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DNA微阵列筛查预测鼻咽癌患者预后基因的研究

郝鑫  
【摘要】:目的:研究使用DNA微阵列对不同预后的鼻咽癌组织的差异表达基因进行筛查,寻找预测鼻咽癌预后相关的标志基因群,对鼻咽癌预后的准确预测及个体化治疗提供帮助。 方法:利用能够检测14112个人类基因的cDNA微阵列,对20例预后不同的鼻咽癌患者组织样本进行表达谱分析,将生存超过3年与5年作为判断预后的两个时间窗口,其中将存活期小于等于3年者8例,存活期大于3年者12例作为A组进行对比分析,将存活期小于等于5年者9例,存活期大于5年者11例作为B组进行对比分析。使用ScanArray4000对微阵列进行扫描,GenePix Pro3.0软件被用于微阵列信号强度的分析和筛选。在完成微阵列数据的标准化处理之后,进行T-test和two-class unpaired SAM多重统计分析,利用SAM及Cluster软件对A组与B组进行差异基因的聚类分析。 结果:1、对2组不同预后的样本进行分析发现不同预后的鼻咽癌患者肿瘤组织存在着基因表达的差异。在A组中当P0.05,差异表达基因412个,P0.01;差异表达基因85个;P0.001,差异表达基因5个。在B组中当P0.05,差异表达基因364个;P0.01,差异表达基因65个;P0.001,发现差异表达基因4个。 2、通过利用two-class unpaired SAM与T-test多重生物信息分析法,对A组与B组不同预后鼻咽癌患者的鼻咽癌组织中差异表达基因进行非监督聚类分析,A组发现差异表达基因10个,包括J2SURP(XM_031553),RINT1(NM_021930), RFX4(NM_002920), AZIN1(NM_015878),FAM21C(NM_015262),RAB25(NM_020387),EIF1B(NM_005875),KRT31(NM_002277), BRD7(NM_013263), NRD1(NM_002525)等基因,B组发现差异表达基因4个,包括U2SURP (XM_031553), RINT1(NM_021930), NRD1(NM_002525),NEK6(NM_014397)。其中NRD1(NM_002525)、U2SURP (XM_031553、RINT1(NM_021930)等3个基因在两组的分析中均有获得。 3、初步确定11个基因作为预测鼻咽癌预后的基因群。能很好的把鼻咽癌患者分为预后良好组与预后不良组。包括U2SURP (XM_031553)、RINT1(NM_021930)、AZIN1(NM_015878)等5个基因在预后差的鼻咽癌患者中表达水平上调,FAM21C(NM_015262)、RAB25(NM_020387)、EIF1B (NM_005875)等6个基因在预后良好的鼻咽癌患者中表达水平升高。其中基因NM002525(NRD1)的表达值最为稳定,在3年期与5年期不同生存预后的两组中均有明显的差异表达。其他10个基因表达较不稳定,出错率较高,需要结合使用。 结论:1、发现预后不同的鼻咽癌患者肿瘤组织中基因表达存在明显差异。2、可以通过差异基因对不同预后鼻咽癌患者分为预后良好与预后不良两类。3、初步确定11个基因作为预测鼻咽癌预后的基因群,这些基因可能通过细胞因子及免疫反应、体液免疫、细胞增殖、受体蛋白信号等多种生物学通路影响鼻咽癌细胞增殖、凋亡和分化,进而影响鼻咽癌患者的预后生存。4、NRD1基因可能是预测鼻咽癌预后的关键基因。其预测鼻咽癌预后与临床分期无关,可能是与基因的生物特性有关。


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