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鸡TBC1D1基因的SNPs及其与屠宰性状的关联性研究

彭星  
【摘要】:TBC1D1是一种Rab-GTP酶激活蛋白,主要是通过调节葡萄糖转运蛋白4(GLUT4)的活动来对细胞信号转导和物质转运起作用,在糖类代谢和脂肪代谢中扮演重要的角色。现代肉鸡育种工作面对的一个关键问题就是屠体性能的提高和改良,而其作为衡量鸡种生产性能的最重要的依据之一,如何在分子水平上对鸡的相关性状进行研究,继而找到合适的遗传标记已经成为现代育种实践中的一个重要方向。有研究者通过对TBC1D1在人、小鼠和猪上的研究指出,该基因可作为研究人类肥胖或畜禽屠体性状的候选基因。 本试验以二郎山山地鸡一世代的SD02和SD03两个纯系的64个个体为研究素材,运用分子生物学手段检测TBC1D1基因主要外显子区和小部分内含子区的单核苷酸多态性,并做遗传变异的鉴定,以此为依据结合生产性能测定的相关资料,将其遗传多态性与活体重、屠体重、半净膛重、全净膛重、胸肌重、腿肌重以及腹脂重等屠体性状做关联性分析,为后续的深入研究提供一定的理论依据,研究结果如下: 通过对扩增产物采用直接测序的方法在目标区域共筛选到17个变异位点,主要位于TBC1D1基因的多个外显子区域和内含子的小部分区域,其中大多数为同义突变。其中检测到有6个SNP突变位点位于基因的三个内含子区域,另外检测到有11个突变位点位于基因的七个外显子区上,其中的8个位点位于基因的CDS编码区,并有两个为非同义突变,引起氨基酸编码序列的改变(c.1615GA和c.2938AG),而外显子19上的三个位点则处于mRNA的3'非翻译区。通过对群体中17个变异位点的多态信息含量进行统计分析和平衡检验发现,大多数为中度多态(0.25PIC0.5),且基本符合Hardy-Weinberg平衡定律,综上看出该试验鸡群具有一定的遗传变异程度和选择潜力。 通过运用最小二乘分析和显著性检验发现,有三个突变位点(SNP2、SNP4和SNP14)与多个屠体性状有显著关联性,这三个突变位点均为同义突变,将这三个变异位点构建了6种单倍型和12种单倍型组合,其中H2和H2H5的频率最高。经单倍型组合与屠体性状的关联分析发现,H4H4活体重、屠体重、半净膛重、全净膛重、胸肌重以及腹脂重优势单倍型组合,而H1H4则是腿肌重的最优单倍型组合;H5H6是活重、屠宰重和和全净膛重的劣势单倍型组合,H3H5是半净膛、胸肌重和腿肌重的劣势单倍型组合,H2H5则是腹脂重的劣势单倍型组合,综上看出,包含单倍型H4的单倍型组合对屠宰性状具有优势遗传效应,提示H4(T-A-A)对于提高鸡的生产性能可能具有正向作用,但其在群体中的频率并不高,据此推测本试验群体还具有较大的选择空间。在选择和应用中应根据实际需要,选择合适的单倍型或分子标记,进一步探索遗传标记辅助选择的有效利用。


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