收藏本站
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

麦穗鱼(Pseudorasbora parva)线粒体基因组序列测定及分析

陈涛  
【摘要】: 动物线粒体基因组表现多态性显著、进化速率快、母系遗传等特点,以成为基因结构、功能、转录、表达研究的良好模型。目前GenBank收录的后生动物线粒体基因组1790种。其中脊椎动物1250种,硬骨鱼纲625种,鲤形目(Cypriniformes)98种,鲤科(Cyprinidae)69种,鮈亚科(Gobioninae)12种。 本研究采用基于长PCR与二次PCR相结合的方法,对麦穗鱼Pseudorasbora parva(鲤科:鮈亚科)线粒体基因组进行序列测定、组装、注释及结构分析。通过联合GenBank收录已测的鲤科鱼类线粒体基因组数据,采用系统发育学研究方法,对鲤科鱼类系统发育关系进行研究,探讨不同联合数据集基因的系统发育有效性。主要结论如下: 1、麦穗鱼线粒体基因组长度为16600 bp,编码37个线粒体基因:13个蛋白质基因(COⅠ、COⅡ、COⅢ、ATP6和ATP8;ND1、ND2、ND3、ND4、ND4L、ND5、ND6和Cyt b),2个rRNA (srRNA和lrRNA),22个tRNA基因和一个D-loop控制区。 2、麦穗鱼线粒体基因组碱基组成具有一定的A/T偏向性。全序列A+T含量为58.9%,D-loop控制区的A+T含量为66.2%,明显高于线粒体基因组全序列和蛋白质编码基因。 3、麦穗鱼线粒体基因组13个蛋白质编码基因中,除COⅠ的起始密码子为GTG外,其它蛋白质编码起始密码子均为通用的ATG。终止密码子包括两类:一类是完整的终止密码子TAA(ND2、COⅠ、ATP6、ND4、ND5、ND6)和TAG(ND1、ATP8);另一类是不完整的终止密码子TA(ND3、ND4)和T(COⅡ、COⅢ、Cytb)。 4、麦穗鱼的22个tRNA基因均能形成典型的三叶草型二级结构,且都存在一定数目的碱基错配现象,绝大多数为G-U错配。 5、对麦穗鱼的srRNA和lrRNA全序列的二级结构进行预测,结合已发表的澳洲鮈塘鳢(Gobiomorphus australis) srRNA和牛(Bos taurus) lrRNA全序列的二级结构比较发现,rRNA二级结构比较保守,其中srRNA二级结构只在茎17、19-20之间,环26、42差异明显;lrRNA二级结构只在序列两端差异明显。 6、麦穗鱼D-loop控制区位于tRNAPro与tRNAPhe之间,长度为931bp,A+T含量为66.2%,仅低于蛋白质编码基因的第3位点(69.3%)。比较发现麦穗鱼控制区包含2个终止相关序列(TAS1、TAS2)、2个中央保守序列区(CSB-F、CSB-D)和3个保守序列区(CSB-1、CSB-2、CSB-3),其中TAS1可形成潜在的二级茎环结构,其它鲤科鱼类中同样存在这些特征。 7、利用线粒体基因组3种数据集对鲤科鱼类进行系统发育分析,结果表明:基于rRNAs数据集分析显示波鱼类群(Rasborins)是鲤科中最基部的类群,它所包括的分类单元不具单系性,其它的鲤科鱼类聚为两个系群:鲃系(Barbine)和雅罗鱼系(Leuciscine)。其中鲃系的鲤亚科、裂腹鱼亚科和鲃亚科聚为一个单系类群。雅罗鱼系中,北美分布的鱥类和欧亚分布的雅罗鱼类共同形成一个单系群;鮈亚科形成单系群;东亚特有的鲴类、鲌类、波鱼类、草鱼和青鱼形成一个单系类群;丁鱥属雅罗鱼系丁鱥亚科。亚科分类可概括为:(波鱼亚科,((鲤亚科,(裂腹鱼亚科,鲃亚科)),(丁鱥亚科,((鲴亚科,鲌亚科),(鮈亚科,雅罗鱼亚科)))))。麦穗鱼和北方麦穗鱼以很高的自举值聚到一起。 8、基于13个蛋白基因序列和联合数据集的分析结果为:((鲤亚科,(鲃亚科,裂腹鱼亚科)),(波鱼亚科,((鲴亚科,鲌亚科),(丁鱥亚科,(鮈亚科,雅罗鱼亚科))))),同样不支持波鱼亚科、雅罗鱼亚科为单系群,有争议的丁鱥形成丁鱥亚科。麦穗鱼和北方麦穗鱼始终聚在一起,种间差异很小,与形态分类和分子进化结果一致。


知网文化
