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猪和甲型流感病毒microRNA预测软件系统

周鹏方  
【摘要】: MicroRNA (miRNA)是一类长约22核苷酸(nt)的非编码RNA。miRNA的初始转录本一般位于基因间区,通过Drosha酶在细胞核内生成miRNA的前体(pre-miRNA),pre-miRNA能形成茎环结构。茎环结构是pre-miRNA的重要特征之一,是鉴定与预测成熟miRNA的关键因素。在转运蛋白作用下,pre-miRNA从细胞核转运到细胞质中。在细胞质中,Dicer酶将pre-miRNA剪切成成熟的miRNA。成熟的miRNA通过与mRNA的3’UTR相互作用,对宿主基因起调节作用。已经通过实验证明,miRNA几乎在所有的生物过程中都起着非常重要的作用。它对发育时序、细胞增殖、细胞凋亡、胚胎干细胞分化、脂肪生成、肌生成、血管再生、造血作用、神经生成、脂肪代谢、胰岛素分泌和癌症等都具有调节作用。 猪是重要的经济动物,也是重要的人类疾病研究模型。在miRBase14.0中,人类miRNA已经收录了718条,但是猪的miRNA只有74条。已收录的猪miRNA都是基于miRNA的保守性发现的,但基于保守性预测miRNA的方法准确性较低,并且无法预测与已发现的miRNA没有同源性的miRNA。本实验用Java语言开发了miRNA序列结构特征筛选软件包:SusMiRFilter。用支持向量机(SVM)工具,采用32维特征向量,开发了猪pre-miRNA的分类器:SusMiRPred。在SusMiRPred中,我们利用miRBase收录的60条猪pre-miRNAs作为训练集正样本和65条假的具有茎环结构的序列作为训练集负样本进行训练,构建训练模型。我们将在训练集中没有利用的14条猪pre-miRNAs作为阳性测试集,1000条假的发夹结构序列作为阴性测试集。利用阳性测试集和阴性测试集对分类器进行评价,得到分类器的敏感度是100%,特异性是87.3%,准确性为87.5%。利用测试集对训练集绘制ROC曲线,ROC曲线下的面积为91.44%。证明SusMiRPred是一个有效区分真假猪pre-miRNA的分类器,具有较高的准确性,还能预测与已知pre-miRNA没有同源性的猪pre-miRNA。利用SusMiRPred对猪基因组进行扫描,预测得到了9250条候选猪pre-miRNAs。 最近,研究人员构建了猪小RAN库,并基于miRNA的保守性对小RNA库进行分析,发现了新的具有保守性的14条猪miRNAs。我们利用SusMiRPred对此小RNA库进行再分析。由于SusMiRPred基于SVM算法,没有依赖miRNA的保守性,与基于保守性的方法具有本质的区别。通过这种方法,我们新预测得到了1条与其它物种没有保守性的miRNA,这也为猪小RNA库的分析提供了一个新的工具和思路。由于猪基因组数据的不断丰富和人miRNA数据量的快速增长,我们利用miRNA的保守性,通过人pre-miRNA与猪基因组序列的比对,预测得到了160条新的候选猪pre-miRNAs。 2009年3月,新的猪源流感病毒(swine-origin influenza A/H1N1, S-OIV)在墨西科和美国出现。病毒在人与人之间传播极快,在短短的几个星期内,已经有30个国家发现了猪源甲型H1N1流感病毒感染病例,世界卫生组织(WHO)将它的警戒级别从5级升到6级。研究人员估计,这种病毒可能引起21世纪的第一次世界大流感。目前,很多病毒中都发现了miRNA的存在。我们利用miRNA的保守性和病毒pre-miRNA序列结构特征,对甲型流感病毒(influenza virus A/H1N1)的基因组进行扫描分析,预测得到了2条新的甲型H1N1流感病毒miRNAs。对这2条miRNAs进行靶标预测,发现它们对人重要基因具有调节作用。


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1 溝口徹;王元林;杨潮;;鸡流感的流行和防制[J];中国家禽;1986年01期
2 张新峰,魏梅芳,谢三星,杨森标;人类与禽类流感相关性问题浅述[J];上海畜牧兽医通讯;1997年03期
3 葛叶;邓国华;;A型流感病毒聚合酶研究进展[J];中国预防兽医学报;2009年02期
4 ;德国出现首例动物感染甲型H1N1流感病毒[J];中国动物检疫;2010年01期
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6 叶燕青;勿让流感“缠”上身[J];农家顾问;2005年02期
7 张艳,王东;病毒性 人畜共患病之 猪流行性感冒[J];动物科学与动物医学;2005年10期
8 ;干扰素介导的野猪Mx1蛋白可抑制A型流感病毒的复制[J];今日养猪业;2010年04期
9 孙晓东;熊永忠;陈化兰;王秀荣;;流感病毒抗原表位的研究进展[J];中国畜牧兽医;2011年06期
10 吴信法;宰后猪组织中流感病毒的活存试验[J];中国动物检疫;1990年04期
