收藏本站
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

SSR分子标记开发和在香蕉种质资源遗传分析中的应用

王静毅  
【摘要】:本研究利用SAM技术和香蕉EST数据开发SSR标记,并选取芭蕉科3属11个种/变种,82个品种(系)及7个海南岛阿宽蕉(M. itinerans)居群为研究对象,对香蕉种质资源亲缘关系及阿宽蕉居群遗传多样性进行了SSR分析。研究结果如下: (1)从NCBI搜索的2282条香蕉EST中,发掘出含有SSR的EST序列110条,共有122个SSR位点,检出率为5.3%。SSR位点可分为37种重复单元,平均长度为20bp,其中二、三核苷酸重复单元的SSR占主导地位,其它重复类型所占比例均不足10%,而四核苷酸重复类型最少。GA和GAA是二、三核苷酸中的优势重复类型。设计引物63对,用巴西蕉DNA初筛得到41对EST-SSR功能引物,占总引物数的65.1%。应用19对高重复性和多态性好的引物对49个香蕉品种(系)进行分析,在相似系数为0.63的水平可将49个品种按A、B基因型分为2个类群,基本与形态分类结果一致,表明EST-SSR引物可应用于香蕉品种资源分类的研究。 (2)应用SAM法从香蕉AA基因组的100个克隆序列中获得83条SSR序列,得率为83%,从香蕉BB基因组的43个克隆中得到38条SSR序列,得率为88.3%,综合得率达到84.6%;并成功设计引物62对(AA组38对,BB组24对)。经过筛选,得到AA组引物26对,BB组引物19对。 (3)利用45对Genomic-SSR和24对EST-SSR引物对26个香蕉栽培品种(系)和11个芭蕉科种属材料的遗传关系进行分析表明,EST-SSR比Genomic-SSR多态性高,但二者都能很好的揭示出香蕉群体内的遗传多样性。Genomic-SSR和EST-SSR标记在11个芭蕉科种属材料上的转移扩增率分别为80%和70.83%。对4个转移扩增位点的测序结果分析表明,不同种属间的材料扩增得到的序列与原始序列具有同源性。序列间的变异主要是由SSR位点重复次数和侧翼序列的碱基的替换、插入/缺失等变化引起。 (4)利用5对香蕉SSR引物构建了56份香蕉种质的分子身份证和指纹图谱。5对引物扩增出的多态性带为11-16,平均为13.8;引物的多态信息含量(PIC)在0.8490-0.9022之间,平均0.8727,说明我们选择的引物适合于对该批样品进行指纹标记。建立的香蕉分子指纹图谱可为在分子水平上区分香蕉种质材料和知识产权保护提供依据。 (5)阿宽蕉在居群水平上,各个居群平均等位基因数(Na)为4.0个,有效等位基因数(Ne)为1.5404个,观察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.3038和0.2775。九架岭居群的遗传多样性水平最高(Na=3.40,Ne=1.7054,Ho=0.3043,He=0.3633),阿驼岭居群的遗传多样性水平最低(Na=2.20,Ne=1.4050,Ho=0.2296,He=0.2633)。遗传分化系数(Fst)为0.0677,即有6.77%的遗传变异存在居群之间,93.23%的遗传变异存在于居群内。利用算术加权平均数法(UPGMA)将7个居群分成2大类,地理位置较近的聚在一起。


知网文化
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前20条
1 朱英;陶刚;刘作易;;SSR分子标记的发展及其在动植物遗传育种中的应用[J];贵州农业科学;2006年S1期
2 吴立强;李志坤;王志伟;孟成生;张桂寅;马峙英;;彩色棉品系的SSR分子变异研究[J];棉花学报;2010年02期
3 胡英考,辛志勇;小麦合成种M53抗白粉病基因的RAPD和SSR标记[J];作物学报;2001年04期
4 唐荣华,贺梁琼,高国庆,庄伟建,韩柱强,钟瑞春;多粒型花生的SSR分子标记[J];花生学报;2004年02期
