收藏本站
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

鼻咽癌关键microRNA的鉴定及其与mRNA调控途径的生物信息学分析

刘欢  
【摘要】:目的:利用基因芯片技术和生物信息学分析方法,鉴定鼻咽癌(Nasopharyngeal Carcinoma,NPC)发病相关的关键microRNAs(miRNAs)及其miRNA-mRNA调控网络,探讨miRNA在NPC中的分子调控机制。方法:1)从基因表达综合数据库(GEO)中搜索并下载与鼻咽癌相关的miRNA和mRNA表达谱数据。应用“limma”R包筛选NPC和正常组织中差异表达的miRNAs(DEMs)和差异表达的mRNAs(DEGs)。2)通过“Venny”R软件包将各个miRNA数据集中的差异miRNAs相互重叠,任意两个数据集的共同DEMs被视为关键miRNAs。3)通过多个靶基因预测网站预测关键miRNAs调控的靶基因。4)通过“Venny”R软件包找出靶基因与DEGs的交集,这些基因被定义为交集基因。5)通过在线网站DAVID及R软件对交集基因进行基因本体论(GO)分析和通路富集(KEGG)分析。6)使用STRING数据库构建交集基因的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并使用Cytoscape软件将PPI网络可视化。7)利用Cytoscape软件构建了miRNA-mRNA调控网络。8)利用R软件分析计算关键miRNA对鼻咽癌患者生存的影响。结果:1)通过筛选标准,从GEO数据库中下载了miRNA表达微阵列数据集GSE70970、GSE32960、GSE43039,其中总共包含578例鼻咽癌组织样本和55例鼻咽正常组织样本。下载了mRNA表达微阵列数据GSE53819,其中含18例鼻咽癌组织样本和18例鼻咽正常组织样本。2)GSE70970数据集中鉴定出DEMs 142个,其中上调127个,下调15个;GSE32960鉴定出DEMs 80个,其中上调32个,下调48个;GSE43039鉴定出DEMs 95个,其中上调40个,下调55个。GSE53819数据集中鉴定出DEGs 4507个,其中上调2011个,下调2496个。3)通过韦恩图取交集,在三个miRNA数据集中共鉴定出16个关键miRNAs,其中上调4个,下调12个。4)通过多个靶基因预测网站,找到了16个关键miRNA靶向737个蛋白质编码基因,将这些靶基因与DEGs重叠,得到160个交集基因。5)GO分析表明上调交集基因主要集中在细胞外基质组织、细胞外结构组织、胶原三聚体复合物、细胞外基质成分、胶原分解代谢过程(p0.05);下调交集的基因主要集中在伤口愈合的积极调节、积极响应伤势、伤口愈合的调节、调节对受伤的反应、I-kappaB激酶/NF-kappaB信号的正调控(p0.05)。KEGG通路分析表明,上调的交集基因与几种通路高度相关,包括PI3K-Akt信号通路、ECM-受体相互作用、蛋白质消化吸收、人乳头瘤病毒感染、小细胞肺癌(p0.05),而下调交集基因主要集中在轴突指导、II型糖尿病通路(p0.05)。6)根据交集基因的PPI网络,确定了2个中心基因:MYC和VEGFA。7)对关键miRNAs行生存分析表明,hsa-miR-29c低表达组较高表达组无远处转移生存期(DMFS)明显下降(p=0.00036),而hsa-miR-93高表达组较低表达组无远处转DMFS明显下降(p=0.00048)。结论:通过生物信息学分析确定了NPC和正常组织之间的16个关键miRNA,它们可能参与鼻咽癌的发病调控机制。其中hsa-miR-29c、hsa-miR-93与鼻咽癌预后明显相关。这些发现增进了我们对鼻咽癌的发病机理以及潜在分子机制的了解,但关键miRNA作为鼻咽癌的潜在肿瘤标志物有待进一步实验验证。


知网文化
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前15条
1 王蕾;欧阳玲;;子宫内膜异位症相关基因和microRNA的挖掘及生物信息学分析[J];中国医药导报;2017年10期
2 潘运宝;夏洪平;杨惠玲;黄红中;王涛;陈泽雄;吴珏珩;;复方小柴胡汤调控microRNA抑制鼻咽癌细胞增殖[J];分子诊断与治疗杂志;2010年05期
3 陈章乾;金杨晟;吴庆;郑龙庆;樊代明;;胃癌多药耐药相关microRNA的筛选和鉴定[J];现代生物医学进展;2014年17期
