经电泳银染读取基因型数据。 对性状和基因型数据作以下分析处理:①猪性状和杂种优势的描述统计分析(SAS软件);②基因型数据的群体遗传多样性分析(MSA、DISPAN、FSTAT软件);③连锁图谱构建(CRIMAP软件);④标记位点与性状或杂种优势间的单标记ANOVA分析(SAS软件);⑤个体杂合度与杂种优势的相关分析(SAS软件);⑥单位点模型QTL定位;⑦两位点模型QTL定位;⑧印迹效应对QTL定位的影响分析。得到以下结果。 1.对10个性状杂种优势分析表现如下特点:①同质组合(YL+LY)中,大多数表现为有利杂种优势,异质组合(YM+MY)中多数性状表现为不利杂种优势;②同质组合除少数性状存在母本效应或父本效应外,多数性状没有明显的亲本效应,异质组合母本效应对杂种优势的影响比较明显。 2.遗传多样性分析结果表明,平均等位基因数在F1代和纯繁后代7个群体是4.13,在F2群体是3.2;观察杂合度(Ho)和多态信息含量(PIC),在F1代和纯繁后代7个群体的平均值分别为0.50和0.43;在F2群体分别是0.50和0.45;标记位点的平均有信息减数分裂数在F2群体中是217.4;有14个位点在F2群体中是连锁不平衡的,占总标记位点数的35.9%。 3.两性平均连锁图谱全长、标记位点间平均间隔和母畜公畜图谱长度比分别为:SSC4,172.3cM、24.61cM和1.08;SSC6,168.7cM、24.1cM和1.17;SSC7,191.7cM、27.39cM和0.89;SSC8,197.3cM、28.19cM和0.97;SSC13,178.3cM、29.72cM和0.84;SSC4和SSC6的母畜图谱长于公畜,另外3条染色体的母畜图谱短于公畜。5条染色体的图谱,与USDA-MARC所公布的连锁图谱相比,标记顺序一致,但比参考图谱的遗传距离大。


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