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95条新的水稻microRNA的计算机鉴定

邢杰  
【摘要】: miRNAs(MicroRNAs)约22nt的小非编码RNA在不同的动物和植物中被发现。研究发现它与基因表达、细胞周期调控及个体发育过程都有关系,因此,miRNAs的研究可能对基因功能研究、人类疾病防治及生物进化探索具有重要意义。但是,其本身还有很多未解之谜,比如其调控机制和在其它方面的作用。如今,miRNA都是由克隆测序,Northern bloting验证发现的。这种传统的方法费时费力,并且由于miRNA具有序列非常短、特异性表达、不同miRNA表达量差异很大等特点使得用传统实验方法来寻找miRNA非常困难。因此寻找新的miRNA成为了进一步研究miRNA功能的首要任务。目前已有一些计算机方法预测的报道,这些方法大多基于已知的miRNA运用同源比对的方法来寻找新的miRNA。其优点是准确性高能够大量发现与已知miRNA同源的新miRNA,但是对部分物种特有的miRNA就无能为力了。我们在寻找新miRNA的研究中,将生物信息学与实验的结合,并结合自己的实践提出了一些具有原创性的方法。极大地提高了在基因组中寻找miRNA的效率和准确性。本研究在同源方法寻找miRNA的基础上,进一步发展了非同源性寻找方法。使用这种方法,我们发现了136条microRNA其中包括41条已知的水稻microRNA,还有一些在拟南芥和其他物种中保守。这95个新的miRNAs分别属于水稻12条染色体的81个家族。 我们的方法主要是通过分析已知miRNA及其前体的序列结构特征,提取出其特征值。以此特征值为基础比较未知miRNA的前体序列结构特征,符合这些特征的我们就认为很可能是miRNA。然后再配合靶目标分析,如果有匹配的靶目标,可初步认定为miRNAs。最后将获得的miRNAs与已知miRNA比较,可得到新的miRNAs。对于新获得的miRNA我们还分析了其在其他物种中的保守,结果发现我们的方法预测到的miRAN在其他物种里的保守性低于已知miRNA的保守性。对miRNA的靶目标基因的分析,也让我们知道了更多种类的基因能够被miRNA调控。我们还挑选了5条新的miRNA在水稻幼苗中用realtimePCR检测,结果检测出3条新的miRNA,这说明我们预测的miRNA能够表达,这也验证了本研究方法确实可靠。预测中我们运用了EST数据过滤,表明我们预测出的新的miRNA能够表达的,这也从另一个角度证明本研究方法确实可靠。但与此同时,可能也有许多真正的miRNA往往被忽略,因为兴应得EST可能没有被发现或没有登陆于EST数据库中。因此,我们还需进一步研究,来将这些miRNA也识别出来。 另一方面,我们还建立了一种快速高效的土壤微生物RNA提取方法。在RNA的提取过程中应用到了Mg~(2+)-K~+Na~+-皂土,氯仿,异丙醇,高浓度KI,2-巯基乙醇等试剂,从而有效地去除了RNA提取过程中的包括RNase的蛋白质,腐殖酸,多糖和多酚等污染。用改良的皂土法对三种不同土壤进行RNA提取。能够从0.2g的土壤样品中提取出8~12μg的总RNA。RNA提取物的A260/A230和A260/A280比值分别为1.5~1.6和1.8~1.9。RT-PCR扩增(16SrRNA基因)结果显示RNA提取物能够用于土壤微生物的基因表达和功能的研究.总的提取过程可以在很短的几小时内完成。说明本方法是一种快速高效的土壤微生物RNA提取方法。本方法可以从少量的土壤中提取出RNA,有利于土壤微生物的基因表达和功能的研究。


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9 中国农业科学院土壤肥料测试中心;常见土壤检验项目和标准(五)[N];农资导报;2006年
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