4 沈露俊;李博斐;洪少东;李长川;;microRNA与鼻咽癌[J];中国医学创新;2011年29期
5 张秀芝;李宁宁;刘晓丽;亢春彦;张进忠;;酒精性肝炎microRNA-mRNA差异表达网络的生物信息学分析[J];临床肝胆病杂志;2019年03期
6 段铭铭;;未破裂颅内动脉瘤患者外周血中microRNA-126表达情况及其生物信息学分析[J];现代中西医结合杂志;2019年31期
7 朱雨捷;朱湘玉;顾雷雷;张颖;倪梦瑶;李洁;;法洛四联症microRNA差异表达谱与临床胎儿基因芯片结果的功能及通路分析[J];中国优生与遗传杂志;2019年11期
8 李曼;王永平;陈始明;陈晨;戴梦源;;鼻咽癌中microRNA的研究进展[J];医学研究杂志;2016年09期
9 魏明辉;孙焕吉;陈敏;孟庆国;聂国辉;;鼻咽癌特征性microRNA表达谱分析[J];临床和实验医学杂志;2013年12期
10 刘三立;蔡未;刘子泉;侯世科;樊毫军;丁辉;;高原肺水肿大鼠肺组织差异表达microRNA的筛选、生物学功能分析及验证[J];山东医药;2020年06期
11 吴昆旻;李泽卿;马莉;陈伟;安静娟;沈洁;杨祁;朱春晖;胡陟;;变应性鼻炎继发哮喘患者血浆microRNA表达谱的改变[J];中国耳鼻咽喉颅底外科杂志;2017年01期
12 宋宇鹏;杨庆华;林琳;蒋海越;张玲;潘博;何乐人;赵延勇;;先天性小耳畸形microRNA及mRNA表达谱的变化及关键靶基因的筛选[J];医学研究杂志;2017年06期
13 刘思延;赵鑫龙;李红强;张英媛;许朋展;;癌症相关microRNA与靶基因的生物信息学分析[J];世界最新医学信息文摘;2015年A5期
14 崔磊;邹争志;刘洪波;郭明江;徐晓南;;鼻咽癌放疗抵抗相关microRNA差异表达谱的建立[J];吉林医学;2016年06期
15 钟勇;裴颖皓;王俊;宫剑滨;江时森;;血清microRNA对心肌桥的诊断价值[J];中国动脉硬化杂志;2013年07期
中国重要会议论文全文数据库 前20条
1 周建大;谭建湘;罗成群;贺全勇;;原发性皮肤黑色素瘤的microRNA基因芯片研究[A];美丽人生 和谐世界——中华医学会第七次全国医学美学与美容学术年会、中华医学会医学美学与美容学分会20周年庆典暨第三届两岸四地美容医学学术论坛论文汇编[C];2010年
2 王博;叶星;田园园;孙成飞;董浚键;;深度测序鉴定翘嘴鳜生长相关microRNA转录组[A];2015年中国水产学会学术年会论文摘要集[C];2015年
3 李文卉;张念章;曲自刚;杨洋;李婷婷;李立;闫鸿斌;贾万忠;付宝权;;多头带绦虫脑多头蚴microRNA测序鉴定[A];中国动物学会寄生虫学专业委员会第十届全国寄生虫学青年工作者学术研讨会论文摘要集[C];2016年
4 张录录;周江;徐明;袁谷;;hsa-miR-1587与蛋白相互作用及其对CASK抑制研究[A];中国化学会第二十届全国有机分析及生物分析学术研讨会论文摘要集[C];2019年
5 谭阳春;刘文阁;倪军;许肖枫;吴泽功;仇晓飞;林汉亮;马力克·艾则孜;罗毅;马站;罗金;任巧云;殷宏;罗建勋;刘光远;;蜱虫microRNA研究进展[A];中国畜牧兽医学会兽医寄生虫学分会第一届青年科学家学术论坛摘要集[C];2019年
6 穆茂媛;李滢;杨方万;肖娟娟;柳启传;林世德;;microRNA-122在乙型肝炎病毒感染及相关疾病中的研究进展[A];贵州省中西医结合学会肝病专业委员会2015年学术成果集[C];2015年
7 聂莉;赵友波;赵丹;龙云;刘敏;雷毅;王翊丞;张雪芹;张金虎;岳利民;;孕激素诱导microRNA调控子宫内膜上皮功能活动的作用研究[A];2019中国生理学会学术年会暨张锡钧基金第十五届全国青年优秀生理学学术论文交流会及第十三届全国青年生理学工作者学术会议论文摘要[C];2019年
8 聂莉;赵友波;赵丹;龙云;刘敏;雷毅;王翊丞;张雪芹;张金虎;岳利民;;孕激素诱导microRNA调控子宫内膜上皮功能活动的作用研究[A];中国生理学会张锡钧基金第十五届全国青年优秀生理学学术论文综合摘要;中国生理学会第十三届全国青年生理学工作者学术会议论文摘要[C];2019年
9 万亭君;刘西洋;苏悦;邹嘉曦;曹春辉;冯全生;;HIV/AIDS中医脾肾阳虚证microRNA差异表达研究[A];中华中医药学会防治艾滋病分会2019年学术年会论文集[C];2019年