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前19条
1 谭远德,赵庆新;利用肠道菌群的分布和DNA序列对鲤科鱼类系统演化关系的研究[J];中国水产科学;2001年01期
2 陈毅峰,何舜平;云南鲤科鱼类一新属新种(鲤形目:鲤科:(鱼丹)亚科)[J];动物分类学报;1992年02期
3 代应贵,杨君兴,陈银瑞;鲤科鮊亚科鱼类的系统发育及动物地理学(英文)[J];动物分类学报;2005年02期
4 凌去非;李思发;;鲤科25种鱼类线粒体COⅡ基因序列差异及其系统进化关系[J];水产学报;2006年06期
5 陈旻;广西淡水鱼类研究 Ⅰ.鲤科:(鱼丹)亚科、雅罗鱼亚科、鲌亚科[J];柳州职业技术学院学报;2001年02期
6 李新正,刘瑞玉;隐虾亚科(十足目:长臂虾科)系统发育初探[J];海洋与湖沼;1997年04期
7 赵庆新;鲤科四种鱼肠道菌群的相似性及其与系统进化的关系[J];遗传;2001年05期
8 王超群;郭诗琦;刘玫;茹剑;王靖茹;程薪宇;;伞形科参棕亚科及牵环花亚科气孔的结构及其分类学价值[J];草业学报;2016年10期
9 赵东平;白学良;王丽红;任超;;中国丛藓亚科植物分类学研究概述[J];内蒙古大学学报(自然科学版);2012年06期
10 牛泽清;吴燕如;黄大卫;;真社会性生活方式在隧蜂亚科中的分布格局[J];昆虫知识;2006年04期
11 王新谱,李后魂;卷蛾亚科(鳞翅目:卷蛾科)系统学研究概述[J];农业科学研究;2005年02期
12 崔昌元,范琳琳,纪卓,葛涛;黑龙江省厕蝇亚科种类及分布[J];医学动物防制;2000年02期
13 毕道英;海南彪属─新种记述(科:亚科)[J];华东昆虫学报;1994年01期
14 邹钦;耳喙象亚科的分类简史及其系统地位简述[J];四川动物;1990年03期
15 冀卫荣;杨芳;;庞泉沟自然保护区隐翅虫亚科级多样性[J];林业科学;2011年10期
16 杜艳丽;宋士美;武春生;孙淑玲;;斑螟亚科(鳞翅目:螟蛾科)系统分类学研究进展[J];北京农学院学报;2007年01期
17 王爱勤;毛永江;杨章平;;中国牛亚科家畜遗传多样性研究及其保护[J];四川草原;2006年03期
18 曲业兵,薛万琦,王明福;中国秽蝇亚科昆虫区系研究(双翅目:蝇科)[J];中国媒介生物学及控制杂志;2004年03期
19 刘殿锋;董自梅;张大羽;谷延泽;郭培军;韩瑞花;蒋国芳;;蝗科高级阶元的分子系统发育(英文)[J];动物学研究;2008年06期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 姚卫建;王伟俊;;我国三代虫亚科的属种检索[A];中国动物科学研究——中国动物学会第十四届会员代表大会及中国动物学会65周年年会论文集[C];1999年
2 涂剑锋;杨福合;邢秀梅;杨颖;鲁晓萍;;中国鹿亚科动物的遗传分化研究[A];2011中国鹿业进展[C];2011年
3 刘小利;;中国透翅蛾名录[A];昆虫学创新与发展——中国昆虫学会2002年学术年会论文集[C];2002年
4 张素萍;马绣同;;中国近海玉螺科的研究Ⅱ.窦螺亚科[A];中国动物学会、中国海洋湖沼学会贝类学分会第五次代表大会暨第七次学术讨论会论文集[C];1995年
5 凌鹏;邹志文;余丽萍;王文明;夏斌;;肉食螨亚科属间系统发育的支序分析[A];第五届广东、湖南、江西、湖北四省动物学学术研讨会论文摘要汇编[C];2008年
6 任应党;杨琳琳;张书杰;冯超红;王光华;杨党伟;马晓静;;中国斑螟亚科(鳞翅目:螟蛾科)系统分类研究进展[A];河南省植物保护学会第十一次、河南省昆虫学会第十次、河南省植物病理学会第五次会员代表大会暨学术讨论会论文集[C];2017年
7 陈静;乔格侠;;扁蚜亚科昆虫虫瘿多样性研究(半翅目:蚜科)[A];“回眸六十年,再创新局面”——北京昆虫学会成立60周年纪念刊[C];2010年
8 吴焰玉;;武夷山自然保护区萤叶甲亚科昆虫物种多样性及其特点[A];走向21世纪的中国昆虫学——中国昆虫学会2000年学术年会论文集[C];2000年