5 杨永霞;李青常;赵彦宏;朱军;肖炳光;;烟草SSR反应体系的优化[J];烟草科技;2005年12期
6 付瑜华;李杰;王海燕;杨子贤;王文泉;;木薯商业品种的指纹图谱构建[J];植物遗传资源学报;2007年01期
7 孙玉刚;张延明;;小麦SSR标记的应用[J];牡丹江师范学院学报(自然科学版);2007年02期
8 赵秀娟;孙毅;仪治本;;与高粱A_2类型细胞质雄性不育性连锁的SSR标记的初步鉴定[J];分子植物育种;2007年03期
9 臧威;张兰兰;张国民;李柱刚;张淑园;孙剑秋;严善春;;稻瘟病菌SSR反应体系的优化[J];中国农学通报;2007年06期
10 吕桂兰;丁芬;沈枫;马秀芳;唐志强;;SSR标记技术在水稻遗传育种中的应用[J];北方水稻;2007年03期
11 陈树丰;刘文;杨妙贤;梁红;;~(60)Co-γ射线诱变猕猴桃枝条变异的SSR研究[J];安徽农业科学;2008年27期
12 谭月萍;黄建安;刘仲华;尹钟;;SSR分子标记及其在植物遗传分析中的应用[J];中国茶叶;2009年03期
13 陈俊意;徐莉;;玉米自交系遗传多样性的SSR分析[J];西南农业学报;2009年01期
14 安泽伟;赵彦宏;程汉;李维国;黄华孙;;橡胶树EST-SSR标记的开发与应用[J];遗传;2009年03期
15 叶凯欣;罗森材;梁雪莲;梁红;;猕猴桃SSR分析[J];生物技术;2009年03期
16 丰光;景希强;李妍妍;黄长玲;;利用SSR标记检测玉米杂交种丹玉39及其亲本的遗传变异[J];辽宁农业科学;2009年04期
17 马琳;张上都;余显权;赵福胜;杨志文;;高坡红米的SSR遗传多样性分析[J];种子;2009年11期
18 彭云武;楚渠;杨金宏;孔卫青;代方银;;安康野桑蚕遗传多样性分析[J];西北农业学报;2010年11期
19 童和林;冯素萍;贺军虎;王静毅;陈业渊;孙光明;于飞;武耀廷;;菠萝微卫星指纹图谱的构建[J];果树学报;2011年02期
20 邹丽梅;王凤格;赵久然;许理文;易红梅;宋伟;;适用于玉米特定分离群体的高通量SSR检测技术研究[J];玉米科学;2011年02期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 艾烨;刘太国;高利;陈万权;;SSR分子标记及其在植物病原真菌研究中的应用[A];中国植物病理学会2010年学术年会论文集[C];2010年
2 徐晓薇;江南;杨俊波;杨燕萍;王丽芳;;寒兰株系间的遗传多样性和亲缘关系的SSR分子标记分析[A];中国观赏园艺研究进展2011[C];2011年
3 张月华;李刚;赵云坡;徐安英;沈兴家;孙平江;钱荷英;苗雪霞;黄勇平;郭锡杰;;利用SSR标记对家蚕多星纹基因(ms)进行定位分析[A];江苏省遗传学会第八届会员代表大会暨学术研讨会论文集[C];2010年
4 张鹏;刘向东;李金泉;李晓玲;卢永根;;利用SSR标记对水稻核心收集群体结构和遗传多样性的研究[A];2010中国作物学会学术年会论文摘要集[C];2010年
5 周忠丽;孙君灵;贾银华;潘兆娥;何守朴;庞保印;杜雄明;;基于SSR标记的亚洲棉遗传多样性分析[A];中国棉花学会2011年年会论文汇编[C];2011年
6 董丽娟;王旭;段继华;张曙光;;84个茶树品种遗传多样性及亲缘关系的SSR分析[A];第六届海峡两岸茶业学术研讨会论文集(摘要)[C];2010年
7 钱荷英;张月华;王小强;徐安英;孙平江;黄勇平;郭锡杰;;家蚕基因(q)的SSR标记定位分析[A];中国蚕学会第八届暨国家蚕桑产业技术体系家(柞)蚕遗传育种及良种繁育学术研讨会论文集[C];2011年
8 吴頔;梁国鲁;樊卫国;韩国辉;左凤月;;贵州部分野生枇杷资源的SSR分析(摘要)[A];第五届全国枇杷学术研讨会论文(摘要)集[C];2011年