11 傅汝仁;;流感病毒活疫苗的研制[J];国际儿科学杂志;1992年01期
12 邵华斌,杨峻;禽流感(鸡瘟)的诊断与防制[J];湖北畜牧兽医;1994年04期
13 李康然;禽流感风波[J];广西畜牧兽医;1998年01期
14 苑七星;;流感病毒引起的——继发感染疾病的治疗方法[J];农村科技;1999年04期
15 茗;茶水漱口防流感[J];福建茶叶;2003年02期
16 包红梅,陈化兰;动物流感病毒与人流感流行株起源变异关系的探讨[J];畜牧兽医科技信息;2004年03期
17 ;日科学家研制传感器以纳米技术快速识别流感病毒[J];中国家禽;2005年21期
18 ;H和N是什么意思[J];云南农业;2006年08期
19 王滨坤;郗洪生;郑世民;;流感病毒NS1蛋白在细胞凋亡中的作用[J];畜牧兽医杂志;2006年05期
20 潘丽娜;刘芝芳;;禽流感免疫预防的研究进展[J];养殖技术顾问;2008年02期
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1 George F.Gao;;猪与人H1N1亚型流感病毒遗传相关性研究[A];中国畜牧兽医学会兽医公共卫生学分会第二次学术研讨会论文集[C];2010年
2 曹颖莉;杨森;李英霞;陈虹;郭颖;;应用假病毒模型寻找H5N1高致病流感病毒侵入抑制剂[A];全国第十一届生化与分子药理学学术会议论文集[C];2009年
3 李金楠;刘超;王丽君;郭宇;陈卫强;杨诚;饶子和;;H5N1流感病毒聚合酶的天然抑制剂研究[A];中国化学会第28届学术年会第3分会场摘要集[C];2012年
4 晏文君;马志永;;流感病毒RNPs核输出机制研究[A];中国畜牧兽医学会兽医公共卫生学分会第二次学术研讨会论文集[C];2010年
5 王玉娟;杨婧;王嘉榕;毕允晨;王俊峰;;西班牙流感病毒膜蛋白PB1-F2的溶液结构研究[A];第十六届全国波谱学学术会议论文摘要集[C];2010年
6 鲁梦婷;孙莎莎;杜宏超;郭健;迟万怡;施尧;林德贵;;H3N2亚型流感病毒犬的病例分析[A];中国畜牧兽医学会2010年学术年会——第二届中国兽医临床大会论文集(上册)[C];2010年
7 侯韶毅;张民秀;卢桂娟;高永锐;刘芳;陆增荣;黄伟坚;;猪流感病毒分离及表面抗原基因序列分析[A];中国畜牧兽医学会兽医公共卫生学分会第二次学术研讨会论文集[C];2010年
8 李叶;廖明;辛朝安;;A型流感病毒对小鼠致病机制的研究进展[A];人畜共患传染病防治研究新成果汇编[C];2004年
9 王广美;丛彦龙;丁壮;常爽;张泉鹏;孙玉章;王晓莉;;类人猪H3N2流感病毒与禽H5流感重组——一个潜在的公共威胁[A];中国畜牧兽医学会兽医公共卫生学分会第二次学术研讨会论文集[C];2010年
10 李琳;张陆明;张誌;曹健荣;;人工RNA假病毒技术在甲型H1N1流感病毒(2009)RNA检测试剂盒中的应用研究[A];第五次全国免疫诊断暨疫苗学术研讨会论文汇编[C];2011年
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1 戴新宪;PI3K/Akt信号通路下游关键分子对甲型流感病毒增殖的影响[D];北京交通大学;2011年
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1 王海静;应用SPR生物传感器快速检测A型流感病毒研究[D];河北师范大学;2010年
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3 田石华;重配制备B型流感病毒Vero细胞适应毒株及无血清微载体培养流感病毒的研究[D];中国协和医科大学;2010年
4 郭莹莹;A型流感病毒NS1抑制剂的计算机辅助设计[D];中国农业科学院;2010年
5 展光建;犬H5N2流感病毒的分离鉴定及其分子生物学特征研究[D];山东农业大学;2011年
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1 ;健康习惯比疫苗更能抵挡流感病毒[N];农村医药报(汉);2004年
2 张忠霞;美完成2000多种流感病毒基因组测序工作[N];医药经济报;2007年
3 刘英;我市采取措施积极防范[N];张家界日报;2009年
4 特约记者吴志军 通讯员郝成涛;病毒检测试剂形成配套体系[N];健康报;2009年
5 张忠霞;2000多种流感病毒基因组测序工作完成[N];人民日报;2007年
6 记者 陈芳 通讯员 贺黎;市疾控中心分离出3株A1型流感病毒[N];三峡日报;2006年
7 本报记者 刘霞;抱着“枪”睡大觉[N];科技日报;2009年
8 记者 冯海波 通讯员 刘慧婵 钟萱;三分钟便可筛查病毒[N];广东科技报;2009年
9 高原 黎藜 (记者 高原);美研究称人对甲流免疫力超出预想[N];新华每日电讯;2009年
10 本报记者 明江;与流感病毒亲密接触[N];中国商报;2002年
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