10 qiu,moqin;Yu,Hongping;Zhou,Zihan;Liu,Yingchun;Jiang,Yanji;Lin,Qiuling;Zhou,Xianguo;Huo,Rongrui;Liang,Xiumei;Chen,Zhu;Yu,Xiangyuan;;Association between polymorphism in microRNA target sites of DDB2 and risk of hepatocellular carcinoma in a southern Chinese population[A];2019年中国肿瘤标志物学术大会暨第十三届肿瘤标志物青年科学家论坛论文集[C];2019年
11 Yanan Zhao;Yujuan Xu;Caifeng Ding;;An electrochemical biosensor for the detection of microRNA based on Cds quantum dot and DNA enzyme[A];2017年中国肿瘤标志物学术大会暨第十一届肿瘤标志物青年科学家论坛论文汇编[C];2017年
12 Li-Li Zhou;Yong Shen;Ping Sun;Jia-He Sheng;;Tumor Markers with MicroRNA-466 for Cervical Cancer Screening[A];2017年中国肿瘤标志物学术大会暨第十一届肿瘤标志物青年科学家论坛论文汇编[C];2017年
13 Xiu-Xiu Hu;Bang-Shun He;Hui-Ling Sun;Tao Xu;Shu-Kui Wang;Yu-Qin Pan;;microRNA-485-5p Functions as a Tumor Suppressor in Colorectal Cancer Cells by Targeting CD147[A];2017年中国肿瘤标志物学术大会暨第十一届肿瘤标志物青年科学家论坛论文汇编[C];2017年
14 黎天东;叶华;王鹏;张建营;宋春花;代丽萍;王凯娟;史健翔;;Evaluating the Prognostic Value of microRNA-21 in Pancreatic Cancer Based on a Meta-Analysis and the Cancer Genome Atlas(TCGA) Datasets[A];2018年中国肿瘤标志物学术大会暨第十二届肿瘤标志物青年科学家论坛论文集[C];2018年
15 杨丽;刘金慧;;外周血microRNA-204在2型糖尿病患者中的表达分析[A];中国医药教育协会神经外科专业委员会第二届学术年会论文集[C];2018年
16 王冰;曹俊涛;刘彦明;;基于CdS:Mn-AuNPs的能量转移构建了一个灵敏检测microRNA的光电化学生物传感器[A];第十三届全国电分析化学学术会议会议论文摘要集[C];2017年
17 Qin Pan;Qijing Lei;Wuzi Dong;Jinlian Hua;;Deficiency of microRNA miR-29a affects mouse spermatogenesis[A];中国生理学会生殖科学专业委员会—中国动物学会生殖生物学分会第二次联合学术年会暨“生殖科学专业委员会第二次学术交流会”和“生殖生物学分会第十六次学术年会”论文集[C];2017年
18 王云凤;路璐;任静静;石瑛;;MicroRNA在乳腺癌治疗耐药中的作用[A];第十一届全国免疫学学术大会摘要汇编[C];2016年
19 李金波;尚潇;张艳;;microRNA纳米复合物用于microRNA靶向运输[A];中国化学会第30届学术年会摘要集-第二十八分会:化学生物学[C];2016年
20 董磊;苏瑞;余佳;;构建一个microRNA表达与癌症相关的数据库[A];第四届泛环渤海生物化学与分子生物学会学术交流会论文集[C];2013年
中国博士学位论文全文数据库 前20条
1 徐夏;鼻咽癌血浆microRNA分子标志物的筛选及意义[D];南方医科大学;2014年
2 王冰清;小鼠激素性股骨头坏死导致骨髓间充质干细胞microRNA变化的研究[D];北京协和医学院;2013年
3 张凯;乳头溢液及血液中乳腺癌相关MicroRNA筛选验证及其功能预测的研究[D];山东大学;2017年
4 王斌;乳腺癌淋巴结转移及病理学相关性microRNA表达谱的建立与验证[D];吉林大学;2015年
5 蔡优;全转录组综合分析揭示缺血性脑卒中后不同阶段microRNA标志物变化谱[D];华中科技大学;2019年
6 何冉;疥螨与宿主的转录组和microRNA差异表达分析以及四个疥螨基因的功能初步探究[D];四川农业大学;2019年