9 王萌;张国珍;沈崇尧;段霞瑜;周益林;;小麦白粉菌SSR标记的开发及其在群体遗传多样性中的初步应用[A];2010年中国菌物学会学术年会论文摘要集[C];2010年
10 王书珍;丁毅;;苦瓜基因组SSR分子标记引物的开发与利用[A];基因开启未来:新时代的遗传学与科技进步——湖北省遗传学会第八次代表大会暨学术讨论会论文摘要汇编[C];2009年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 王静毅;SSR分子标记开发和在香蕉种质资源遗传分析中的应用[D];海南大学;2010年
2 李梅婷;香蕉枯萎病菌毒素在香蕉抗病品种选育和抗病性鉴定中的应用[D];福建农林大学;2010年
3 张利达;植物基因相关SSR序列调控及位点多态性研究[D];上海交通大学;2010年
4 Manosh Kumar Biswas;[D];华中农业大学;2010年
5 马鸿艳;甜瓜白粉病抗性遗传分析及相关基因SSR标记[D];东北林业大学;2011年
6 陈晓杰;中国冬小麦抗旱指标评价、种质筛选及重要性状与SSR标记的关联分析[D];西北农林科技大学;2013年
7 李晓宇;利用SSR分子标记选育低氰含量高丹草新品系的研究[D];内蒙古农业大学;2011年
8 何桥;基于SSR标记的枇杷遗传多样性分析与品种鉴别[D];西南大学;2010年
9 何珂;红腹锦鸡SSR和Ⅱ类MHC位点的分离及种群遗传结构分析[D];浙江大学;2012年
10 李浦;色素万寿菊(Tagetes erecta L.)雄性不育和色素遗传规律分析及SSR标记的筛选[D];沈阳农业大学;2012年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 刘宇杰;马铃薯遗传多样性的SSR分析[D];内蒙古农业大学;2010年
2 阳志刚;SSR标记在亲本和孤雌生殖后代鉴定中的应用[D];中南大学;2010年
3 马栋;利用SSR分子标记定位水稻短光敏雄性不育基因[D];华中农业大学;2010年
4 王冬梅;甘蓝类作物亲缘关系的SSR分析[D];中国农业科学院;2011年
5 董冬;小麦SSR标记辅助遗传背景选择技术研究[D];中国农业科学院;2011年
6 倪正斌;糯玉米自交系遗传多样性及产量、农艺性状与SSR分子标记的关联研究[D];扬州大学;2010年
7 赵新燕;野生花生含油量与SSR标记的关联分析[D];中国农业科学院;2011年
8 王乾钦;不同大豆品种叶片含氮代谢物的变化及SSR标记分析[D];吉林农业大学;2011年
9 张鑫;盐胁迫下诱抗剂诱导水稻苗期生长特性及SSR标记初步分析[D];广东海洋大学;2010年
10 胡玉珍;低温选择大黄鱼子代SSR分析及越冬季节生理生化指标变化[D];宁波大学;2011年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 电脑商报记者 刘一冰;浪潮SSR“两条腿走路”[N];电脑商报;2009年
2 本报记者 刘丽丽;浪潮SSR是主机的安全后盾[N];计算机世界;2009年
3 记者 刘作明;“SSR—DS”敢为天下先[N];鞍山日报 ;2009年
4 本报记者 刘丽丽;浪潮SSR 为信息安全添动力[N];计算机世界;2010年
5 本报通讯员 李根杰;香蕉熟了 村民笑了[N];南宁日报;2010年
6 LaLa;数字图书阅读也精彩[N];中国电脑教育报;2002年
7 范南虹刘湘洪;五六年内可解决香蕉品种老化[N];海南日报;2007年
8 钟祺;卖好蕉有得赚 种好蕉有钱奖[N];东莞日报;2008年
9 中化化肥高级顾问、中国农业大学教授 陈伦寿;香蕉的生育特点和施肥要点[N];农资导报;2007年
10 ;一网打尽[N];网络世界;2002年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62982499
  • 010-62783978