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广西猪瘟流行毒株全基因组的克隆与序列分析

吴显实  
【摘要】: 根据已发表的猪瘟病毒(Classical Swine Fever Virus,CSFV)Shimen株、HCLV株和Paderborn株的全基因组序列,设计并合成11对引物,应用RT-PCR技术,成功地分11个片段扩增了CSFV广西流行毒株GXWZ02的全基因组,并将这11个基因片段克隆到pGEM-T和PMD18-T载体上,测定其核苷酸序列。应用计算机生物软件Vector NTI Suite 6将11个基因片段进行拼接,确认CSFV GXWZ02株全基因组序列的长度为12296个核苷酸。将CSFV GXWZ02株与国内外已发表的Shimen、HCLV、39、Brescia、Eystrup、Glentorf、Alfort187、Paderborn、CS、ALD、GPE~-、P97、LPC毒株进行全基因组序列和推定的氨基酸序列比较,结果显示,核苷酸同源性分别为85.4%、84.6%、88.7%、85.7%、85.7%、85.3%、85.6%、95.3%、85.7%、85.7%、85.4%、83.4%、84.3%,推定的氨基酸序列同源性分别为92.6%、91.7%、94.2%、93.1%、92.9%92.3%、93.0%、97.7%、92.6%、93.0%、92.6%、90.5%、90.6%。GXWZ02与Shimen、HCLV的全基因组序列及推定的氨基酸序列同源性有明显变异,表明GXWZ02与Shimen、HCLV在遗传性和抗原性上存在较大差异。系统发育树分析表明,所比较的14株CSFV被分为两个群,GXWZ02、Paderborn和39这3个毒株被归为群Ⅰ,其余的11个毒株被归为群Ⅱ,GXWZ02与Paderborn的亲缘关系最接近。将GXWZ02与Shimen、HCLV基因组中单个基因分别进行核苷酸及推定的氨基酸序列同源性比较,结果显示,基因NS5A、E2、NS2、E~(rns)的遗传变异程度大,而NS3、NS4A、NS4B的遗传性则相对保守。


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