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生物信息学技术克隆鳜鱼rRNA基因家族的研究

邓菲  
【摘要】:本研究采用亲缘生物法的生物信息学技术,获得鲀鱼rRNA重复基因家族全序列,根据该序列设计3对引物(P1/P2、P3/P4和P5/P6),以鳜鱼基因组DNA为模板,进行PCR扩增,将扩增产物克隆到pUCm-T质粒,测序。结果表明:鳜鱼的3个rRNA基因克隆片段的核苷酸序列全长分别为3,321bp、2,873bp和1,502bp,将3个鳜鱼rRNA基因片段拼接成整个rRNA重复基因家族,序列全长为7,139bp,其中18S、ITS1、5.8S、ITS2和28S基因的大小分别为1,837bp、745bp、158bp、434bp和3,073bp。序列已提交给美国NCBI的GenBank,接受登记编号分别为AY452489、AY452490、AY452491、AY452492、AY452493、AY452494、AY452495。同时,将鳜鱼rRNA重复基因家族序列与人、挪威鼠、鲀鱼、罗非鱼、镜鲤和虹鳟之间的序列分别进行同源性与进化关系分析,发现18S、5.8S、28S、ITS1和ITS2的同源性分别在91.2 98.6%、95.0 100%、87.2 92.8%、4.9 62.9%和11.9 64.0%之间;并获得了它们之间的进化关系树。本试验为建立一套适应于鳜鱼的多位点基因打靶技术获得了关键性材料。


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