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利用表面增强激光解析电离飞行时间质谱技术快速检测甲型副伤寒沙门氏菌的研究

李晓庆  
【摘要】:目的:利用表面增强激光解析电离飞行时间质谱(surface enhancedlaser desorptionionization time-of-flight mass spectrometry,SELDI-TOF-MS)建立甲型副伤寒沙门氏菌蛋白指纹图谱,并通过与分子生物学方法鉴定结果比较,验证其诊断效率,为快速鉴定该细菌提供新的思路。 方法:1.收集从临床中分离获得的甲型副伤寒沙门氏菌36株。2.对所收集的细菌利用16S rRNA测序技术进行分子生物学鉴定。3.利用表面增强激光解析电离飞行时间质谱检测细菌蛋白,ProteinChip和Biomarker Wizard软件自动采集数据,并分析所得的细菌蛋白指纹图谱。4.对同一株细菌的蛋白进行多次检测并分析其蛋白指纹图谱差异,评价方法的重复性。5.同种细菌不同株之间蛋白指纹图谱差异进行比较,对细菌蛋白表达的稳定性进行分析。6.通过比较不同培养时间下细菌蛋白指纹图谱差异,验证培养时间对细菌蛋白指纹图谱的影响。7.将132株菌株分成训练组和验证组,分别检测其蛋白表达,分析其蛋白指纹图谱,将结果用BioMarker Patterns软件建立分类树鉴定模型,并进行盲法验证。 结果:1.PCR产物测序比对,一致性≥98.5%,鉴定为相应的细菌该结果与传统的微生物鉴定结果相符。2.在分子量3000~20000Da范围内,104个蛋白峰被捕获,90个蛋白峰有统计学意义(P0.01)。3.细菌蛋白的孔间重复性和芯片间重复性检测好,重复检测的同一株细菌具备相似的蛋白指纹图谱。4.同种细菌不同株之间蛋白指纹图谱表达稳定,共有蛋白峰分子量变异系数≤0.5%。5.细菌蛋白指纹图谱受不同的培养时间影响不大。6.本研究择优选出质荷比(M/Z)为10061.7的蛋白峰建立甲型副伤寒沙门氏菌的分类树模型,甲型副伤寒沙门氏菌诊断的灵敏度和特异度通过验证为100%。 结论:使用AU蛋白芯片,采用SELDI-TOF-MS技术,可建立甲型副伤寒沙门氏菌的分类树诊断模型,可用于快速鉴定甲型副伤寒沙门氏菌。


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