7 ;[D];;年
8 ;[D];;年
9 ;[D];;年
10 ;[D];;年
11 ;[D];;年
12 ;[D];;年
13 ;[D];;年
14 孙琦;中枢神经系统microRNA的作用机制和功能研究[D];南京大学;2013年
15 欧阳辉武;RNA结合蛋白EWS广泛参与调控哺乳动物MicroRNA的产生[D];武汉大学;2017年
16 凌琳;家蚕发育相关microRNA let-7和miR-2的功能研究[D];西北工业大学;2017年
17 张锦花;microRNA-361调控肝脏糖脂代谢的机制研究[D];华侨大学;2017年
18 刘俊莹;甜菜坏死黄脉病毒侵染本生烟和大果甜菜的microRNA组群及致病机理研究[D];中国农业大学;2018年
19 张铭健;microRNA-29对器官移植排斥反应的调控作用及其机制研究[D];中国人民解放军海军军医大学;2018年
20 杨晋;OPC移植治疗脊髓损伤中microRNA表达谱分析及miR-363的功能研究[D];昆明医科大学;2018年
中国硕士学位论文全文数据库 前20条
1 刘欢;鼻咽癌关键microRNA的鉴定及其与mRNA调控途径的生物信息学分析[D];南华大学;2020年
2 孙占东;microRNA生物标志物的数据库构建及生物信息学分析[D];苏州大学;2015年
3 李晋虎;多发和单发胶质瘤石蜡包埋组织microRNA检测及临床意义的初步探讨[D];山西医科大学;2014年
4 刘晚霞;慢性乙型病毒性肝炎肝郁脾虚证和脾胃湿热证差异microRNA表达的相关性研究[D];成都中医药大学;2015年
5 李婷;MicroRNA在鼻咽癌中的表达研究[D];复旦大学;2010年
6 陈启;血小板微泡介导microRNA对内皮细胞的作用和机制研究[D];第二军医大学;2015年
7 李明钰;microRNA-409-3p在急性髓系白血病中的表达及临床意义[D];青岛大学;2020年
8 王旭;文冠果性别分化关键期microRNA及矿质营养研究[D];北京林业大学;2020年
9 何晨晨;基于microRNA及转录组测序筛选新疆野苹果幼苗响应NaCl胁迫相关基因[D];石河子大学;2020年
10 方建胜;杂交鳢抗病microRNA发掘及罗非鱼微生态无抗养殖体系构建[D];华南农业大学;2018年
11 谭旭恺;维生素E对罗非鱼microRNA表达谱的影响及miR-155功能初步研究[D];华南农业大学;2017年
12 魏小童;基于纳米材料和等温扩增技术的microRNA表面等离子共振成像分析[D];重庆医科大学;2019年
13 邵玮珊;药用植物microRNA数据库构建[D];杭州师范大学;2019年
14 王晓丽;CaCl_2对NaCl胁迫下酸枣幼苗氮代谢及microRNA表达的影响[D];石河子大学;2019年
15 徐梦飞;细粒棘球绦虫原头蚴感染BMDC后microRNA差异表达分析及功能初步研究[D];石河子大学;2019年
16 孙泽宁;高通量RT-qPCR循环microRNA数据分析算法的构建与分析[D];华北理工大学;2019年
17 唐伟萍;噬血细胞性淋巴组织细胞增生症患者血浆microRNA的表达及其意义[D];南昌大学;2019年
18 马英英;IGF-1调控的microRNA-133b在低切应力诱导血管平滑肌细胞增殖中的作用[D];上海交通大学;2016年
19 杨星星;新型无创量化指标在脂肪肝诊断评估中的应用研究[D];电子科技大学;2019年
20 朱萍;注意缺陷多动障碍患儿血清差异microRNA的筛选和鉴定[D];蚌埠医学院;2019年
中国重要报纸全文数据库 前7条
1 本报记者 张佳星 实习生 刘畅;1滴血验13种癌?检测数据波动也许比你想的更大[N];科技日报;2019年
2 本报记者 谢江涛;因为喜欢才甘心科研[N];广东科技报;2014年
3 记者 朱敏丽;医药城创新牛奶检测技术[N];泰州日报;2010年
4 记者 魏公铭;科技为乳品质量再设防线[N];中国食品报;2010年
5 实习生 季天宇 本报记者 张晔;滴血当真能验癌,还只是“看上去很美”?[N];科技日报;2019年
6 方文革;身体多个奥秘被发现临床医学将受益[N];大众健康报;2019年
7 本报记者 魏萍;黄玥:以创新之火点燃青春[N];宁夏日报;2019年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62982499
  • 010-62783978