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5个miniSTR基因座四色荧光复合扩增体系的建立及应用

何寨寨  
【摘要】:目的:短串联重复序列(short tandem repeat locus,STR)存在于人类基因组的基因及基因外区域,其含有大量的遗传标记(geneticmarker,GM),目前在构建基因连锁图,诊断基因遗传性疾病,个人识别及亲子鉴定中有着十分重要的作用。然而,实际检案中经常出现DNA样本因不同原因出现降解、断裂、片段丢失以及样本量过少等情况,此时,应用传统STR技术往往不能成功分型。在经过研究和探索后,miniSTR技术应运而生。miniSTR技术的优点在于通过对现有STR基因座引物进行重新的设计和优化,使其在扩增时引物的结合更靠近核心重复序列的侧翼区,进行PCR扩增的产物和普通STR技术扩增产物相比,片段的大小有了很大的缩短,解决了STR技术的诸多不足,并运用于遇难者的个体识别,称为。目前CODIS系统内的STR基因座并非都适用于miniSTR技术。因此寻找更多的非CODIS系统以外的miniSTR基因座能大大加强检测效能,并对其在人群中基因频率等统计学参数进行调查,为建立符合中国人群的miniSTR试剂盒提供数据支持。本文建立了荧光标记CODIS系统以外的D1S1676,D2S441,D3S4529,D22S1045四个miniSTR及amelogenin基因座复合扩增体系,并对重庆地区汉族200名无关个体此5个基因座的遗传多态性进行研究分析。 方法:通过查阅文献获得D1S1676,D2S441,D3S4529,D22S1045,amelogenin5个miniSTR基因座的引物序列,应用NCBI数据库进行比对, primer premier5.0、 autodimerv1软件对引物进行重新设计。运用正交实验法优化模板浓度、Mg2+浓度、引物浓度及酶的用量、最佳退火温度条件后,设置28,29,30,31,32次PCR循环次数进行试验。分别用5′TAMRA标记D1S1676引物,5′6-FAM标记D2S441和D3S4529引物,5′HEX标记D22S1045引物,5′TET标记amelogenin引物,构建及优化符合扩增体系,运用3130基因分析仪检测并收集电泳结果数据,通过Gene Mapper v3.2.1软件计算扩增产物片段相对大小以及进行样本基因型分型,建立5个miniSTR基因座荧光标记复合扩增体系,并对200名重庆地区汉族无关个体血样进行检测分型。 结果:5个miniSTR基因座荧光标记复合扩增体系每个位点都获得清晰的分型结果。对重庆地区汉族无关个体200份血样进行分型,5个基因座分别检出9,9,8,9,2个等位基因和103种基因型,其基因型分布均符Hardy-Weinberg平衡。其中D1S1676,D2S441,D3S4529,D22S1045基因座在重庆汉族群体的杂合度分别依次为0.71,0.765,0.73,0.71;多态信息含量分别依次为:0.660041,0.798329,0.753177,0.797888;累计非父排除率为0.9248004,累计个人识别机率为0.9999551。 结论:荧光标记D1S1676,D2S441,D3S4529,D22S1045,amelogenin5个miniSTR基因座复合扩增体系,每个基因座可获得准确分型;重庆汉族群体该5个基因座的遗传学数据在重庆汉族无关个体中显示其具有较高的个体识别率及非父排除率,可作为群体遗传学和法医学研究与应用的基础资料。


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