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猪流行性腹泻病毒结构蛋白基因的克隆与特征分析

杨敏  
【摘要】: 猪流行性腹泻病毒(PEDV)是引起猪病毒性腹泻的重要病原之一。PEDV结构蛋白在病毒的免疫和装配中有重要的作用,国外有不同毒株结构蛋白序列测定及基因结构特征的报道,我国虽有不同地方毒株基因的测定和分析,但对全部结构蛋白特性的分析还没见报道。为了解析PEDV中国地方毒株的分子结构及流行病学特征,本研究以PEDV甘肃地方分离毒株DX株感染的猪肠溶物为材料,参照GenBank中PEDV CV777株全序列,对DX株结构蛋白S基因、M基因、sM基因和N基因设计5对特异性引物,经过RNA提取、RT-PCR、以及重组质粒鉴定及阳性菌的测序等步骤完成了该病毒结构蛋白序列的测定,并利用软件对PEDV DX株与其他毒株核苷酸及氨基酸序列进行分析。其主要结果如下: 1.克隆出了中国地方毒株DX株的全部结构蛋白,并对其特性进行了分析,为我国首次对PEDV地方毒株全部结构蛋白进行的特性分析,结果显示DX株S基因、M基因、sM基因和N基因分别为4152、681、231和1326碱基。研究发现DX株结构蛋白M基因、sM基因和N基因与已克隆的其他毒株有相等的核苷酸数,结构蛋白S基因核苷酸数与英国毒株CV777、中国株JS-2004-2以及韩国株Chujin99相等,均为4152个碱基,比韩国毒株AF500215、AF237764 S基因少9个碱基。 2.DX株S基因与中国JS-2004-2株、韩国Chouju株、韩国Chinju99、英国Br1/87株和英国CV777株核苷酸序列同源性分别为98.1%、93.5%、92.9%、96.0%和96.0%,推导氨基酸同源性分别为98.1%、92.0%、91.3%、95.7%、和95.7%;与JS-2004-2Z株、中国QH株、CV777株、日本JMe2株、韩国KPEDV-9、韩国KPEDV-(9)株M基因核苷酸序列同源性分别为98.9%、97.9%、98.8%、99.0%、98.5%和98.1%,推导氨基酸同源性分别为99.6%、98.7%、98.7% 99.6%、98.2%和98.7%;与CV777毒株进行sM比较显示核苷酸序及氨基酸序列同源性分别为98.3%和100.0% ;与JS-2004-2Z株、中国CH/S株、中国LJB/03株、Chinju99株和CV777株N基因核苷酸序列同源性分别为98.5%、96.5%、98.1%、96.2%和95.4%,由其推导的氨基酸同源性分别为98.2%、96.6%、98.4%、96.2%、和95.7%。 3.结果显示DX株S蛋白有30个N-糖基化位点,比英国株CV777和Br1/87(29)和韩国株Chinjin99 (27)个多;DX株M蛋白和N蛋白分别有3和7个N-糖基化位点。 4.根据已报道的资料对DX株进行进化分析,结果显示其与中国毒株JS-2004-2关系最为密切,将所有已克隆出的各国分离株进行比较,发现进化树分为3群,一群为中国毒株,一群为英国毒株,一群为韩国毒株,而且3群有着明显的差异。


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