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黄颡鱼生长激素基因多态性与生长性状的关联性研究

李美娟  
【摘要】:本研究对黄颡鱼生长激素基因全长进行克隆测序,分析GH在组织中的差异性表达,对GH基因的单核苷酸多态性(SNP)和微卫星(SSR)多态性与主要的生长性状进行关联分析,并获得调控经济性状的优势基因位点。(1)GH基因的分子特征根据亲缘关系较近物种的GH基因的保守区域设计引物,通过克隆测序拼接后获得DNA全长序列,共3117bp,包括5′UTR 165bp,3′UTR 485bp,由5个外显子和4个内含子组成,外显子大小分别为10bp、140bp、117bp、132bp、204bp,内含子大小分别为302bp、85bp、642bp、835bp。(2)GH基因的差异性表达通过半荧光定量和实时荧光定量两种方法研究黄颡鱼GH基因mRNA的差异性表达。结果显示:GH基因只在垂体中特异表达,而在肌肉、脾脏、脂肪、肾脏、胃、盲肠、心脏、头肾、精巢、肠、鳃、肝脏、鱼皮和脑这14个组织中均未检测到表达。(3)SNP与生长性状的关联性以GH基因作为影响黄颡鱼主要生长性状的候选基因,样本数为160,通过PCR产物直接测序法筛选SNP位点,筛选区域为片段外显子4到片段外显子5和3′UTR区域,共检测到5个SNP位点,内含子4区域检测到4个,3′UTR发现1个。并对SNP位点基因型和主要生长性状(体重、全长、体长、体高、体厚、头长、尾柄长、尾柄高)进行关联分析,结果显示:存在于内含子4的位点1674GA和位点2154TG与生长性状无显著关联;位点2100AG与性状体厚有极显著关联(P0.01),GG为优势基因型;位点2285TC与尾柄长有显著关联(P0.05),CC为优势基因型;存在于3′UTR的位点2822AG与全长、尾柄高有显著关联(P0.05),与体长、尾柄长有极显著关联(P0.01),GG为优势基因型。(4)SSR与生长性状的关联性通过SSRHunter软件在黄颡鱼GH基因上查找到4个微卫星位点,将其在96-毛细管ABI3730xl上进行检测,根据检测结果判定基因型,并与生长性状进行关联分析。结果表明:位点AT与生长性状无显著关联;位点GA与体重、体长、体高、体厚有显著关联(P0.05),与全长、尾柄高有极显著关联(P0.01),CD为优势基因型;位点TCTT与头长、尾柄高有显著关联(P0.05),BD为优势基因型;位点AC与体厚、头长有显著关联(P0.05),DD为优势基因型。


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