9 陈艺燕;底晓丹;章群;;中国沿海石斑鱼亚科鱼类的分子系统学[A];中国鱼类学会2008学术研讨会论文摘要汇编[C];2008年
10 刘海桑;;一个新的棕榈科亚科的分类[A];中国植物学会七十五周年年会论文摘要汇编(1933-2008)[C];2008年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 李卫春;中国苔螟亚科和草螟亚科系统学研究(鳞翅目:螟蛾总科:草螟科)[D];南开大学;2010年
2 李新江;欧亚大陆裸蝗亚科昆虫系统学研究(直翅目:蝗总科)[D];河北大学;2008年
3 杨琳琳;中国谷蛾科九亚科系统学研究(鳞翅目:谷蛾总科)[D];南开大学;2013年
4 齐宝瑛;盲蝽科部分昆虫分子系统学研究(半翅目:异翅亚目)[D];陕西师范大学;2003年
5 常文程;齿蛉亚科分子系统学研究[D];中国农业大学;2015年
6 宋胜楠;小腹茧蜂亚科(膜翅目:茧蜂科)比较线粒体基因组学与系统发育研究[D];浙江大学;2015年
7 巴义彬;中国漠甲亚科分类与地理分布(鞘翅目:拟步甲科)[D];河北大学;2012年
8 冀德君;中国牛亚科家畜4个结构基因的遗传分化研究[D];扬州大学;2008年
9 刘学东;中国鹿类动物线粒体12S rRNA基因序列的比较分析及分子系统发育研究[D];东北林业大学;2003年
10 叶保华;中国佛蝗亚科(Phlaeobinae)的分类研究(直翅目:镌瓣亚目:蝗总科:剑角蝗科)[D];山东农业大学;2012年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 陈涛;麦穗鱼(Pseudorasbora parva)线粒体基因组序列测定及分析[D];陕西师范大学;2010年
2 李亚琼;扁蚜亚科线粒体基因组学研究(半翅目:蚜科)[D];陕西师范大学;2016年
3 陈春琳;蚜蝇亚科的分子系统学研究[D];陕西理工学院;2016年
4 陶秀卫;亚科力化工公司全面质量管理应用研究[D];北京化工大学;2015年
5 叶朵朵;臭蚁亚科七属分子系统学研究(膜翅目:蚁科)[D];广西师范大学;2012年
6 何佳丽;中国买氏藓亚科植物分类及区系地理分布研究[D];内蒙古大学;2011年
7 陈娜;中国薄翅野螟亚科和齿螟亚科分类学初步研究(鳞翅目:草螟科)[D];南开大学;2013年
8 孙美玲;中国枝螋亚科、库螋亚科和缘螋亚科系统分类学研究(革翅目,球螋科)[D];华东师范大学;2016年
9 白瑞凯;中国菱蜡蝉亚科分类研究(半翅目:菱蜡蝉科)[D];西北农林科技大学;2015年
10 丁春;河南四种鳊亚科鱼类遗传差异研究[D];河南师范大学;2014年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 本报记者 谷佳;俄罗斯阿穆尔州立法会议主席季亚科诺夫:期待在农业方面与黑龙江省开展深层合作[N];黑龙江经济报;2018年
2 记者 何开余 通讯员 余东岳;亚科不锈钢冷热罐生产技术全球领先[N];宁波日报;2006年
3 本报记者 朱振国;扬起希望的风帆[N];光明日报;2002年
4 记者 蒋国华;陆昊会见俄阿穆尔州州长科热米亚科[N];黑龙江日报;2013年
5 记者 韩玉洁;携手打造优良经贸旅游发展环境[N];黑河日报;2014年
6 本报记者 项铮;“蜱”叮咬致死 布尼亚科病毒在作怪[N];科技日报;2011年
7 吴宗翰 DigiTimes 专稿;南亚科、英飞凌DDRⅡ库存拉警报 华亚科全力供货[N];电子资讯时报;2006年
8 吴宗翰 DigiTimes;复制华亚科成功先例 IM Flash将建12英寸厂[N];电子资讯时报;2006年
9 吴宗翰 DigiTimes;华亚科畅游在存储器产业的蓝海中[N];电子资讯时报;2006年
10 吴宗翰 DigiTimes;力晶、茂德7月营收可达2位数增长 南亚科、华亚科力拼持平[N];电子资讯时报;2006年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62982499
  • 010-62783978