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基于TCGA数据库胃癌ceRNA调控网络及预后模型的构建

杨泽  
【摘要】:恶性肿瘤是造成全球经济负担和社会负担的一类重要的疾病。胃癌的发病率和致死率在恶性肿瘤中均位居前列。胃癌的预防、发病机制、治疗、预后仍亟待进一步研究。非编码RNA在恶性肿瘤的发生发展中扮演着重要的角色,尤其是长链非编码RNA和微小RNA相互作用影响肿瘤发展。目的:研究胃癌转录组中长链非编码RNA及微小RNA相互作用及竞争性结合以调控下游mRNA的关系网络,并构建非编码RNA指导胃癌预后的模型。方法:从TCGA官网下载胃癌RNA组的表达数据文件,从RNA表达文件中提取长链非编码RNA和mRNA的表达矩阵,使用R软件包分析基因差异表达情况。将差异表达的lncRNAs与miRNAs文件与相对应的数据库进行比对,获取比对文件,整理比对结果,构建竞争内源性RNA(ceRNA)调控网络。使用R包进一步分析差异表达基因,构建胃癌预后预测模型。结果:整理差异表达的lncRNAs、miRNAs和mRNA后,进一步与对应的数据库行比对后,差异表达的lncRNAs文件与mircode数据库比对文件进行比对后提取了152对相关的lncRNA-miRNAs,共获得了9个靶基因。整理获得的数据对后,构建了胃癌ceRNA调控网络。基于ceRNA调控网络中基因生存分析结果,本研究构建了含4个lncRNAs的胃癌预后相关的lncRNAs预测模型,使用模型评价方法,本研究发现预测模型具有中等预测效能。结论:研究获取了最新的胃癌ceRNA调控网络,此调控网络可以为胃癌发生机制的研究提供参考意见。胃癌预后模型具有中等预测效能,可以在实践中进一步验证。


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