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蛋白质亚细胞定位的序列编码及预测方法研究

张丽  
【摘要】: 人类基因组计划的顺利实施,为实现人类全体基因序列的确定奠定了基础,但是要想了解各种生命活动是如何完成的,必然要研究生命活动的执行体—蛋白质这一重要环节。另有生物学研究表明,蛋白质亚细胞定位与蛋白质功能是密切相关的,蛋白质亚细胞定位信息可以为蛋白质功能的研究提供有用的线索。因此为了进一步了解蛋白质的功能,识别蛋白质的亚细胞定位成为了蛋白质组学的一个重要研究方向。 本文主要围绕蛋白质亚细胞定位预测这一主题,针对蛋白质序列的编码方法及分类预测算法等问题进行了深入研究,主要工作包括: 1.本文提出了一种新的蛋白质序列编码方法,该方法根据氨基酸的物理化学性质将其分为六类,并为了获得各类氨基酸在蛋白质序列中的局部位置分布信息,而引入了平均分段的思想。然后采用支持向量机作为预测方法,在三个不同的凋亡蛋白数据集上进行测试,由实验结果可知,此方法获得了较好的预测效果。 2.本文提出了一种基于疏水氨基酸及其他类氨基酸在蛋白质序列中的位置分布信息的伪氨基酸组成方法,然后基于蛋白质序列特征信息的多样性和差异性,构建了由多个支持向量机相组合的集成分类器。文中构建的集成分类器对多种不同的蛋白质序列特征信息进行组合,使得单个分类器的不确定性有所降低。将该方法分别在原核序列和真核序列数据集上进行测试,获得了较高的预测准确率,与其他方法相比,也具有明显的优势。


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